Рогинский официально обвинялся в том, что он: «1. Являлся одним из руководящих участников правотроцкистской организации, существовавшей в Прокуратуре СССР, и проводил вредительскую работу, умышленно извращая революционную законность. Давал необоснованные санкции на массовые аресты и сознательно, с целью вызвать недовольство населения против советской власти, не принимал никаких мер по жалобам осужденных и их родственников. 2. Проводил вербовку новых участников в к[онтр]р[революционную] организацию, т. е. в преступлениях, предусмотренных ст. ст. 58-1а, 17-58-8, 58-7 и 58-11 УК РСФСР».
Излишне говорить, что обвинительное заключение было небольшим, всего пять страниц машинописного текста, и в нем не было приведено ни одного факта «преступной» деятельности Рогинского. Делались лишь краткие выписки из показаний лиц, «изобличавших» бывшего заместителя прокурора Союза, также, впрочем, не конкретные.
В таком виде дело поступило на рассмотрение Военной коллегии Верховного суда. 28 июля 1941 года под председательством диввоенюриста Кандыбина состоялось подготовительное заседание суда. От органов прокуратуры в нем принял участие военный прокурор Китаев.
Дело по обвинению Г. К. Рогинского слушалось на закрытом заседании Военной коллегии 29 июля. Ни обвинителя, ни защитника, естественно, на нем не было. Председательствовал Кандыбин, ему помогали судьи — военные юристы 1 ранга Чепцов и Буканов, секретарем был младший военный юрист Мазуров.
Несмотря на обстановку военного времени, заседание велось более обстоятельно, чем по другим политическим делам (заканчивавшимся за 15—20 минут), а протокол составлен достаточно подробно, и по нему можно проследить за тем, как защищал себя Рогинский.
После нескольких формальных вопросов о личности подсудимого и ходатайствах председательствующий Кандыбин сам огласил обвинительное заключение (обычно это делал секретарь). На вопрос о виновности Рогинский ответил: «Предъявленное обвинение мне понятно, виновным себя в антисоветской деятельности не признаю. Я виноват в том, в чем виноваты все прокурорские работники, проглядевшие вражескую работу в органах НКВД и в системе суда и прокуратуры».
После этого Кандыбин приступил к «изобличению» подсудимого, оглашая те или иные показания «свидетелей». Начал он с показаний бывшего Главного военного прокурора Розовского, который на следствии сказал, что Рогинский «препятствовал борьбе с фальсификацией следствия», не допускал «рассылки на места для расследования жалоб обвиняемых на неправильные методы следствия». Эти действия он расценил как «антисоветские».
Рогинский ответил, что о фальсификации дел ему не было известно. Дела к нему поступали законченными, и он утверждал обвинительные заключения. О поступлении жалоб заключенных «на противозаконное ведение следствия» знало и руководство Прокуратуры.
Тогда Кандыбин зачитал выдержку из показаний Фриновского, в которой говорилось о том, что Рогинский был причастен к правотроцкистской организации. Подсудимый вполне резонно заметил на это, что показания Фриновского неконкретны. «Он не называет меня участником антисоветской организации, а только предполагает, что я якобы являлся участником этой организации».
Председательствующий огласил показания Ежова на следствии: «Антисоветские связи с Рогинским я не устанавливал, да и это было в известной мере вопросом формальным, ибо фактически антисоветский контакт между нами существовал, так как Рогинский видел и знал всю нашу преступную практику и ее покрывал».
Григорий Константинович парировал и эти «разоблачения»: «Откуда я мог знать о вражеской работе Ежова? За следствием наблюдала Главная военная прокуратура в лице Розовского, я никакого отношения к следствию не имел. Показания Ежова считаю вымышленными».
Кандыбин задал очередной вопрос: «Зубкин... показывает, что вами протоколы решений особого совещания подписывались без проверки материалов дела, за 30—40 минут подписывали 5—6 тысяч протоколов. Разве это не преступная практика в работе?»
Рогинский: «Протоколы решений особого совещания я никогда не подписывал, подписывал их сам Вышинский. Показания Зубкина в отношении меня не соответствуют действительности».
С такой же настойчивостью Рогинский отвергал показания Острогорского, Леплевского, Крыленко, Любимова-Гуревича и других. Тогда председательствующий решил воспользоваться «признательными» показаниями самого Рогинского, данными им в самом конце предварительного следствия. Выслушав их, Рогинский сказал: «Это же ложь. Человеческие силы имеют предел тоже. Я держался два года, не признавая себя виновным в антисоветских преступлениях, больше терпеть следственного режима я не мог. Следствием не добыто данных о том, кем я был завербован в антисоветскую организацию, где и когда. Это обстоятельство очень важно для доказательства моей вины».