Почти сразу после публикации в «Нью-Йорк тайме» Американский союз защиты гражданских свобод подал в суд на АНБ, требуя признать программу наблюдения за террористами незаконной и запретить ее дальнейшее продолжение. 17 августа 2006 года 73-летняя судья Анна Тейлор вынесла решение в пользу Американского союза защиты гражданских свобод, признав необоснованными все доводы президентской администрации, включая ссылки на неотъемлемые президентские полномочия и на разрешение конгресса применять военную силу против Аль-Каиды. Тейлор постановила, что программа наблюдения за террористами является незаконной, поскольку нарушает «Закон о надзоре за внешней разведкой» и конституцию США: «Авторы конституции никогда не имели намерения предоставить президенту неограниченные полномочия, особенно в случае, когда его действия откровенно нарушают положения Билля о правах. Три ветви государственной власти в США были учреждены именно для того, чтобы контролировать и уравновешивать друг друга». По мнению Тейлор, неотъемлемые президентские полномочия не могли служить основанием для слежки за американскими гражданами: «В Америке нет наследных монархов и нет полномочий, которые не порождались бы конституцией. Поэтому любые «неотъемлемые права» должны быть установлены конституцией».
Ознакомившись с постановлением суда, вынесенным Тейлор, министр юстиции Гонзалес собрал пресс-конференцию, в ходе которой заявил: «Как вы знаете, сегодня окружной судья постановила, что программа наблюдения за террористами является незаконной. Мы не согласны с этим решением». АНБ обратилось к Тейлор с просьбой не запрещать программу, пока по этому делу не будет вынесено решение апелляционного суда, куда планировало обратиться АНБ. Просьба была удовлетворена.
В ноябре 2006 года прошли выборы в американский конгресс. Победу одержали демократы, которые с особым нетерпением ждали, когда, став конгрессменами в январе следующего года, они смогут инициировать расследование незаконной слежки АНБ за американскими гражданами. На январь 2007 года также было запланировано заседание апелляционного суда, на котором администрации Буша предстояло убедить жюри из трех судей отменить решение, вынесенное Тейлор. В случае отказа последним средством добиться этого было обращение в верховный суд США.
Учитывая все возрастающее недовольство программой со стороны телекоммуникационных компаний, которые подвергались судебному преследованию по искам возмущенных клиентов и правозащитных организаций, АНБ и министерству юстиции требовалось срочно найти выход из неблагоприятно складывавшейся ситуации.
10 января 2007 года наступил черед министерства юстиции и АНБ выдвинуть свою кандидатуру в судебную комиссию по делам разведки. В нее входили 12 судей, которые поочередно в течение нескольких месяцев исполняли обязанности председателя, вынося постановления по всем обращениям в комиссию. Пользуясь поддержкой дружественного судьи на посту председателя, можно было попытаться легализовать один из ключевых пунктов программы наблюдения за террористами: АНБ очень хотело получить возможность перехватывать иностранный трафик, следовавший транзитом через американские коммутаторы, не обращаясь по каждому такому случаю за разрешением в судебную комиссию по надзору за разведкой. Согласно действующей интерпретации «Закона о надзоре за внешней разведкой», АНБ должно было получать разрешение, если перехват из линий связи осуществлялся на территории США.
Однако найденное решение было временным: пост председателя комиссии вскоре должен был перейти к другому судье, который обязательно вспомнил бы про прежнюю интерпретацию закона и сказал, что, по его мнению, если сообщение передавалось по проводным каналам связи, проходящим по территории США, то для его перехвата в любом случае требовалось получать разрешение. И АНБ вернулось бы к игре по правилам, которые действовали до 11 сентября 2001 года. Тем не менее другого решения проблемы у АНБ не было, и 17 января 2007 года министр юстиции США Гонзалес заявил, что отныне АНБ будет вести перехват по программе наблюдения за террористами только под строгим контролем судебной комиссии по надзору за внешней разведкой и что президент решил повторно не санкционировать продолжение этой программы.
Весной 2007 года «дружественный» АНБ председатель комиссии по надзору за внешней разведкой уступил свое место менее «дружественному», который отменил благоприятное для АНБ решение своего предшественника и вернулся к строгой трактовке «Закона о надзоре за внешней разведкой». Теперь АНБ не только должно было обращаться в судебную комиссию за разрешением на прослушивание, но и подробно обосновывать каждое свое обращение. В качестве небольшой уступки АНБ была дана отсрочка до конца мая 2007 года. А начиная с июня, АНБ должно было вернуться к правилам, по которым оно работало до 11 сентября 2001 года.