И вот тот же Д. Понтикос сейчас занялся геномом, точнее, сериями мутаций в нем. И в соответствии с ментальностью многих попгенетиков, стал применять принцип – «что вижу, о том пою». То есть беру картину мутаций в Польше – называю ее «польской картиной». Неважно, что она такая же, как в Беларуси или в Литве – пусть будет «польской». Вижу картину у американских индейцев, неважно, что они пришли из Сибири со своей сибирской гаплогруппой Q, пусть будет каноническая картина «американских индейцев». Причем американских индейцев в Сибири. Или американских индейцев во Франции. Или в Ирландии. Или в России. Отныне они все будут в своей части «американские индейцы». Узнаете «популяционную генетику»?
И вот такие люди закладывают основы новой дисциплины, при полном попустительстве остальных. И эти остальные чешут голову и гадают – откуда в Ирландии американские индейцы? Но раз Понтикос сказал, значит, так оно и есть. «Доктор сказал в морг, значит в морг».
Возвращаемся к началу нашего повествования.
Уже довольно давно я с определенным подозрением слежу за упражнениями Д. Понтикоса со снипами по всему геному. Понтикос, по своему незнанию и непониманию, сначала объявлял, что огромные погрешности в расчетах времен до общих предков делают эти расчеты бессмысленными. Но оказалось, что он в этих расчетах ничего не понимает. Мне препираться с ним надоело, и я задал ему конкретный вопрос – есть сто 67-маркерных гаплотипов, в которых суммарно 2000 мутаций. Когда жил общий предок этих ста гаплотипов, и с какой погрешностью определяется эта величина? Понтикос не ответил и предпочел ретироваться. Больше со мной он этот вопрос не поднимал.
Ответ на самом деле очень прост – 5000 лет назад с погрешностью плюс-минус 510 лет. При этом нужно оговорить два условия – что все эти гаплотипы происходят от одного общего предка, и константа скорости мутации определена с точностью плюс-минус 10 %. Если первое условие не выполняется, гаплотипы делятся на ветви, нет проблем. Второе условие обычно завышено, и погрешность на самом деле часто оказывается меньшей, ну да ладно, пусть будет для страховки. Лучше погрешность завышать, чем уменьшать.
Но Понтикос не успокоился, и вскоре объявил о том, что расчеты времен до общего предка не имеют смысла, потому что зависят от того, какие маркеры используют для расчетов. Его в этом отношении окрылила статья Busby et al (2011), которая оказалась предельно безграмотной (или запредельно безграмотной), хотя и опубликована в журнале Английского Королевского общества. Busby и соавторы взяли несколько «скоростей мутации» для отдельных маркеров, и нашли, что для разных маркеров получаются разные времена для общих предков. Эти «скорости мутаций» они взяли из сопоставления величин аллелей в примерно 1750 парах отец-сын. При этом английские авторы оказались настолько далекими от понимания простых вещей, что не поняли, что эти «скорости мутации» просто нельзя рассматривать для подобных расчетов. Например, в 1750 парах DYS393 мутировал три раза, а DYS390 – два раза. То есть DYS393 оказался более «быстрым», чем DYS390 (!). И авторы английской статьи, а вслед за ними и Понтикос, так и посчитали, что скорость 393-го более высокая, чем 390-го. И это и использовали в расчетах! Между тем, любой, кто хоть однажды видел серии гаплотипов, видел, что 393-й мутирует крайне редко, а 390-й строчит как из пулемета. То есть и английские авторы, и Понтикос не имеют о таких вещах ни малейшего понятия. Они не имеют понятия и о том, что 2 и 3 мутации в 1750 парах отец-сын – это никакая не статистика, там могла легко быть и 1 мутация, и 4–5 мутаций. Нельзя на таком уровне частоты событий вообще что-то рассчитывать. Это все равно, что бросить монету три раза, и на этом основании рассчитывать вероятность выпадения орла или решки. И на этом основании и английские авторы, и Понтикос делают выводы, что по мутациям ничего считать нельзя! Более того, Понтикос объявил на своем сайте, что я уже упомянул выше, что отныне он делает «бан» на расчеты ДНК-генеалогии и больше ничего на эту тему не помещает.
Следующим действием было его увлечение расчетами возраста гаплогрупп на основании числа SNP в гаплогруппах и субкладах по данным проекта «1000 геномов». Как он считал – он поначалу не показал, и просто опубликовал список «возрастов» по гаплогруппам. Три четверти из них совпадали с нашими датировками, опубликованными совместно с И.Л. Рожанским в нашей статье про Африку в Advances in Anthropology за полгода до того. Ссылки на нас он, понятное дело, не дал, но отметил, что считать по гаплотипам – это неправильно, надо считать по снипам. Я выступил на форуме RootsWeb, и задал ему вопрос – если он получает такие же цифры, как у нас, более того, подозрительно такие же, как он может говорить, что по снипам считать – правильно, а по гаплотипам – неправильно? Он стал скандалить, что это у нас неправильно, и стал приводить цифры по той четверти случаев, в чем у нас разница. Там, где совпадало, он умолчал. Но это было неудивительно, его натуру я уже знал.