С вхождением Прибалтийских республик в состав СССР в 1940 г. база была лишь частично восстановлена в качестве военного порта. Советское командование осознавало уязвимость вынесенного почти к границе с Германией порта. Перед войной на Лиепае базировалась только 1-я бригада подводных лодок. Незадолго до начала боевых действий военный совет КБФ, заручившись поддержкой наркома ВМФ Кузнецова, вывел из Лиепае два дивизиона подводных лодок с их плавбазами «Смольный» и «Иртыш». Их перебросили в Усть-Двинск. В итоге в базе осталось 15 лодок из 23 в бригаде в целом. Из них исправными к 22 июня 1941 г. числились лодки Л-3, М-77, М-78, М-79, М-81, М-83. Еще две лодки, С-9 и М-80, имели мелкие неисправности. «Малютке» М-71 из-за коррозии корпуса было запрещено погружаться. Две субмарины заканчивали средний ремонт на заводе «Тосмаре» (С-1 и С-3), но еще не были боеготовыми. Бывшие латвийские «Ронис» и «Спидола» готовились к постановке в средний ремонт. Экс-эстонские лодки «Калев» и «Лембит» нуждались в проверке боезапаса и переоборудовании под советские стандарты. Помимо лодок, в Либаве находился отряд торпедных катеров (5 единиц) и катера охраны рейдов (4 единицы).
Мощности судоремонтного завода «Тосмаре» стали ценным приобретением для советского ВМФ. Естественно, их использовали, как говорится, «на всю катушку». Однако осознание надвигающейся опасности заставило вывести из Лиепаи в Таллин ремонтировавшийся минный заградитель «Марти». Причем неисправный корабль вытащили на буксирах. На «Тосмаре» остался в ремонте старый эсминец «Ленин». Пока война не началась, вовсе прекращать работу завода было бы чрезмерной предосторожностью. Поэтому в ночь с 21 на 22 июня в Лиепае для ремонта прибыл тральщик Т-204 «Фугас».
В 4.50 22 июня Военный совет КБФ объявил по флоту о начавшейся войне с Германией. Около 6.30 командование флота получило радиограмму от Н. К. Кузнецова начать мероприятия, предусмотренные планом прикрытия. В дозор на подступы к базе были отправлены сначала две подводные лодки, а затем к ним присоединились еще две. План также предусматривал постановку минных заграждений на подступах к Лиепае. Прибывший ночью тральщик Т-204 оказался тут как нельзя кстати. За 22 и 23 июня он шесть раз выходил в море для постановки заграждений. Всего было выставлено 206 мин образца 1912 г. До конца года на этом заграждении подорвались немецкие охотники за подлодками, сторожевик и два тральщика.
С началом войны был продолжен запущенный еще до нее процесс вывода из близкой к Германии базы боевых кораблей. Уже в первые часы войны последовал приказ начальника штаба флота о переводе лодок в Усть-Двинск. До вечера 22 июня Лиепае покинули подводные лодки «Лембит», «Калев», С-9, М-77 и М-78. Вслед за ними из базы в сопровождении всего одного пограничного катера ушел танкер «Железнодорожник», что позволило вывезти часть запасов жидкого топлива. Этот этап эвакуации прошел сравнительно благополучно, была потеряна только лодка М-78, потопленная утром 23 июня в районе Виндавы немецкой подлодкой U-144.
Вывод частей ВМФ из Лиепаи проходил не только по морю, но и по суше. Утром 23 июня на восток была отправлена 18-я железнодорожная батарея 180-мм орудий. Как писалось в расследовании обстоятельств потери Либавы «на пути командование батареи получало ряд провокационных слухов даже от официальных лиц (некоторые начальники станций сообщали, что впереди немцами взорваны ж.-д. мосты, на самом деле все они были не тронуты на всем пути следования батареи)». Если бы командиром батареи был склонный к панике человек, она была бы взорвана и ее искореженные орудия стали бы достопримечательностью, на фоне которой фотографируются оккупанты. Но, к счастью, этого не произошло. Пережив несколько авианалетов, в 12.00 24 июня батарея прибыла в Ригу.
На эсминце «Ленин» утром 23 июня были введены в действие два из четырех котлов, корабль самостоятельно отошел от стенки. На нем началась приемка мазута. К 23 июня на южные подступы к городу были выдвинуты части 67-й стрелковой дивизии, которые остановили наступающих немцев на рубеже реки Барта. Серьезным аргументом обороняющихся были береговые батареи Лиепаи – три 152-мм и двадцать два 130-мм орудия.
Своеобразие обстановки для 291-й пехотной дивизии заключалось в том, что она, с одной стороны, должна была штурмовать находившийся на побережье город, с другой – делать это в отрыве от основных сил 18-й армии. Соответственно, на саму Лиепаю поначалу был нацелен лишь один усиленный 505-й пехотный полк полковника Карла Ломейера. В 19.30 23 июня 505-м полком была захвачена Гробиня – узел дорог примерно в 10 км к востоку от Лиепаи. Основная масса дивизии с вечера 23 июня выходила в район Приекуле-Скуодас и занимала там оборону фронтом на север и восток.