Вскоре скончался последний благочестивый патриарх Иосиф, и началась никоновская церковная смута. Стоя ночью по своему обыкновению на молитве со многими слезами, Корнилий в тонком сне сподобился видения. Он узрел в Успенском соборе двух человек спорящих: один — благообразен, другой — тёмнообразен. У благообразного в руках был православный восьмиконечный крест, а у тёмнообразного — четвероконечный «крыж латынский». Благообразный говорил: «Сей есть истинный крест Христов!» Тёмнообразный же отвечал ему: «Но сего знамения ныне подобает почитати, а не того». Через некоторое время на праздник Благовещения Корнилий пришел в Успенский собор, где уже наяву мог наблюдать такую сцену: двое (видимо, поп и головщик) спорили о том, как нужно служить. Один другому говорил: «Пой по-новому!» А тот ему отвечал: «Не поем по-новому, но по-старому! Как учились, так и поем. А по-новому не умеем и не поем». Тогда первый снова сказал: «Как-нибудь пой, токмо не по-старому, но по-новому». И долго они ещё спорили между собой…
С началом никоновских репрессий против сторонников старой веры Корнилий ушёл вместе с игуменом Досифеем на Дон. Прожив там три года, он снова возвратился в Москву. Но в Москве было неспокойно — повсюду активно насаждались новые порядки, да и слишком уж хорошо его здесь знали. Корнилий переезжает в Кириллов монастырь, где оставалось много иноков, преданных старой вере, а оттуда уходит в ещё более глухие места — в знаменитую Нилову пустынь. Здесь он прожил целых 12 лет, имея редкую по тем временам возможность открыто участвовать в богослужениях по старому чину. Иноки Ниловой пустыни продолжали служить по древним книгам и по тому уставу, который был составлен самим основателем обители преподобным Нилом Сорским.
Однако присланные властями соглядатаи обнаружили, что служба в Ниловом скиту ведётся, как до Никона, и приказали попу служить по-новому. Тот отказался и не стал служить. Тогда его попросту заменили новым попом. После этого, повествует Житие Корнилия, «согласившеся, скитскии отцы возбранили служити по-новому. Корнилий тогда пономарь бе. Глаголаху ему скитскии отцы: “Егда же новый поп начнет служити по-новому, покажи дерзновение, возбрани ему, мы тебя не под дадим”. Поп же начал по-новому служить. Корнилий глагола попу: “Престани бредить”. Глагола поп: “Пономарь, знай свое дело, не указывай нам”. И до трижды глаголаху друг ко другу. Корнилий же, имея в руках своих кадило со углием разженым, удари попа по главе и разби кадило о попову главу. Скочиша отступницы, принята Корнилия за власы, удариша о мост (помост. — К.К.) церковной и бита его вельми крепко, яко и крове тещи в церкви. Старцы же скитскии мужество показаша — бишася с ними до пролития крове»[53].
После этого столкновения Корнилий вынужден был бежать из Нилова скита. Ища пустынного места, дошёл он до Олонецкого уезда, до Пудожской волости. Здесь, близ Водлы-реки, поставил он себе келию («с трех сторон каменныя стены самородны, на четвертая страны — дверь и окно»), в которой прожил три года, помышляя идти в Соловецкий монастырь.
В то время пришёл к нему соловецкий инок Епифаний (тот самый, что позже будет сожжён с Аввакумом в Пустозерске), и вместе построили они себе келию на Кяткозере. Прожили два года с небольшим в крайней скудости — не было даже хлеба, так что ели осиновую кору: выварив её в трёх водах и высушив, толкли и месили по ржаному раствору, благодаря Бога. Однажды Епифаний сказал: «Пойдем, брате, приспе время благочестия ради страдати, не останемся от братии наших». И положили поститься шесть недель. По истечении срока Епифаний сподобился благословения свыше пострадать за старую веру, Корнилию же был глас: «Не у тебе время на муки идти, мнози бо тобою спасутся и в познание истины прийти будут. И будеши отец и наставник многим ко спасению». Епифаний простился с Корнилием и отправился в Москву с челобитной к царю.
После ухода Епифания Корнилий перешёл на Ниг-озеро, где поставил Никольскую часовню. Оттуда часто ходил он к отцу Досифею в Куржецкую обитель. Между тем гонения приближались и к этим глухим краям. Не раз приходилось Корнилию менять своё местопребывание: жил на Водлозере, на Немозере, на Мангозере… Когда переселился на Мангозеро, «чинил прение» с двумя никонианскими монахами, присланными властями из Москвы ради подкрепления никонианского учения. Монахи были в споре побеждены, но тронуть Корнилия не посмели, поскольку среди посадских было много сочувствующих старой вере. Позже Корнилий поселился на Гавушозере, куда к нему стали стекаться приверженцы древлего благочестия — старец Иринарх, Анфиса, Пахомий (впоследствии келейник Корнилия и списатель его жития). Корнилий всех их поучал от Евангелия и от Апостола, и от святоотеческих писаний. Пели ирмосы Иоанна Дамаскина, применяя древние слова к нынешнему своему состоянию: «Жалость приимите, людие ненаказании, законопреступницы рустии».