Моление за царя, прежде всего, было принято на Выге и в крупных городских общинах, в то время как в деревнях, где контроль власти был ослаблен, наставники как молились, так и продолжали молиться, не поминая в тропаре царя. Также и вопрос о браке не везде решался одинаково. Наряду с брачными поморцами всегда существовали и небрачные.
Со временем филипповское учение достаточно широко распространилось в деревнях северных губерний: в Верхнем Подвинье, в Сольвычегодском и Великоустюжском уездах, на Кокшеньге и Ваге, в Тотемском уезде и в других местах Вологодской губернии, на Верхней Волге — в Кимрах, Угличе, Ростове Великом, Рыбинске, Ярославле и окрестных сёлах, а также в Костромской губернии. В Угличе даже был создан филипповский монастырь, разорённый властями в середине XIX века. Одним из значительных центров филипповского согласия до наших дней остаётся село (впоследствии город) Кимры Тверской губернии. Филипповцы стали появляться и в других, более отдалённых от Поморья районах России — в Среднем Поволжье, в Урене (Нижегородская губерния), в Нолинском и Глазовском уездах Вятской губернии, на Южной Вятке. Филипповские общины появились в крупных городах — Москве, Петербурге, Одессе, а также за границей — в Польше и Румынии.
В 1760-е годы значительная часть московских поморцев последовала филипповскому учению, а в 1780-е годы выходцы из Кимр основали в Москве главный духовный центр филипповцев — Братский двор, сопоставимый по своему значению для них с Преображенским и Рогожским кладбищами.
Братский двор находился в Дурном переулке (ныне Товарищеский), в глубине домовладения № 6. В 1789 году на средства тверского купца Т.И. Долина здесь была выстроена деревянная моленная во имя Успения Пресвятыя Богородицы, Преображения Господня, святителя Николы и преподобных Зосимы и Саватия, соловецких чудотворцев. В переулок выходили два каменных жилых флигеля с богадельней, которые сохранились в перестроенном виде до наших дней. В саду, во дворе, разместилась моленная, не отмечавшаяся на планах Москвы. При Братском дворе существовали иконописная и меднолитейная мастерские, устроенные первым наставником общины Алексеем Яковлевым (прозвание — Балчужный, настоящая фамилия — Смирнов; ум. в 1815 году). Вторым наставником был Пётр Иванов. Алексей Яковлев в качестве настоятеля Братского двора стремился к объединению всех филипповских общин, существовавших в то время в России, и к созданию в Москве единого духовного центра филипповского согласия. Он оставил после себя множество сочинений, посвящённых как проблемам внутренней жизни филипповцев, так и их отношениям с другими старообрядческими согласиями, с официальной церковью и государством.
В конце XVIII века московская филипповская община насчитывала до трёхсот человек. Во время пребывания Наполеона в Москве в 1812 году Братский двор сгорел, так что после освобождения города от французов пришлось строить новую моленную, на этот раз каменную. Окрестные дома были скуплены купцами-филипповцами, и дворы этих домов образовывали своеобразный лабиринт, позволявший представителям согласия скрываться от полиции. После выхода Указа о веротерпимости в 1905 году к углубленному в землю зданию моленной пристроили колокольню.
Молиться на Братский двор приезжали издалека и жили в богаделенных зданиях месяцами, причём приезжих кормили бесплатно. Приблизительно с 1885 года настоятельницей Братского двора стала инокиня Парасковия, много потрудившаяся для сохранения этого духовного центра. Вплоть до 1917 года Братский двор, как и большинство других старообрядческих храмов и монастырей, считался частной собственностью, переходившей от одного доверенного лица к другому. После смерти брата инокини Парасковии К.А. Беликова, который являлся номинальным владельцем Братского двора, всё владение перешло к пяти наследникам. Матери Парасковии досталась пятая часть. Из прочих наследников лишь один Ф.Н. Калмыков оказался вполне порядочным человеком. Остальное же наследство пришлось выкупать и отсуживать, на что ушло немало сил и средств. После смерти Парасковии Братский двор перешёл в собственность инока Виталия, инокини Фёклы и некоего Чибисова. Интересно, что, поскольку при Братском дворе своего кладбища не было, филипповцы предпочитали хоронить покойников не на Преображенском кладбище, а на Рогожском.