В случае с Полуботком, царь решил добиться более объективной информации о положении на Украине, он отправил туда Румянцева — доверенное лицо, с целью опроса населения. Полуботок с товарищами, крайне заинтригованные наказом, данным царскому посланному, решились на подкуп подьячих сенатской канцелярии с целью выведать содержание секретной инструкции. Когда это удалось, они отправили в нужные места ходоков, снабженных тоже инструкцией, предупреждавшей и указывавшей что делать, как отвечать на вопросы Румянцева, какие сведения давать, а каких не давать. Посланы были распоряжения о сожжении документов. У самого Полуботка в доме, служанка Марья сожгла какие-то бумаги, а палачу, состоявшему в ведении гетмана, приказано было эту Марью убить, да и еще кое-кого, чьих доносов и показаний опасались. Полковникам и сотникам приказывалось спешно помириться с обиженными ими людьми и даже ублажить их чем можно. Сыну Полуботка Андрею приказывалось призвать сотника любецкого и заверить его в полном удовлетворении, которое будет дано людям его сотни, лишь бы они, да и сам сотник, не жаловались Румянцеву на Полуботка. Велено писать жалобы на россиян, на их бесчинства, на тяготы от постоя войск. От своих людей, находившихся в казачьих отрядах стоявших при границе на реке Коломаке, удалось добиться составления петиции на царское имя с жалобами на притеснения великорусского начальства, его несправедливости и незаконные поборы. Все было сделано, чтобы парализовать работу Румянцева и сбить его планы. Тем не менее, многое ему удалось узнать, а главное, убедиться в страшном недовольстве народа казачьим режимом. Еще до получения от него донесений, Петр узнал о проделках Полуботка, о подкупе подьячих, и приказал учинить следствие. Все бумаги арестованных попали в руки властей, благодаря чему вскрылась не только картина их происков, но и многие беззакония на Украине, которые хотели скрыть.
Ни одному из перечисленных выше авторов, просматривавших исторический материал, связанный с этим эпизодом, не попадалось сведений о пытках каленым железом, да и вообще о каких либо пытках. Не найдено намека и на знаменитые речи Полуботка. Странно было бы и предполагать, чтобы крепостник, ненавидимый собственным народом, мог морально торжествовать над царем, державшим в руках многочисленные свидетельства народного недовольства старшиной и всеобщего требования упразднить ненавистные старшинские порядки. Судя по сохранившимся известиям о том, что Полуботку были показаны все эти материалы, можно заключить об обратной картине: не он укорял царя, а царь обличал его самого. Власти располагали документальными данными о его личных злоупотреблениях — скупке казацких земель, незаконном закрепощении во время управления черниговским полком.
Сам Полуботок, не дождавшись конца следствия, умер в крепости осенью 1724 года. Единомышленники его, Савич и Черныш, просидели еще около 2 лет и освобождены при Екатерине I, по ходатайству «врага Украины» кн. Меньшикова.
Дело Полуботка означает переломный момент в судьбе казачьей старшины. Она ясно стала понимать, что эпоха ее хозяйничанья в Малороссии кончилась, что царь, раздраженный бесконечными путчами и изменами, решился прибегнуть к вернейшему средству ее обуздания — поднять на нее постоянно кипевшую ярость народа. Боязнь все потерять была, по-видимому, настолько сильна, что украинская аристократия перестает держаться за старинные казачьи права и все силы употребляет на удержание накопленных реальных выгод и ценностей. Она вступает на путь быстрого превращения в российское дворянство. История полна метаморфоз и перевоплощений; и это не первый случай, что насильническая буйная стихия становится, с течением времени своей полной противоположностью. Отбросив прежние казачьи иллюзии, степная вольница вступила на путь имперского строительства Малороссии и всей России. Из нее вышли великолепные государственные, военные и церковные деятели, множество ученых, писателей, да едва ли не вся та интеллигенция, которая, вместе с петербургской и московской, создала культуру мирового значения.