Не зная, что делать с подследственным, вологодские власти после двухгодичного следствия отправили его дело в Петербург к самому императору. Царствовавший в то время император Александр II написал резолюцию: «Отправить его в Соловецкий монастырь на время для уверения». Однако губернатор слукавил и, читая Никите Семёновичу приговор, произнёс вместо слов «на время» — «навечно». Эти слова произвели на старца такое сильное впечатление, что он даже попытался совершить побег, когда его везли на «вечную ссылку» на Соловки. Побег закончился тем, что Никиту Семёновича поймали, связали и препроводили под конвоем на Соловецкий остров. Здесь он был посажен в монастырскую тюрьму и просидел два года, не получая с воли никаких вестей от своих единоверцев.
Через два года в Соловецкую обитель прибыл император Александр II, который среди прочих достопримечательностей пожелал осмотреть и монастырскую тюрьму. Была ему открыта и та одиночка, где сидел старец Никита Сем/нович. Увидев чистоту и порядок в камере, император весьма удивился и спросил об арестанте сопровождавшего его архимандрита. Тот рассказал ему всю историю старца, не умолчав и о поступке вологодского губернатора. Тогда Александр распорядился освободить старца из тюрьмы, что в скором времени и произошло. Никите Семёновичу дали одиночную келью, откуда он мог свободно выходить в монастырь и даже за монастырские ворота, однако отлучаться с острова ему запрещалось.
Как-то раз, прогуливаясь по территории монастыря, он увидел древнюю икону преподобных отцов Зосимы и Саватия Соловецких. С тех пор он стал усердно и подолгу молиться перед этой иконой, прося святых угодников об избавлении «из плена неверных людей, занимающих святую обитель и остров». Однажды в голову ему пришла светлая мысль написать своим единоверцам в Вахрушево и попросить их приехать за ним. Так и сделал. 8 августа, на праздник святых Зосимы и Саватия, на Соловки прибыли два человека на лодке: один — странник, а другой — «благодетель». В эту же ночь был совершён побег. Проплыв три часа по морю, беглецы достигли материка, после чего отправились в сторону Вологды, в родные края.
«К деревне Вахрушево мы подошли пешком, — вспоминал Никита Семёнович, — это было как раз к празднику Успения Пресвятой Богородицы. В Вахрушеве тогда было большое собрание християн. Собрались они и по случаю праздника, и ожидания нас с пути. Тут была неописуемая радость не только мне и всем собравшимся при той встрече, но и всей церкви Христовой. Можете себе представить, что после четырёхлетней разлуки, тяжёлых скорбных переживаний, я снова, по милости Божией, оказался среди своей любимой паствы. С наполненными сердцами радостию все мы прославили Господа и отпели православный молебен всесильному Богу».
Когда Никита Семёнович освободился из заточения, ему было 47 лет. Согласно материалам судебного дела, побег произошел в 1858 году. Воспоминания же старца были записаны через 48 лет после этого события — когда ему было уже 95 лет!
Инокине Раисе, близко наблюдавшей жизнь старца и бывшей свидетельницей его кончины (она прожила при Никите Семеновиче 10 лет и три месяца), принадлежит удивительное описание духовной жизни и трудов «нашего пастыря и неусыпнаго труженика». «Враг через людей постоянно преследовал его, но Бог хранил его для своей паствы. Гонители мимо проходили и не видели его. По причине постоянных преследований ему часто приходилось менять своё местопребывание. Будучи бдительным пастырем и неусыпным проповедником слова Божия, отец Никита сам был примером для подчинённых и образцом добродетели. В молитве был усердный и тщательный в исполнении заповедей Божиих. Учил всякое дело делать со вниманием, не только духовное, но и телесное. Говорил так: “Делайте внимательно, чтобы ум, глаза и руки понимали что делаешь”. Читать Божественное Писание учил правильно: не борзо и не продолжительно, голос иметь умилённый, речь чтобы была чистая, отчётливая, силы (ударения. — К.К.) и знаки препинания не пропускать. Стоять за молением требовал благочинно, поклоны делать неспешно и вместе, все дела Божии растворять смирением и любовию, чтобы от образа твоего видели, что ты — християнин. Таковы были его наставления. За небрежность, невнимание и ошибки взыскивал: как скажешь не то, он тут же и обличит: “Верно дома не было тебя. Не забывайте страшное изречение: Творяи дело Божие с небрежением — да будет проклят”. Говорил также: “Не забывайте предания и наставления отцов, и они вас не забудут в молитвах пред Богом”».