Главными задачами «бранденбуржцев» были: разведывательная работа в тылу противника, диверсионная деятельность, захват мостов, тоннелей, важных коммуникационных узлов, объектов военных и экономических интересов Германии и удержание их до подхода основных сил. От личного состава требовались высочайшие физические и психологические качества, способность выживать в экстремальных условиях. Кандидаты на службу в «Бранденбург-800» отбирались из числа солдат и офицеров, в том числе и войск СС. Кандидаты должны были знать языки стран, против которых велись военные действия, культуру и обычаи живущих там народов. Особо ценились склонность к риску и авантюрам, а также дисциплинированность и жестокость. Подбирались также узкие специалисты: снайперы, парашютисты, лыжники, связисты, автомобилисты, мотоциклисты, врачи. Многие из кандидатов в первый батальон к моменту вторжении в СССР прошли опыт военных операций во Франции, в Бельгии, Норвегии, Польше. Некоторая часть вернулась из госпиталей и приступила к усиленной подготовке. Желание служить и воевать в составе элитного подразделения было велико. На тренировке снова и снова отрабатывались навыки скрытного передвижения, ориентации на местности, маскировки, стрельбы из различных видов оружия, в том числе трофейного, отработка владения холодным оружием – штык-ножом, ножом, шомполом, просто тяжёлым подручным предметом. Проводились марш-броски, в ходе которых также выявлялись особенности качеств каждого курсанта.
При выполнении заданий «бранденбуржцы» часто действовали под видом гражданских лиц или в военной форме противника. Формально это противоречило нормам международного права, но Гитлер, как известно, освободил своих солдат от соблюдения всякого права и норм, в том числе и религиозных, по отношению к славянским народам и их армиям. Крупные подразделения и отряды передвигались под видом санитарных обозов и транспортных колонн, иногда беженцев. Переодетые в форму железнодорожников, почтальонов, шахтёров, под видом сторожей и беженцев «бранденбуржцы» проникали всюду, иногда в глубокий тыл, в непосредственную близость к интересующим их объектам. Действовали дерзко, решительно, беспощадно.
В ночь с 21 на 22 июня 1941 года отряды «Бранденбург-800» скрытно проникли на советскую территорию. Ко времени вторжения Первый батальон передислоцировался в Ольштын, в непосредственную близость к границе с СССР. Активно накапливалось трофейное оружие и форма бойцов и командиров РККА. Надо заметить, что слова «рота», «батальон» так же, как и «полк», в приложении к этому подразделению абсолютно условны. Рота могла насчитывать до батальона личного состава, а батальон, соответственно, до полка. Поэтому так легко к концу войны полк «Бранденбург-800» развернулся в дивизию СС под тем же наименованием. Ну а в июне 1941-го один из отрядов под командованием лейтенанта Каттвица углубился на советскую территорию на двадцать километров и захватил мост через реку Бобр. В полосе действий 123-й пехотной дивизии вермахта другая группа вырезала несколько пограничных застав, открыв путь своим войскам к беспрепятственному переходу границы. Отдельные группы «бранденбуржцев», действовавшие также в тылу РККА, сумели ликвидировать несколько командиров и политработников РККА в районе Сувалок, Гродно, Рудавки, Августова, Голынки. Но главной целью диверсантов в период проведения войсками вермахта крупных наступательных операций оставались мосты. Там, где охрана проявляла бдительность и не давала себя застать врасплох, диверсантов встречали огнём. В это время Первый батальон, действовавший в полосе наступления группы армий «Центр», нёс значительные потери. 25 июня одна из групп попыталась захватить мост в районе Молодечно, но была вовремя обнаружена и полностью уничтожена. Однако успешно был захвачен мост через реку Двину под Двинском и удерживался до подхода танков из группы армий «Север». Здесь действовали переодетые в форму советских солдат диверсанты 8-й роты. 29–30 июня Первый батальон «Бранденбурга» и батальон «Нахтигаль», сформированный из украинских националистов, захватили Львов и устроили резню евреев. В те же дни вышел приказ ОКВ, согласно которому 800-й учебный полк был усилен 17-й и 18-й ротами спецназначения. Вместе с «бранденбуржцами» в той или иной операции зачастую действовали подразделения из уже названного батальона СС «Нахтигаль» («Соловей») и батальона СС «Роланд».
Летом 1941 года Первый батальон «Бранденбурга» провёл ряд успешных операций: уничтожил батарею зенитных прожекторов на мысе Пеклый и обеспечил переправу румыно-германских войск с Керченского полуострова на Таманский; на десантных планерах десантировался на эстонский остров Эзель и уничтожил здесь заграждения и укрепления. В августе провёл серию диверсий на стратегически важных железных дорогах СССР.