Ремонт нанесенных «Глоууормом» повреждений в плавучем доке занял примерно три недели. Помимо длинной вмятины, уходящей к носу вниз (при столкновении британский эсминец затянуло под корпус тяжелого крейсера) пострадали 7 топливных танков и 4 отсека, служащих для выравнивания крена, а также рефрижераторная аппаратура. В затопленных отсеках скопилось примерно 530 т воды. Но уже 1 мая крейсер покинул док, а 8-го прошел послеремонтные испытания и отправился в восточную Балтику, где и провел остаток месяца. 29 мая его отозвали обратно в Киль, где формировалось соединение, призванное облегчить тяжелое положение германских кораблей, «застрявших» в Норвегии и практически блокированных англичанами. Для этой операции, получившей название «Юно», в Киле готовились старые знакомцы: «Гнейзенау», "Шарнхорст" и «Хиппер», эскорт которых обеспечивали эсминцы «Гальстер», "Лоди", «Штайнбринк» и «Шёманн». 4 июня в 8 утра соединение вышло в море, обошло минные заграждения и в полдень 5 июня взяло курс на северо-запад, имея скорость 24 уз. Командовал соединением Маршалль, но над «Хиппером» тоже развевался флаг вице-адмирала Шмундта, командующего крейсерскими силами флота. 6 июня соединение встретило свой танкер «Дитмаршен». Отсутствие опыта в приеме топлива и плохая погода растянули процедуру заправки до самого вечера. Уже в сумерках командующий соединением адмирал Маршалль решил созвать военный совет. Командирам кораблей пришлось в бурном море садиться в шлюпки и отправляться на флагман, где адмирал собирался посвятить их в подробности намечавшейся атаки занятого англичанами Харстада, назначенной на 9 июня. Однако уже в ходе совещания были получены несколько сообщений от подводных лодок, свидетельствующих о наличии в море трех британских боевых групп, причем все они шли на запад. Маршалль решил, что британцы эвакуируют свои силы, и удар его соединения может оказаться ударом в пустоту. Ночью он принял решение атаковать ближайший конвой и с рассветом растянул свои корабли в цепочку на расстоянии 90 кбт друг от друга. «Хипперу» опять повезло: уже в 6 часов он обнаружил торговое судно. В это время последовал приказ командования группы «Запад» отделить крейсер и эсминцы для атаки конвоя, тогда как линкорам было предназначено несмотря ни на что атаковать Харстад. Пока передавались соответствующие сигналы, британское судно скрылось за струями ливня, и понадобилось некоторое время, чтобы вновь обнаружить его около 06.00. Это оказался флотский танкер "Ойл Пайонир" (5700 рег. т) в сопровождении 530-тонного вооруженного траулера "Джунипер".
На долю «Хиппера» достался траулер. В 07.00 орудия главного калибра крейсера были наведены на маленькое суденышко, не проявлявшее никакой реакции. Хейе пожалел дефицитные 203-мм снаряды и спустя 4 минуты приказал открыть огонь из 105-мм зениток правого борта с дистанции не более 10 кбт. Цель оказалась накрытой вторым залпом; на траулере возник пожар и он начал быстро крениться. Командир «Хиппера» приказал прекратить огонь, решив обследовать судно, но противник не проявлял никакого желания сдаться, и огонь был возобновлен. Долгой стрельбы не понадобилось: уже через минуту траулер опрокинулся и затонул. Всего в условиях плохой погоды крейсеру пришлось истратить для его потопления 97 105-мм снарядов. В это же время линкоры подожгли "Ойл Пайонир", который затем добил торпедой эсминец "Шёманн".