В этом журнале (№ 33) Вышинский напечатал «Ответ на ответ», в котором писал, что его доклад, посвященный речи Сталина 4 мая, вызвал со стороны Крыленко «сердитый ответ». Конечно, Вышинский не преминул подчеркнуть, что вначале хочет ответить на вопрос, «имеющий громадное принципиальное значение», хотя непосредственно не относящийся к их спору. «Это вопрос о том, что затронутые в моем докладе принципиальные вопросы нашей уголовной политики, как это утверждает т. Крыленко, не следует связывать с исторической речью т. Сталина 4 мая». И далее в том же духе. Здесь Вышинский явно передергивает факты, так как Крыленко писал, что не следует связывать с речью И. В. Сталина его теоретические разногласия с Вышинским, а не задачи уголовной политики.
В том же номере журнала напечатана статья Крыленко «Точки над «и», в которой он убедительно разъяснил, что Вышинский все поставил с ног на голову и что его аргументация носит искусственный характер, а возводимые им обвинения нелепы.
Пока в этом споре последнее слово осталось за Н. В. Крыленко. Но ненадолго. Вскоре доклад Вышинского вышел массовым тиражом, а спустя некоторое время прокурор СССР уже будет в официальном циркуляре предупреждать своих подчиненных, что в брошюре Крыленко «Сталинская Конституция в вопросах и ответах» имеется неправильное толкование статьи 128. Копию этой директивы Вышинский предусмотрительно направил в секретариат И. В. Сталина. Пройдет еще немного времени, и в речах Вышинского зазвучит презрительная кличка «крыленки».
В январе 1938 года, когда первая сессия Верховного Совета Союза, избранного в соответствии с Конституцией СССР 1936 года, сформировала новое Правительство СССР, должности в нем для Крыленко уже не нашлось. Ему было уготовано иное место.
Справка на арест Крыленко была составлена в НКВД еще 15 декабря 1937 года. Однако ход ей был дан только спустя полтора месяца. В ней отмечалось, что Крыленко «является активным участником антисоветской организации правых и организованно был связан с Бухариным, Томским и Углановым. С целью расширения антисоветской деятельности правых насаждал контрреволюционные кадры правых в наркомате. Лично выступал в защиту участников организации и проталкивал буржуазные теории в своей практической работе».
В справке Крыленко назывался одним из руководителей троцкистской группы, занимающейся вредительской деятельностью и считавшей необходимым захват власти правыми, которые якобы являются истинными борцами за интересы трудящихся.
31 января 1938 года нарком внутренних дел Ежов начертал на этой справке лаконичную резолюцию: «Арестовать». В тот же день его заместитель Фриновский подписал ордер № 337 на арест Н. В. Крыленко и на обыск у него. В ночь на 1 февраля 1938 года Николай Васильевич был арестован в своей квартире в доме № 25 по Новинскому бульвару.
Следствием по делу Н. В. Крыленко занимался сотрудник госбезопасности Л. В. Коган. Он и произвел первый допрос бывшего наркома. Однако «признательные» показания Николая Васильевича появились в его деле только 3 февраля 1938 года. Причем они даже не были оформлены официальным протоколом. Это было заявление Крыленко, адресованное наркому внутренних дел Н. И. Ежову и написанное на разрозненных листках бумаги. В нем он писал: «Я признаю себя виновным в том, что с 1930 года являюсь участником антисоветской организации правых. С этого же года начинается моя борьба с партией и ее руководством. Антипартийные шатания я проявил еще в 1923 году по вопросу внутрипартийной демократии. Если в этот период я из своих взглядов никаких организационных выводов не сделал, то внутреннее недовольство положением в партии не изжилось. Организационной связи с троцкистами я тогда не имел, организационной борьбы с партией не вел, но оставался человеком оппозиционно настроенным на протяжении ряда лет...»
Крыленко признавал, что центром правых через Бухарина перед ним была поставлена задача организовать подрывную работу в органах юстиции, чтобы «вредительской практикой судебных и прокурорских органов расшатывать диктатуру пролетариата». По его словам, вредительскую работу в области юстиции он проводил по трем направлениям: «а) на теоретическом правовом фронте, б) по развалу работы органов суда и прокуратуры, в) по разложению кадров в периферийных судебных органах».
Первый протокол допроса Н. В. Крыленко был оформлен лишь спустя два месяца — 3 апреля 1938 года. Он был отпечатан на машинке на 26 листах. И хотя после этого Николая Васильевича неоднократно вызывали к следователю, второй протокол допроса (машинописный текст которого составил 30 листов) датирован 28 июля 1938 года.