Могильники во все времена были самыми лучшими источниками сведений о древних культурах. Обряд захоронения относится к одним из самых древнейших ритуальных практик. А так как для древнего человека важно было именно снарядить умершего в новый путь, то археологи получают прекрасный материал для анализа мировоззрения людей тех далеких времен. Могильники Страны городов представляют собой ямы-склепы, где практически всегда обнаруживаются останки нескольких человек (возможно, обряд включал в себя умерщвление сопровождающих). Можно представить себе этот обряд: могильники всегда отстоят в стороне от поселений, должна быть какая-то ландшафтная граница между миром живых и миром мертвых. Это значит, что тела обряжались в городе, в жилищах аркаимцев, там же готовилась вся утварь и предметы оружия и быта, которыми следовало снабдить умершего, а потом процессия двигалась в сторону могильника. Строительство могильника тоже было небыстрым делом: это ямы глубиной до 3,2 м от древней поверхности, шириной почти 2,5x2,5 м! Такая яма предназначалась не для прагматичного «закапывания тела» умершего человека, но представляла собой именно «антидом»: перевернутое, опрокинутое в землю новое жилище для умершего человека. По-видимому, от смерти человека до обряда проходило немало времени, а это значит, что древние люди знали, как предохранить тело от разложения. Но несомненно, что сразу по смерти человеку придавалась скорченная поза: он укладывался на бок, его ноги были поджаты к животу, руки согнуты в локтях, а кисти рук располагались возле лица. Это, разумеется, как и в детских захоронениях внутри аркаимских жилищ, имитация внутриутробного положения: рожденный из утробы матери, человек уходил навечно в утробу Матери-Земли.
Аркаимский могильник не предполагал использования гроба («дом в доме»). Всё пространство ямы-склепа было своеобразной «квартирой» умершего. Если аркаимский дом имеет горизонтальное членение (комнаты, которые делят на секции помещение) и вертикаль (лестница на крышу и в оборонительную стену), то и могильник устроен примерно так же. Само расположение тел людей и животных представляет собой своеобразную драматургию обряда погребения. Так, очень часто обнаруживаются захоронения в «позе объятий»: когда два тела уложены лицом друг к другу, тела будто переплетены в объятии. При этом, как ни странно, не всегда это тела женщины и мужчины (тогда символика такого захоронения была бы прозрачной и ясной). Но даже если это два юноши, то один из них наряжен как девушка, а если две женщины, то одна из них «выполняет» мужскую роль. Здесь важна именно символика единения противоположностей, которая пронизывает всю мифологию древних. Точки единства Неба и Земли, мужского и женского, дня и тьмы, холода и жара, влаги и сухости, старости и юности, смерти и жизни — вот неполный перечень таких значимых противопоставлений, отраженных в каждом элементе аркаимской жизни — и в погребальном обряде в том числе. Женские тела буквально осыпаны украшениями, в отличие от лаконичной экипировки на тот свет мужчин. Археологи говорят о таком явлении, как «сверходетость» покойников: снаряжение их на тот свет было важной и ответственной задачей, а испытания, ожидавшие умершего, были предметом самых смелых предположений, поэтому покойник должен был быть основательно подготовлен. Так же тщательно обустраивалась и «квартира»-склеп: обнаружены даже многоуровневые захоронения, где каждая камера-этаж хранит какой-либо важный элемент (например, в захоронении колесничего нижнюю часть могильника занимает колесница, далее следует захоронение воина, а уж потом, в верхней части, располагается захоронение лошадей). Интересно, что иногда обнаруживалось захоронение целого стада вместе с каким-то важным жителем поселения. Но значимо также, что и животных хоронили в позе объятий. Это говорит одновременно о невыделенности человека из общего пространства природы, а также о священном отношении к животным. Такое отношение (одушевление всего живого) вполне соотносится с философией «Ригведы» и «Авесты» — памятников, чье содержание восходит к устной традиции Южного Зауралья четырехтысячелетней давности.