После бегства всего высшего командного состава руководить обороной было поручено генерал-майору Новикову, ранее командовавшему одной из стрелковых дивизий. Тот организовал командный пункт в 35-й береговой батарее и поспешно попытался сформировать из разгромленных и бегущих частей новые подразделения. Новиков даже попытался возвести новый оборонительный рубеж на мысе Херсонес. Однако времени на это уже не было.
На рассвете 1 июля германская артиллерия снова открыла ураганный огонь, а вскоре небо снова наполнилось гулом самолетов. Удары наносились по береговым батареям, поспешно подготовленным оборонительным позициям.
Тем временем в 13.35 по берлинскому времени над Севастополем был торжественно поднят красный флаг со свастикой. Однако отдельные очаги сопротивления в районе мыса Херсонес держались еще несколько дней. А в ночь на 2 июля из крепости вышли последние сторожевые катера. На одном из них – СКА-0112 – пытались эвакуироваться последние «ответственные работники», еще недавно призывавшие красноармейцев биться до последней капли крови. В том числе упомянутый генерал-майор Новиков. Однако далеко не ушли… На рассвете катера СКА-0124 и СКА-0112 были атакованы немецкими торпедными катерами. В последовавшем морском бою первый был потоплен артиллерийским огнем, а второй получил тяжелые повреждения и в духе пиратов был взят на абордаж!
Новиков, а также комиссар 109-й стрелковой дивизии Хацкевич, бывший командир потопленного крейсера «Червона Украина» И.А. Заруба и еще нескольких старших офицеров не стали отстреливаться до последнего и сдались в плен.
Незадолго до окончательного падения Севастополя подразделения VIII авиакорпуса начали перелетать на север, в район Курска, где они снова оказались под непосредственным руководством Рихтхофена. Авиационное командование «Зюд» осталось в Крыму. Оберсту Вольфгангу Вилду были поставлены три основные задачи: противовоздушная оборона немецких войск и военно-морских баз на полуострове, наблюдение за передвижениями советского Черноморского флота и атака его кораблей и, когда придет время, поддержка немецкой армии во время наступления на Кавказе.