Тем не менее 2 марта 1606 года из Сандомира отправился в Москву свадебный кортеж в составе двух тысяч человек. 18 апреля у города Орши кортеж вступил на русскую землю. Через два дня в Лубно Михаил Нагой и князь В. М. Мосальский приветствовали Марину от имени царя, уверяя ее, что их повелитель ничего не пожалеет для удобства и приятности ее путешествия. И в самом деле, на пути к Москве построили 540 мостов. В Смоленске Марине устроили великолепный въезд в обитых драгоценными соболями санях, запряженных двенадцатью лошадьми. Для переправы через Днепр понадобились паромы. Один из них, слишком перегруженный, потонул, и погибло 15 человек. Перепуганные спутницы Марины приписали свое спасение присутствию патера Анзеринуса.
Еще в декабре 1605 года Юрий Мнишек писал Димитрию: «Поелику известная царевна Борисова дочь близко вас находится, благоволите, вняв совету благоразумных людей, от себя ее отдалить». Самозванец тянул с этим деликатным вопросом до последнего, но когда Марина оказалась уже в Вязьме, был вынужден отправить Ксению Годунову в Горицкий монастырь на Белоозеро. Там ее постригли в монахини под именем Ольги.
В Вязьме Мнишек оставил дочь, а сам поспешил в Москву, куда прибыл 24 апреля. Торжественный въезд Марины в Москву состоялся 2 мая. Она остановилась в Воскресенском монастыре в Кремле. Жених по обычаю не должен был видеть невесту, но поскольку в Воскресенском монастыре жила «мать» Димитрия инокиня Марфа, которую регулярно посещал «сын», то встречи, видимо, состоялись. Лишь 6 мая, за два дня до коронования и свадьбы, Марина смогла занять приготовленное для нее помещение в царском дворце.
Перед свадьбой у царя возник конфликт с частью высшего духовенства. Митрополит Казанский Гермоген и епископ Коломенский Иосиф потребовали вторичного крещения невесты-католички. Однако Димитрий нашел возможность избавить свою невесту от троекратного погружения по православному обряду, отправив в ссылку чересчур строгих архиереев. Остальные же довольствовались миропомазанием, составлявшим необходимую принадлежность коронационного обряда. Сохранившийся обрывок церемониала свидетельствует о причащении Марины, и это двукратное подчинение греческому обряду признали равносильным отречению.
8 мая состоялась свадьба. Рано утром молодых привели в столовую избу, где придворный протопоп торжественно их обручил. В Грановитой палате князь Шуйский кратко приветствовал невесту, и обрученных проводили в Успенский собор. Патриарх совершил обряд миропомазания и торжественно короновал Марину. К большому смущению русских, царица не приняла причастия, как того требовала утвержденная думой процедура. Многие присутствующие не скрывали своего негодования по этому поводу. Среди гостей прошел ропот. Коронация Марины в Успенском соборе была неслыханным нарушением всех норм и приличий. Православным царицам даже многолетие стали петь лишь со времен Годунова. И это, казалось бы, безобидное новшество современники восприняли как бесстыдство. Отказ Марины принять причастие возмутил православных. Зато послы и польские гости были удовлетворены. Как только закончилась коронация, дьяки под разными предлогами выставили послов и иноземцев из церкви и заперли двери. Как только нежелательные свидетели удалились, патриарх обвенчал царя с Мариной по православному обряду. Польские дамы, оставшиеся подле невесты, со смехом описывали своим мужьям, как молодые приняли от патриарха вместе с благословением по кусочку хлеба и глотку вина. Они потешались над чашей, из которой брачующиеся пили по очереди. А потом чашу бросили на пол, и самый проворный должен был раздавить ее — знак его будущего главенства. Чтобы избежать предзнаменования, способного встревожить зрителей, патриарх поспешил сам наступить на хрупкий хрусталь.
Заметим, что в коронации и свадьбе принимали участие, соответственно своему чину, ростовский митрополит Филарет, боярин Иван Никитич Романов и юный стольник Миша Романов. Впоследствии сей факт старательно замалчивался царскими историками. Мало того, на Соборе 1620 года патриарх Филарет публично клеймил патриарха Игнатия за отступление от православных обрядов при причащении и коронации католички, но ни словом не обмолвился об участии в этих процедурах митрополита Филарета.
Последующие дни царь и царица провели в пирах и увеселениях. Причем на ряд пиров были приглашены только поляки, а из русских присутствовали лишь Димитрий, дьяк Власьев и князь Мосальский. На одном из пиров, проведя три часа за едой и питьем, всю ночь протанцевали. К утру, переменив множество кавалеров, «восхитительно танцевавшая Марина завоевала все сердца». Но Гонсевский и Олесницкий, танцуя с ней в одной кадрили, не сняли шляп, и Димитрий велел им сказать, чтобы берегли головы, иначе их снимут вместе со шляпами.