Но порой даже современники, враждебно относившиеся к Пугачеву, высоко оценивали отдельные его качества. Интересно, что Екатерина II в письме Вольтеру высказалась о «маркизе Пугачеве», который «умрет в скором времени подлым трусом», только тогда, когда получила письмо от председательствовавшего на суде над самозванцем А. А. Вяземского, сообщавшего о робком характере Пугачева, а до этого писала тому же Вольтеру (2 ноября 1774 года), что Пугачев «чрезвычайно смелой и решительной человек». Умственные способности Емельяна Ивановича также вызывали неоднозначные оценки. Если главнокомандующий в Москве и по совместительству пугачевский следователь Михаил Никитич Волконский был о них самого невысокого мнения, то члены Оренбургской секретной комиссии 21 мая 1774 года писали Екатерине: «Самозванец, хотя человек злой и продерской, но пронырливой, и в роде своем — прехитрой и замысловатой. <…> Пугачев не дурак, ибо он, знав сам себя, не приглашал в советы умных, да и не искал их дружбы для того, чтоб они не усмотрели его невежества и не зделали в толпе против него возстания, ибо он грамоте не знал». Правда, Волконский лично допрашивал мятежника, а оренбургские следователи сделали свои выводы на основании показаний пугачевских сподвижников[7].
Интересно, что некоторые современники самозванца сожалели, что его способности не получили должного применения. Неоднократно встречавшийся с пленным Пугачевым в Симбирске командующий правительственными войсками П. И. Панин в одном из писем заметил: «Надобно и в злодействе дать ему справедливость, что дух имеет он бодрой, которой бы мог быть весьма полезен, естли бы обращен был не во зло, а в добро». Похожую мысль высказал и начальник секретных комиссий П. С. Потемкин, допрашивавший самозванца в Симбирске в октябре 1774 года[8]. Идея, что Пугачев хотя и злодей, но наделенный от природы некоторыми талантами, а то и благородством, высказывалась в исторических и литературных произведениях конца XVIII — первой половины XIX века, к примеру, в вышедшем еще в 1775 году в Лондоне на французском языке романе, в русском переводе получившем название «Ложный Петр III, или Жизнь, характер и злодеяния бунтовщика, Емельки Пугачева». Конечно, самым ярким примером здесь может служить пушкинская «Капитанская дочка». Создатель истории Войска Донского В. Б. Броневский также признавал за Пугачевым большие способности, правда, напрочь отказывал ему в благородстве[9]. Некоторые декабристы полагали, что самозванец, разумеется, злодей, а возглавленное им восстание — ужасное происшествие, но оно было реакцией на различные злоупотребления власть имущих. Например, для декабриста А. В. Поджио Пугачев лишь под конец стал бесчеловечным «разбойником», начинал же он как «гражданин», выступивший против несправедливости и рабства. Впрочем, преобладало у деятелей тайных обществ отрицательное отношение к пугачевщине[10].
Однако отношение к восстанию и его предводителю у следующих поколений противников правительства становится всё более благожелательным. Отдельные радикальные революционеры даже обращаются к народу с прокламациями, призывая к восстанию от имени Пугачева. Некоторые народники объявили Разина и Пугачева своими предшественниками, называя их «социалистами-революционерами». Заметим, что в той или иной степени сочувствовали восстанию или, по крайней мере, оправдывали его и профессиональные историки А. П. Щапов, Д. Л. Мордовцев и В. И. Семевский. Правда, справедливости ради следует сказать, что даже среди людей, настроенных революционно, отнюдь не все высоко оценивали Пугачева. В частности, идеолог народничества П. Л. Лавров полагал, что личность самозванца не соответствовала тому великому движению, которое он возглавил[11].