Вместе с прибывшим из Москвы дворянином Д. Зиновьевым Хабаров отправился в столицу. Там первопроходец был принят с большой благосклонностью царем Алексеем Михайловичем, пожалован в дети боярские. Москва учредила Нерчинское воеводство, которое должно было распоряжаться и Амурским краем. В составлении наказной грамоты для нерчинского воеводы Пашкова деятельное участие принимал и Хабаров.
Преемник Хабарова казак О. Степанов отбил нападение 10-ти тысячного маньчжурского войска, вооруженного пушками, от Кумарского острога. Однако Степанов был человеком куда более простого мышления, чем Хабаров, и решил добывать «казацкий хлеб» у маньчжуров. Но эти покорители Китая имели в достатке огнестрельное оружие, в т. ч. получаемое от голландской Ост-Индской компании.
Степанов, отправившись вниз по Амуру, вошел в Сунгари, где взял крупный маньчжурский город Нингута (совр. Ниньянь). В 1658 г. казацкий Кортес, нарушив запрет воеводы Пашкова, снова пошел в Маньчжурию и сгинул на Сунгари вместе со своим отрядом.
С 1650 по 1689 гг. вся река Амур находилась во владении России. Племена, жившие по ее левому берегу, давали русским ясак. От Албазина, стоявшего в 180 верстах от верховьев Амура, проложена была сухопутная дорога до Удского острога.
На карте, напечатанной во времена Алексея Михайловича, Амур показан границей России на Дальнем Востоке. От устья Сунгари пограничная линия отклонялась к юго-востоку, захватывая часть современной китайской территории и нынешнего Приморского края.
В 1684 г. было создано албазинское воеводство, ведавшее собственно Амурским краем, однако внешнеполитическая ситуация к этому времени серьезно ухудшилось. Маньчжуры, завершив покорение Китай (последним был завоеван о-в Тайвань, при помощи голландского флота), всерьез занялись русскими в Приамурье. 15-ти тысячное маньчжурское войско, имевшее 200 орудий, бомбардировало и и взяло Албазин, где было только 450 человек гарнизона при большом недостатке пороха. На следующий год русские во главе с полковником фон Бейтоном и алабазинским воеводой Толбузиным отбили и восстановили городок. В 1687–1688 гг. маньчжуро-китайское войско осаждало Албазин, но ушло, потеряв половину личного состава.
В 1689 г. в Нерчинске начались переговоры с дипломатами, присланными маньчжуро-китайской империей Цин. В качестве переводчиков и, возможно, советников по русским делам, у цинских переговорщиков было два иезуита, Жербильон и Перейра.
Цинские дипломаты прибыли в Нерчинск, что говорится, не с пустыми руками. Захватили они с собой и 10-ти тысячное войско, грозя, в случае неудовольствия, немедленно захватить город и возмутить нерчинских бурят-буддистов. Окольничий Ф. Головин, возглавлявший русскую делегацию, хоть и заявлял протесты, но поддавался на угрозы. В Забайкалье и так уже было неспокойно из-за монгольских набегов, а у нерчинского воеводы имелось под началом только 500 казаков.
Сперва цинские дипломаты требовали провести новую границу от реки Горбицы до истоков р. Уда и далее на север, к «чукотскому носу» по вершинам гор, огибающих Охотское море, забирая себе всё побережье этого моря. Эти требования Головин не принял, поэтому маньчжуро-китайцы, сообразив, что они ничего не знают о северных горах и Чукотском носе, умерили свои аппетиты.
В итоге, граница между Россией и империей Цин была не столько кардинально передвинута к северу и стала проходить от верховьев р. Горбицы, по Шилке, Аруге, вдоль вершин Станового хребта до верховьев р. Уды.[235] Далее граница, вплоть до моря, оставалась неопределенной.
После заключения договора русское население с Амура ушло. Албазин был маньчжурами срыт. Русские, лишившиеся амурского водного пути, на тихоокеанском побережье южнее Гиляцкого мыса не селились.
По мнению знаменитого путешественника Невельского, русские переселенцы могли бы и в 17 в. закрепиться в Приамурье, если бы «учредили бы порядок и дисциплину между вольницей», «прекратили бы разъезды казаков на грабежи к инородцам и в Маньчжурию», больше занимались «основанием по берегам Амура и его притокам земледельческих поселений».
Цинская империя, завладев Амурским краем, развивать его не стала. Маньчжуры и китайцы, несмотря на перенаселенность Поднебесной империи, не сделали никаких попыток к его освоению. На протяжении последующих 170 лет Амур оставался диким. Если точнее, одичал еще более, маньчжуры уходили отсюда на юг, на китайский рис.
А на наше несчастье, потерянный Амур был единственной крупной сибирской рекой, текущей не с юга на север, а с запада на восток, в Тихий океан. Российское Забайкалье, да и вся восточная Сибирь, потеряв удобное сообщение с морем и потенциальную житницу, утратили и возможности для быстрого заселения.