Карамзин считал, что, хотя мятежники и не назвали Бориса, “уважая в нём царицына брата”, Годунов затаился для мести, думая, что клеветники готовят ему гибель и для него было крайне важно: “… наказание Ляпуновых, Кикиных и других главных возмутителей Московской черни: их послали в дальние города и заключили в темницы. Народ молчал или славил правосудие Царя; Двор угадывал виновника сей законной строгости и с беспокойством взирал на Бориса, коего решительное владычество открылось не прежде Феодорова Царского венчания, отложенного, ради шестинедельного моления об усопшем Венценосце“. [11] Трудно судить об объективности Карамзина, тем более что тогда ещё правили регенты. Последующие историки, как и Карамзин, тоже были склонны обвинять Годунова в излишнем властолюбии.
После отъезда Нагих в Углич Богдан в Москве, надеясь занять значительное место в Боярской думе. «Дело» Бельского, сильно озадачило новых правителей. Имена Скуратовых-Бельских для большинства бояр в Думе означало лишь ненавистную опричнину. Регентам царя Фёдора Ивановича было важно решить, кого из ближайших людей Ивана IV возможно оставить на службе. Царский оружничий Богдан Бельский не захотел мириться с их решением и не сумел что-либо изменить.
За Бельским сохранили чин оружничего и почётное положение воеводы в Нижнем Новгороде, лежащем на важной дороге в Казань. Борис Годунов выиграл и в этом случае. Ему оставалось только демонстрировать «праведный гнев», слегка наказывая зачинщиков бунта со товарищи, стрелявших по Кремлю, пусть и в защиту самих бояр, которым, в общем то ничто не угрожало. Он не мог не поддержать устранение из царского дворца Нагих вместе с царевичем Дмитрием и других последователей Грозного.
Фёдор оказался неспособным к полноценному управлению страной, и Богдан Бельский, как «дядька» Дмитрия, мог заговорить о правах младшего царевича на престол. Во всяком случае, в 1605 году, при Самозванце85, он будет всячески прославлять свои услуги, реальные или мнимые, оказанные спасенному царевичу Дмитрию! Из письма от апреля 1584 года Льва Сапеги становится очевидным, что действительно имело место попытка переворота, возможно с сохранением прежнего порядка власти Ивана Грозного («чтобы тот двор и опричнину соблюдал так, как его отец» ). Кроме того, Бельский «хотел возвести на престол младшего царевича» , но ещё при жизни Грозный отказался от опричнины. Одно дело возвести на престол Димитрия, и совсем другое – вернуть опричнину. Звучит сомнительно, что Бельский хотел её возврата.