Принципиальная методология нашего подхода описана во многих статьях. Число мутаций в сериях гаплотипов может рассматриваться с применением любого из четырех основных методов: «линейный», «логарифмический», «квадратичный» и «пермутационный». Самый простой – логарифмический, в котором и мутации считать не нужно, считаются только немутированные гаплотипы, и берется логарифм отношения числа всех гаплотипов в серии к числу немутированных гаплотипов и далее к средней скорости мутации маркеров в гаплотипе. Но перед этим необходимо убедиться, что вся рассматриваемая серия гаплотипов происходит от одного общего предка. Это, впрочем, непременное требование ко всем четырем методам расчетов. На это есть критерии, которые применяются к дереву гаплотипов рассматриваемой серии. Для линейного метода необходимо определить среднее число мутаций на маркер в данном гаплотипе, разделить на среднюю скорость мутаций и сделать поправку на возвратные мутации. Такую поправку необходимо делать и в логарифмическом методе. В квадратичном и пермутационном методах поправки на возвратные мутации делать не нужно, но эти два метода особенно чувствительны к примесям гаплотипов от других общих предков.
В любом методе необходимо использовать среднюю скорость мутации – на маркер или на гаплотип:
Для 12-маркерных гаплотипов – 0,020 мутаций на гаплотип, или 0,00167 мутаций на маркер,
Для 25-маркерных гаплотипов – 0,046 мутаций на гаплотип, или 0,00183 мутаций на маркер,
Для 37-маркерных гаплотипов – 0,090 мутаций на гаплотип, или 0,00243 мутаций на маркер,
Для 67-маркерных гаплотипов – 0,12 мутаций на гаплотип, или 0,00179 мутаций на маркер,
Для 111-маркерных гаплотипов – 0,198 мутаций на гаплотип, или 0,00178 мутаций на маркер.
Эти скорости мутаций откалиброваны при величине 25 лет на поколение. Последнее – фиксированная математическая величина, а не какое-либо иное соображение. Дело в том, что при расчетах в ДНК-генеалогии, исходя из числа мутаций или числа немутированных гаплотипов в серии, всегда получается величина
Давайте посмотрим, что получается. Задавая 26 поколений до общего предка (при 25 годах на поколение) получаем 12-маркерные гаплотипы, для ранней и последней серий гаплотипов:
44/68/26=0,025±0,004 мутаций на гаплотип на поколение,
81/143/26=0,022±0,002 мутаций на гаплотип на поколение.
Из 143 гаплотипов 86 были одинаковыми, то есть базовыми. Применяя логарифмический метод, получаем: [ln(143/86)]/26=0,020±0,002 мутаций на гаплотип на поколение.
Видно, что эти величины равны в пределах погрешности. Более детальные последующие исследования со многими сериями гаплотипов позволили уточнить константу скорости мутации как 0,020±0,001 мутаций на гаплотип на поколение.
Таким же образом калибруются и более протяженные панели гаплотипов, и не только по Клану МакДоналдов, а по многим документальным генеалогиям. Это детально описано в недавней статье в англоязычном журнале «Успехи антропологии».