По инициативе комиссии 17 ноября 1938 года Совнарком и ЦК ВКП(б) приняли постановление «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия» (подписанное Молотовым и Сталиным), которое, признавая «перегибы» в деле арестов людей и привлечения их к ответственности, приостановило массовые репрессии в стране. В декабре 1938 года Ежов был смещен с поста Наркома внутренних дел. Вслед за этим началась «чистка» самих органов внутренних дел. Были арестованы и затем расстреляны бывший нарком Ежов, его заместители Фриновский, Заковский, Реденс, руководители многих отделов наркомата и областных отделов НКВД, следователи, занимавшиеся политическими делами.
Вышинский быстро сориентировался в новой обстановке и сразу же натянул на себя тогу «радетеля за законность». Он даже внес предложение в ЦК ВКП(б) и Совнарком об изъятии из ведения Особого совещания дел о контрреволюционных преступлениях и передаче их в суды. Он быстро «сдал» и некоторых прокуроров якобы за «причастность» к массовым необоснованным арестам. Тогда были осуждены судебно-прокурорские работники Омской, Восточно-Казахстанской, Смоленской и некоторых других областей. Вышинский стал поддерживать и начавшуюся реабилитацию ранее осужденных лиц, хотя массовое освобождение их из тюрем и лагерей произошла уже при прокуроре Союза Панкратьеве.
Теперь «главный инквизитор» на всех проводимых совещаниях «громил» прокуроров, допускающих осуждение невиновных лиц, приводя действительно творившиеся на местах (как, впрочем, и в центре) «дичайшие» случаи беззакония и произвола. На собрании актива работников Прокуратуры СССР, Прокуратуры РСФСР, Московской городской и областной прокуратур, проходившем 28 января 1938 года в здании на Пушкинской улице, Вышинский сделал доклад «О некоторых недостатках в работе прокуратуры и мерах по их устранению». С присущим ему пафосом он говорил о происках «искусно замаскированных врагов», которые более всего кричат о бдительности, а сами только и стремятся «путем проведения мер репрессий перебить большевистские кадры». Упрекнул прокуроров за то, что они слишком пассивны и не вмешиваются, когда людей, исключенных из партии за какие-либо проступки, но не признанных преступниками и не осужденных, выгоняют с работы и выселяют из квартир. Подчеркнув, что ответственность должны нести только лица, чья виновность установлена, Вышинский перешел к положению дел в следственной части, допускающей грубые промахи и ошибки при предании некоторых лиц суду. Он привел и некоторые «яркие» примеры.
В Ленинградской области колхозник был осужден только за то, что, «зайдя к соседу и не застав его дома, взял стоявшую на столе бутылку водки»; сторожа колхоза приговорили к одному году исправительно-трудовых работ за халатность, так как «во время его дежурства погибла корова от преждевременного отела».
В Курской области (Вышинский при этом сделал акцент на то, что прокуратуру там возглавлял «изменник», собравший вокруг себя «целую группу врагов») было создано такое «дело». На нескольких колхозников напал бык, который, как отмечалось в документах, «обычно бросался на людей». Те, естественно, стали отгонять его, кто кнутом, кто хворостиной. От быка отбились, не причинив ему, впрочем, никакого вреда. Казалось бы, все обошлось благополучно. Но, к несчастью колхозников, на другой день этот бык, как написано в обвинительном заключении, «отказался покрывать коров». Поэтому против людей, с трудом отбившихся накануне от разъяренного быка, возбудили уголовное дело по статье 79-1 УК РСФСР (умышленное изувечение скота с целью подрыва коллективизации сельского хозяйства и воспрепятствования его подъему). Их судили и приговорили к исправительно-трудовым работам.
В той же Курской области двух человек осудили по части 2 статьи 74 УК РСФСР (особо дерзкое хулиганство), вменив им в вину то, что, «находясь в подпитии» и выступая на собрании, «говорили не по существу».
А в Баку был устроен грандиозный показательный процесс над группой школьников от 8 до 18 лет. Обвинительное заключение было внушительное — на 108 листах. В чем конкретно провинились ребята, красноречиво свидетельствуют такие эпизоды их «преступной деятельности». Двое 13-летних мальчиков обвинялись в «злонамеренном укрытии берета одной девочки». Другие подростки попали под суд лишь за то, что они «ловили детей на улице», чем якобы нарушали общественный порядок (дети просто играли в так называемые «салки», или «пятнашки»). Прокурор, бывший одним из устроителей этого «процесса», явился на него в нетрезвом виде, а когда ребятишки-подсудимые закричали, что прокурор пьян, он вытащил из кармана наган и стал «прокладывать себе дорогу к прокурорскому месту».
В связи с «кадровым голодом» из-за сплошных репрессий и гонений, Вышинский обратил свой взор на так называемых «социалистических совместителей», которые должны были хоть как-то заткнуть образовавшиеся бреши.