Одной из первых забот Ермолова было возобновление работы лучшей в России сельскохозяйственной школы. Но о прямом восстановлении «гнезда бунтовщиков» не могло быть и речи; Александр III и слышать об этом не хотел. Тогда Ермолов решил сыграть на хозяйственной струнке прижимистого монарха и поставил вопрос так: «Нельзя же не использовать по назначению здания, стоившие таких затрат, лаборатории, библиотеку, опытное поле и ферму, которые достигли тройных урожаев против среднего русского урожая». Он предложил компромисс, который всех устраивал: не восстанавливать Петровскую академию, а создать на ее месте совсем другую школу. Это предложение было принято, но обвести Александра III вокруг пальца не удалось. Согласие-то он дал, но тут же поставил ряд таких ограничивающих условий, что вся затея Ермолова грозила обернуться полной неудачей. Мыслящий государственный деятель, он понимал необходимость создания достаточно широкого круга образованных агрономов, на которых могла бы опираться работа по поднятию общей культуры земледелия в стране. Император же склонен был заботиться только о землевладельческой верхушке. По высочайшему повелению новый институт должен был возникнуть в качестве закрытого учебного заведения с ограниченным приемом, преимущественно детей землевладельцев (имелись в виду, разумеется, землевладельцы крупные, поместные), со строгим инспекторским надзором.
Так или иначе, осенью 1894 года Вильямс вручил ключи от помещений академии администрации открытого на ее месте Московского сельскохозяйственного института. На первый курс было принято всего пятьдесят человек. Новых студентов обязали носить форму, «отдавать честь генерал-губернатору, митрополиту, своим начальникам и профессорам». В институте уже не было ни Стебута, ни Тимирязева, ни Фортунатова. Находившимся в то время в Москве В. Р. Вильямсу и П. Р. Слезкину было предложено читать курсы общего и частного земледелия. А когда вернулся из-за границы Прянишников, Костычев и ему предложил кафедру. Это было возможно, поскольку молодые преподаватели Петровки в высших сферах рассматривались как «меньшее зло».
Наступила пора тягостных раздумий. «Я пошел советоваться к Стебуту и Тимирязеву, — рассказывал Прянишников, — следует ли мне идти на кафедру туда, откуда эти лучшие наши учителя были изгнаны, а правлению нового вуза поручено было чуть ли не искоренить самую память о Петровской академии».
Стебут посоветовал — идти. «Перемелется — мука будет». Стебут предсказывал, что царские поправки к замыслам Ермолова будут неизбежно опровергнуты жизнью: отпрыски разоряющихся «благородных» помещичьих семей вряд ли будут толпиться у врат учебного заведения, окончание которого не обещает заманчивой чиновничьей карьеры. А когда в стенах института появится настоящий студент — от земли, — все постепенно образуется.
Мудрый старик словно в воду глядел; как он и предполагал, передовая профессура, постепенно начавшая брать верх в обновленном институте, мало-помалу справилась и со строгим сословным и имущественным цензом, призванным охранять классовую чистоту студенческих рядов реформированной Петровки. Нового директора — Рачинского — удалось уговорить распространительно толковать статью устава, разрешавшую прием в институт лишь «детей землевладельцев». В конце концов при достаточном желании формально «землевладельцем» можно было признать каждого обладателя «душевого надела». В академию в большом числе снова стали проникать мужицкие сыны. Второй барьер — сравнительно высокая оплата за обучение и практически полное отсутствие стипендий — был труднее преодолим, но и тут находился выход. Пользуясь своими личными связями, профессора устраивали неимущих студентов в различные экспедиции, рекомендовали как репетиторов. Словом, вытягивали как могли.
Конечно, плетью обуха перешибить не удавалось. Общий контингент учащихся Московского сельскохозяйственного института был до смешного мал: двести-триста человек. Он немного возрос лишь после революции 1905 года, когда институт получил более широкие возможности профессорского самоуправления.
У Тимирязева, помимо тех же соображений, было еще одно частное, касавшееся непосредственно кафедры общего земледелия, с которой Прянишникову предстояло осуществить нелегкое размежевание учебных дисциплин. В критический час решений, когда обсуждался вопрос — идти или не идти Прянишникову на кафедру реорганизованного института, туда, откуда были изгнаны его лучшие учителя, Тимирязев говорил: «Идите, а то студенты по линии земледелия останутся на съедение одному Вильямсу. Да там нет и физиологии; вы по крайней мере земледелие будете строить на физиологических основах» [4].
Неуютно было старым петровцам как будто бы в тех же самых и в то же время так резко изменившихся стенах.
«Нам, чтившим память прежней академии, приходилось нередко чувствовать себя в совете какими-то отщепенцами», — вспоминал Прянишников это нелегкое время.