За настоятелем шли «старейшие соборные». Это были наиболее уважаемые за старшинство лет члены собора. В некоторых случаях они могли самостоятельно производить суд и расправу, но их права и обязанности не были строго определены уставом.
Руководство повседневной жизнью пустыни осуществляли должностные лица, традиционные для монастыря киновийного типа: келарь, казначей, нарядник, городничий. Круг их обязанностей был закреплён уставом. Так, келарь должен был наблюдать за следующими четырьмя службами: трапезной, хлебенной, поваренной и больничной. На него были возложены заботы о равномерном и целесообразном распределении жизненных припасов Выговской общины, об удовлетворении всех «кормовых нужд» братии. По сути, это был эконом Выговского монастыря, только эконом исключительно по столовой, «трапезной» части. Забота о съестных припасах, подведение годовых итогов об издержках на продовольствие, наблюдение за подчиненными ему лицами: поварами, келарниками, стольниками, хлебным старостой (особый надсмотрщик над хлебопёками), наблюдение за дисциплиной в трапезной во время братских обедов и ужинов, наказание нарушителей дисциплины — всё это было возложено на келаря. Здесь, между прочим, следует отметить, что и питание в Выговской киновии осуществлялось в соответствии с древними монастырскими уставами — два раза в день, а в дни строгого поста — единожды в день. При этом никому не позволялось обедать или ужинать в своих кельях, за исключением тяжелобольных и тех, кому благословит настоятель с соборными. Также не позволялось носить на общую трапезу свою пищу.
В обязанности казначея входило тщательное сбережение братского имущества, которое, как уже говорилось выше, рассматривалось как принадлежащее Самому Богу. Обязанности казначея во многом были схожи с обязанностями келаря — только не по «прокормлению» братии, а по её «одеянию».
В ведение нарядника входили следующие службы: земледельство, извозы, молочение мельницы, скотские дворы и всякая домовая работа и работные люди. Это было главное лицо в хозяйственной и торгово-промышленной деятельности пустыни. Вместе с тем нарядник должен был следить и за нравственностью подчинённых ему «работных» людей, братии и сестёр. Он должен был на «прятку» (то есть на посев) посылать вместе с постницами только известных братий, чья честность была засвидетельствована духовным отцом.
Поэтому сначала нарядник должен был спрашивать у духовников, кого и с кем братию и сестр они благословят послать, а сам по себе «никого из братии да не дерзает определять на работы с постницами».
Городничий осуществлял надзор за сторожами, за обеими гостинными (выговскими гостиницами для приезжающих богомольцев) — внешней и внутренней, наблюдение за приходящими и отходящими странниками, надсмотр за братией во время богослужений в часовне и во время книжного чтения, а также в кельях и на трапезе. Это был инспектор Выговского общежительства, который должен был наблюдать, чтобы «ребята не заводили в гостинной дурости и драк, но тихо и смирно пребывали в ней»; чтобы «вся братия поспевали к началу, как на полунощницах, так и на павечерницах и на всяком пении»; чтобы «братия поклоны полагали добре как поясныя, так и земныя; поясныя выше б пояса не полагали, а земныя оправливаючись бы полагали».
Подобная же система управления существовала и в женском общежительстве на Лексе. Так, во главе Лексинской киновии стояла «большуха», или «начальная мать», от которой обитательницы Лексы принимали благословение «на всякое время». «Начальная мать» неизменно участвовала в соборах Выгорецкого общежительства при обсуждении религиозных и хозяйственных вопросов. Ее помощницей являлась «строительница», которая должна была «знать всякое дело и благочиние во всех службах и строение всякое, и келарское дело». Другой помощницей являлась «казначея» — «та да знает в платье и обуви, и в пряже, и в раздаче». Особые «старицы-надзирательницы должны были пещися о всяком благочинии церковном и трапезном».
Сравнение «Выговского Чиновника» и «Устава» Соловецкого монастыря до его разорения в 1676 году обнаруживает удивительное сходство в обустройстве двух северных обителей. И там, и там во главе управления стоял монастырский собор. И там, и там мы находим одни и те же должностные лица. Одинаково высоким было значение настоятеля. Так же шло производство дел, которые вели такие же приказчики, заведующие хозяйством монастырским и принадлежащими монастырю вотчинами и промыслами. Различие состояло лишь в большем значении Выговского собора, который мог делать догматико-обрядовые определения для всех древлеправославных поморцев, что прежде входило лишь в компетенцию собора с участием архиереев. Безусловно, последнее было вызвано исключительностью того положения, в котором оказались русские люди, оставшиеся верными древлеправославию и лишившиеся церковной иерархии.