Жрец и историк Манефон[2], создавший в свое время хронологические списки фараонов тридцати династий, именовал Имхотепа Имутесом и приписывал ему изобретение каменной архитектуры Египта. Кроме того, Имхотеп почитался как автор нескольких текстов, важнейший из которых, «Доктрина жизни», считался в египетской традиции древнейшим литературным произведением. Не менее известна была и книга архитектурного канона, которую умерший и принятый в сонм богов мудрец сбросил, согласно легенде, человечеству с небес. Его же египтяне считали создателем календарной системы.
Мудрость и архитектурный гений Имхотепа почитались на протяжении двух тысячелетий, что было величайшей редкостью для египтянина нецарского происхождения. Позднее он считался покровителем медицины, астрономии и искусства, отождествлялся с Тотом и Пта.
Как уже упоминалось, греки соотнесли Имхотепа со своим богом медицины Асклепием. Культ этого синкретического божества, дарующего исцеление телу и душе, процветал в Саккаре в знаменитом Асклепийоне. Многочисленные паломники оставляли здесь в качестве приношений мумифицированных ибисов с написанным на них именем Имхотепа, которые затем погребались в расположенном неподалеку огромном лабиринте подземных катакомб. Страждущие также приносили в храм глиняные модели больных органов и частей тела в надежде, что они будут исцелены Имхотепом. Бронзовые статуэтки божественного мудреца, получившие широкое распространение в Египте Позднего времени, изображали его сидящим и держащим на коленях развернутый свиток папируса. Священные катакомбы Асклепийона в Саккаре простираются под некрополем третьей династии, и это привело археолога У. Эмери к предположению, что где-то поблизости должно находиться и погребение самого Имхотепа. Несмотря на долгие годы поисков, гробница мудреца так и не была найдена.
В Позднее время образ архитектора-целителя приобрел столь большую популярность по всей стране, что помимо своего исконного культового центра в Саккаре он почитался вместе с другим обожествленным мудрецом — Аменхотепом, сыном Хапу, — и далеко на юге, в Фивах, в древнем храме царицы Хатшепсут в Дейр эль-Бахри, в храме Хатор и Маат в Дейр эль-Мединэ, в Карнаке, на острове Исиды Филе.