Реформы Петра I, направленные на вестернизацию России, захватили и церковь. После смерти патриарха Адриана в 1701 году патриаршество фактически было упразднено. По словам князя Е. Трубецкого, «церковь была в буквальном и техническом смысле обезглавлена». Вместо патриаршества и церковных соборов в 1721 году вводилось коллегиальное управление под латинским названием «Коллегиум духовное», впоследствии переименованное в Святейший синод, — гражданское ведомство по делам религий, при котором заседали вызываемые по очереди для присутствия в Синоде архиереи (фактически с совещательным правом голоса). Реальное же руководство Синодом осуществлял гражданский чиновник — обер-прокурор, назначаемый императором из числа светских лиц.
Тем самым в основу церковной реформы был заложен заимствованный у протестантов принцип: «чья земля — того и вера», то есть светский феодал одновременно становился главой христианской церкви на своих землях. Главою церкви, «крайним Судией Духовной коллегии» Петр I назначает… самого себя! И именно царю, как главе церкви, вплоть до начала XX века должны были приносить присягу члены Святейшего синода. Титул «Отец Отечества», принятый Петром в 1721 году, до того мог быть применён исключительно к архипастырю, прежде всего к патриарху (так назывались вселенские патриархи — Константинопольский и Александрийский). Чтобы придать этим чудовищным каноническим извращениям видимость законности, Пётр избрал проверенный ещё его родителем способ: дипломатическое давление на восточных патриархов.
Главную роль в проведении новой церковной реформы играл Феофан Прокопович (в миру — Елеазар). Личность эта была крайне одиозной. Родившийся в Киеве, в семье купца, принадлежавшего к господствующей церкви, он в юности постригся в монахи в униатском монастыре с наречением имени Елисей. Учился он в Киеве, Владимире-Волынском, а после пострижения — в Риме, откуда бежал и в 1702 году был присоединён к господствующей церкви. Вернувшись на родину, он снова постригся в монахи в 1705 году с именем Феофан, которое взял в честь своего дяди. Преподавал риторику, философию, затем «высшее богословие» в Киевской академии. В 1706 году, после того как он прочёл торжественное слово по случаю Полтавской победы, его заметил Пётр I, который через несколько лет вспомнил о нём. Тогда Феофан был назначен ректором академии, в которой стал насаждать протестантское богословие. После жалоб преподавателей Пётр I потребовал Феофана к себе, и с тех пор тот стал верным соратником императора. По личному указанию Петра Феофан был посвящён в епископы, а в 1718 году — в архиепископы с номинальным наречением Псковским, но с проживанием в Петербурге. Вскоре он стал вице-президентом новоучреждённого Синода. И после смерти Петра Феофан, будучи хитрым и жестоким политиком, сумел завоевать расположение новых правителей, пользовался большим почётом у императрицы Анны Иоанновны. По словам историка Н.И. Костомарова, Феофан «стал… ужасным тираном, не разбиравшим никаких средств… стал безжалостным мучителем, который тешился страданиями своих жертв даже и тогда, когда они переставали быть для него опасными». Замечательная характеристика этого человека содержится в тайных записках новообрядческого епископа Никодима (Казанцева), опубликованных посмертно после 1905 года: «По одиночному своему усмотрению Пётр избрал для сочинения устава Синоду архиерея Феофана Прокоповича, которому не следовало и быть архиереем. Он отрекался от православия, был католиком, потом лютеранином и снова возвратился в православие. Такому ли, шатающемуся верою, быть сочинителем устава православному правительствующему Синоду?..»