Новому царю потребовался и новый патриарх. Царь Димитрий постановил собрать Священный собор. Собравшись в Успенском соборе Кремля, иерархи православной церкви провозгласили: «Пусть будет снова патриархом святейший патриарх господин Иов». Восстановление Иова в сане патриарха потребовалось Собору, чтобы придать процедуре вид законности. Следуя воле царя, иерархи постановили затем отставить от патриаршества Иова, потому что он «великий старец и слепец, и не в силах пасти многочисленную паству». Патриархом же был единогласно избран рязанский архиепископ Игнатий, грек, бывший раньше архиепископом на Кипре и пришедший в Россию в царствование Федора Иоанновича. Игнатий был первым русским иерархом, признавшим самозванца. Игнатий был также единственным архиепископом, прибывшим в Тулу встречать «истинного царя».
24 июня Игнатия возвели в патриархи. Обратим внимание на даты. Царь повелел собрать Собор 21 июня, а через три дня патриарх был избран. Надо ли говорить, что этот «собор» представлял не Русскую православную церковь, а иерархов Москвы и ее окрестностей.
Новый патриарх разослал по всем областям грамоты с известием о восшествии Димитрия на престол и возведении его, Игнатия, в патриаршеское достоинство по царскому изволению, причем предписывал молиться за царя и за царицу-мать и чтобы «возвысил Господь Бог их царскую десницу над латинством и бусурманством».
Грамоты Игнатия могли успокоить народ, но среди церковной верхушки сразу же пошли слухи, что Игнатий является сторонником унии с римско-католической церковью. Кстати, после гибели Лжедмитрия I Игнатий бежал в Польшу, получил солидную пенсию от короля Сигизмунда и официально принял унию.
Говоря о церковной политике царя Димитрия, стоит заметить, что он вернул в Москву сосланного Борисом архимандрита Чудова монастыря Пафнутия и сделал его митрополитом Крутицким. Так Гришка отблагодарил своего чудовского покровителя. Зато поставленный Борисом архимандрит Чудова монастыря был отправлен в ссылку. Бесследно исчезли также несколько иноков Чудова монастыря.
23 июня по приказу Лжедмитрия был арестован Василий Шуйский и его два брата. К П. Ф. Басманову, которого самозванец поставил ведать политическим сыском, пришло несколько доносов на Василия Ивановича Шуйского. Шуйский якобы говорил: «Черт это, а не настоящий царевич! Не царевич это, а расстрига и изменник!» По другой версии, Шуйский даже пытался устроить государственный переворот. Во всяком случае, никаких конкретных обвинений В. И. Шуйского до нас не дошло.
Подойдем к «заговору» Шуйских с точки зрения здравого смысла. Какая-то вероятность успеха у Шуйских могла быть, когда самозванец находился еще в Туле. Но сейчас, когда он торжественно встречен в Москве народом, в самый разгар эйфории, охватившей столицу, поднимать мятеж? Это было бы равносильно самоубийству, а Шуйских за дураков никто и не считал. Вполне логично было бы им подождать, пока пройдут торжества, уляжется эйфория, народ не только не почувствует облегчения, а, наоборот, ощутит новые тяготы. Самозванцу же придется платить по счетам польским наемникам, Мнишку, купцам, польскому королю и т. д. Уплата же даже части этих долгов неизбежно должна была вызвать народное возмущение и, соответственно, падение самозванца. Так был ли резон Шуйскому спешить с организацией переворота, а тем более заниматься пустой болтовней о расстриге?
Отсюда явствует, что Димитрий устроил провокацию против клана Шуйских. Тогда возникает вопрос — а зачем? Пока народ считает Отрепьева царем, никакие Шуйские не конкуренты сыну Ивана Грозного, а если выяснится, что на престоле беглый монах, то на престол может претендовать любой князь Рюрикович, а их в Московском государстве были десятки. Скорее всего Димитрия на расправу с Шуйскими подтолкнули бояре, видевшие в них конкурентов.
Риторический вопрос — кому мог встать на дороге клан Шуйских? Годуновы были мертвы или находились под стражей в отдаленных городах. Остаются Романовы.
Димитрий предал Василия Шуйского суду специально созванного Собора, на котором присутствовали бояре, думные дворяне и духовенство. Собор был собран 24 июня, то есть на следующий день после ареста Шуйских. На Соборе сам царь выступил с обвинением Шуйских. Он напомнил, что в роду князей Шуйских всегда были крамольники и что «отец» его Иван Грозный семь раз приказывал казнить изменников Шуйских, а «брат» Федор казнил брата Василия Шуйского также за измену. Фактически Лжедмитрий отказался от версии большого заговора. Трое братьев Шуйских лично хотели совершить террористический акт, «…подстерегали, как бы нас заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы». Лжедмитрий уверял, что имеет неоспоримые доказательства вины Шуйских, и поэтому никакого разбирательства, допроса свидетелей и других формальностей на соборном суде не было.