Надо отметить, что бипедальность среди архаичных рептилий была тривиальным событием и возникала в истории неоднократно. Двуногость птиц легко возникла вследствие необходимости приподниматься над неглубокой водой при ловле рыбы. Хождение в мелкой воде на задних конечностях и ловля добычи удлинёнными челюстями снимали функциональную нагрузку с передних конечностей будущих птиц (см. рис. III-15,
В этот период существования птиц ничто не обещало им радужного будущего. Довольно небольшая группа бипедальных рептилий с очень специализированным зрением, рудиментарным обонянием и привязанная к определённому пищевому ресурсу была обречена на быстрое вымирание. Однако странноватые прибрежные рыболовы не исчезли. Развитие памяти, способности обучаться и ассоциативные возможности архаических птиц позволили им выжить и освоить новую среду обитания. Эти животные сохранились благодаря тому, что специализировались ещё в большей степени, чем можно было ожидать.
Вполне возможным этапом освоения водной среды стал переход предков птиц к питанию на глубоководных участках билатерали (см. рис. III-15, e). Основной причиной, как обычно, стала пища. В более глубоких зонах океанов пищи было значительно больше или она была доступнее. Предкам птиц потребовалось или перейти к нырянию на глубину, или исчезнуть с лица земли. Вероятнее всего, большая часть прибрежных рыболовов исчезла, а незначительная приспособилась к плаванию и нырянию. Допустив такое развитие событий, мы получим эволюционно перспективную ситуацию. Длинноногие и глазастые рептилии были вынуждены перейти к нырянию за пищей, находящейся в воде. Такой переход можно было совершить, начав использовать для плавания передние конечности, тем более что они долго не участвовали в активном движении. Этот ресурс был задействован для ныряния и непродолжительного плавания. Действительно, даже маленькие крылоподобные передние конечности пригодны для эффективного плавания. На них ещё нельзя взлететь, но с ними можно отлично нырнуть за добычей. В настоящее время огромное количество птиц способны как к полёту, так и к плаванию при помощи крыльев. Пингвины южного полушария, по-видимому, отделились от основной ветви птиц именно в этот момент. Они полностью перешли к плаванию и никогда не летали.
Вода намного плотнее воздуха, но плавательные движения под водой мало отличаются от полёта. Требования гидро- и аэродинамики к крыльям и перьевому покрову птиц практически идентичны. В плотной водной среде нагрузка на грудную мышцу предков птиц была очень велика, что стимулировало быстрое увеличение её размеров. Параллельно развивалась и гидродинамика перьевого покрова. В жёстких условиях водной среды асимметрия перьев крыла могла возникнуть намного быстрее, чем воздухе. С нырянием предков птиц связано изменение в положении и морфологической организации сонных артерий. Редукция сонных артерий обусловлена тем, что при нырянии основное сопротивление воды приходится на голову и шею животного. В этой ситуации сердце должно прокачивать кровь к голове, преодолевая давление воды, движущейся навстречу. Длинная шея предков птиц усложняла эту гидродинамическую задачу до предела. В результате произошли редукция числа сонных артерий и их перемещение в углубление или специальный канал на вентральной (брюшной) поверхности шейных позвонков. Вместе с ними изменил своё положение и симпатический нерв.
Ныряние предков птиц стало стимулом для развития центральных механизмов координации движений в трёхмерной среде. Сформировался огромный и сложный мозжечок, появление которого может быть связано с интеграцией кинематики движения всего тела в трёхмерной среде. В этих условиях остаток хвоста стал довольно существенной гидродинамической помехой. Хвост не участвовал в плавании, но создавал турбулентность, тормозящую движение, поэтому при дальнейшем развитии ныряния и плавания исчез окончательно.