В предвоенные годы массовых сталинских арестов началось наступление «народного академика» Трофима Денисовича Лысенко на научную биологию. Лысенковщина стала частью большевистской утопии. Одержав победу в огромной стране, большевики замахнулись на власть над законами природы. Лысенковщина стала «наукой» для невежд, переводящих оппонентов в «политическую плоскость».
Одной из главных крепостей, которую лысенковцам предстояло взять, был кольцовский институт. Лысенко и его сподвижники уже захватили Сельхозакадемию, успешно осваивали Академию наук, но в Наркомздраве поддержки не имели. В 1938 г. институт перевели из Наркомздрава в Академию наук и приступили к его ломке. На общем собрании в присутствии комиссии кольцовцы держались стойко, защищая директора и институт. Среди выступавших был и Рапопорт. Кольцов не согласился ни с одним из обвинений, ошибок не признал, но, вызвав огонь на себя и потеряв директорский пост, спас институт. Работа кольцовцев не прервалась. В 1940 г. в экспедиции был арестован великий ученый Николай Иванович Вавилов. В декабре в командировке не выдержало и сердце Кольцова. Упал занавес после первого акта трагедии советской генетики. В следующих на авансцену выйдет Иосиф Рапопорт.
Перед войной молодой генетик, работая с плодовой мушкой, выявил первые химические мутагены, не уступающие по силе действия радиации. К 1941 г. он обобщил свои данные. По определению Нобелевского комитета, научное открытие изменения генов под действием химических веществ по праву принадлежит ему и не знавшей о работе Рапопорта и начавшей работать в военные годы в Англии Шарлотте Ауэрбах. Идущего первым Рапопорта задержала война. Он ушел на фронт добровольцем, хотя, будучи кандидатом наук, имел бронь.
Юзика считали не знающим страха. Кольцовцы не сомневались в героизме любимца, знали о множестве его боевых наград и ранении в голову, чудом не ставшем смертельным, после которого он вновь (!) ушел на фронт. Но о неоднократных представлениях его к званию Героя Советского Союза, не полученному из-за прямоты характера, услышали лишь на панихиде от однополчан. Не знали и как в конце войны он со смертельным риском для жизни спас колонну плененных его частью немцев от случайного уничтожения с воздуха.
Сняв погоны, Рапопорт радостно окунулся в работу. Его ставшая приоритетной статья «Карбонильные соединения и химический механизм мутаций» появилась в журнале «Доклады Академии наук» уже в 1946 г. Он успел.