В оправдание этим выводам Люшков сообщал, что засоренность аппарата НКВД шпионами и заговорщиками сама за себя говорит. В этих условиях он решил, прежде чем поехать во Владивосток в незнакомую обстановку, вызвать Визеля в Хабаровск. Он инсценировал совещание начальников областных управлений НКВД и таким образом арестовал Визеля. Раньше он не мог этого сделать, так как приехал во Владивосток с маленькой группой в 7 человек и с первых же часов приезда развернул очень активное следствие. Так как тюрьмы не было, его сотрудники сами вынуждены были охранять Дерибаса, Западного, Полозова и Барановского. Не разобравшись в людях, они не могли оказывать слепого доверия кому бы то ни было.
Люшков признал безобразным факт самоубийства Визеля. Признал свою вину, что не уберег его. После того как Везель сознался и написал заявление (это было под утро), следователь Малкевич решил отпустить его в камеру, а самому отдохнуть, ибо они сидели, не выходя из кабинета, двое суток. Визель, как это было установлено, заранее готовился к самоубийству в случае ареста. В портфеле у него лежали конфеты, начиненные сулемой, и кусок туалетного мыла, в который также был заделан яд. Известно, что у ряда следователей, после того как они добивались признания у арестованного, ослабевает бдительность. Это случилось и с Малкевичем. Визелю удалось его обмануть. Сославшись на то, что он долго не мылся, он попросил дать ему в камеру мыло, которое находилось в лежавшем тут же его портфеле. Малкевич согласился. Люшков принял все меры, чтобы спасти Визеля, но сулема попала в почки, и врачи ничего сделать не смогли.
Осмоловский и Диментман в письме Ежову брали также под подозрение деятельность Люшкова по борьбе с врагами советской власти на Дальнем Востоке. По их словам, он якобы тормозил ликвидацию заговора по Тихоокеанскому флоту. В доказательство они писали, что 18 августа перед Люшковым ставился вопрос об аресте Лаврова и Бибикова, но ничего не было сделано.
В ответ на это обвинение Люшков пишет, что он приехал в Хабаровск 9 августа и, несмотря на то, что первое время все внимание в соответствии с указаниями Ежова сосредоточил на расчистке аппарата НКВД от предателей, сразу обратил внимание и на Тихоокеанский флот. 18 августа он вызвал из Владивостока для доклада Осмоловского и по своей инициативе поставил перед ним вопрос о вскрытии заговора. В тот же день отправил в Москву телеграмму, где ставил вопрос об особо важном значении развития этого дела, прося санкции на аресты.
Посылая Диментмана во Владивосток, Люшков поставил перед ним задачу по ликвидации заговора. Как только 16 октября он получил сообщение об Окуневе от Диментмана, в тот же день поставил вопрос об его аресте. При этом указав на то, чтобы он без его ведома не ставил вопрос об аресте Окунева. При этом Люшков исходил из директивы Ежова, указывавшей на необходимость прекратить самостоятельную постановку местными органами перед Москвой вопросов об арестах подозреваемых без ведома начальников УНКВД.
Люшков считал, что он должен нести ответственность за порученное дело и сам решать эти вопросы. Он писал, что не сомневался в наличии заговора в Тихоокеанском флоте и не брал под сомнение показания отдельных арестованных. После выезда во Владивосток он перед руководством еще раз поставил вопрос о существующем заговоре. 12 декабря 1937 г. были даны указания о ликвидации этого заговора.
В отношении ссылок на заявление Люшкова о чересчур близких отношениях с Военсоветом руководства УНКВД, то оно основывалось на том, что Диментман и Осмоловский пытались создать такое положение, когда Военсовет был полностью в курсе всех чекистских мероприятий, зная обо всех решениях раньше Люшкова. Он считал такое положение неправильным, полагая, что аппарат НКВД не может быть информатором у Киреева.
В заключение Люшков извинялся, что занял у Ежова дорогое время, но выдвинутые против него обвинения были настолько тяжелые, что он не мог не задержать внимание Ежова на своих объяснениях. Он заверил наркома, что никогда никаких колебаний в борьбе с врагами народа он не проявлял и не проявляет.
Существует версия, что Люшков испугался показаний арестованного начальника УНКВД по Приморской области Я.С. Визеля, с которым работал в конце 1920-х гг. в ИНФО ГПУ Украины. При обыске у Визеля был изъят портфель, в котором помимо бумаг лежали полотенце, кусок туалетного мыла и две шоколадные конфеты. Осмотрев мыло, в нем нашли тщательно замаскированное отверстие, наполненное неизвестным порошком, предположительно, ядом. В одной из шоколадных конфет также оказался яд (сулема). О находке якобы сообщили Люшкову, но тот приказал ядовитый порошок не извлекать, а отверстие аккуратно заделать. После того как Визель начал давать показания о своей антисоветской деятельности на Украине и Дальнем Востоке, ему передали в камеру отобранные кусок мыла и конфеты. Спустя час Визель отравился. Его в тяжелейшем состоянии доставили в тюремную больницу, где спустя несколько дней он скончался.