Однако мирная жизнь обители продолжалась недолго — 5 декабря 1743 года в слободу Усть-Цильма прибыла карательная экспедиция, направленная по просьбе архиепископа Варсонофия Холмогорского «ради искоренения староверства». Приказывалось по приезде на место собрать всё население «потаенного пристанища» и, «переписав именно всех раскольников, положа им на ноги колотки (колодки), чтобы в дороге утечки не учинили, со всеми их пожитками отправить в губернскую канцелярию». В случае сопротивления «сперва для страху пыжами палить из ружей, а потом, как возможно, поступать. Скитские строения все зжечь». В ночь на 7 декабря 1743 года карательный отряд прибыл на место, где находился Великопоженский скит. Скитяне во главе с наставником Иваном Акиндиновичем собрались в часовне и, «отломав у оной часовни крыльца и лестницы, которая имелась строением весьма высока, заперлись». Солдаты же, «оное жилище обступя издали, сами шед к ним небольшими людьми для уговору, что бутто их и всех столько, начаша на уговор звати». Однако все хитрости и уговоры были напрасны. Скитяне решительно отказались сдаваться в руки карателям и принимать новую веру. «И загореся храмина, и пламень огненный в мгновении ока охвати всю храмину. И тако старшейший Иоанн Акиндинов скончася огнем за древлецерковное благочестие и с ним обоего пола семьдесят шесть душ».
Восстановленный Великопоженский скит простоял до 1820 года. На начало XIX века приходится его наибольший расцвет, связанный с деятельностью наставника Исаакия. «Здесь находились иконописные, литейные, книгописные и переплётные мастерские, школа и большая библиотека. Писцы скита выработали особый печорский полуустав, сформировалась своя иконописная школа (“пижемская икона”). Изготавливаемые иконы и книги широко расходились по окрестным землям. Скит являлся духовным и культурным центром всего Печорского края, внёс большой вклад в христианизацию коми-зырян и сохранение староверия»[170].
Моление в Великопоженском скиту поддерживалось вплоть до 1854 года, когда по указу из губернии все иконы и книги были изъяты и переданы в единоверческую церковь села Усть-Цильма. (В настоящее время на месте разорённого скита находится деревня Скитская, в которой до сих пор сохраняются захоронения погибших в гари скитников и имеется памятная старообрядческая часовня.)
Вторым духовным центром староверов в верховьях Мезени был Цилемский скит (второе название — деревня Омелино), один из самых скрытых и труднодоступных старообрядческих скитов на Севере. Возник этот центр «древлего благочестия» предположительно в середине XVIII века, а расцвет его приходится на вторую половину XVIII — начало XIX века. Насельники скита занимались хлебопашеством и скотоводством. Здесь имелась достаточно обширная библиотека, были свои переписчики, была небольшая школа, в которой обучались дети мезенских староверов. «О грамотности жителей Цилемского скита говорит тот факт, что в библиотеке скитской часовни и во всех семьях были старинные рукописные и старопечатные книги, а также сохранившаяся переписка с именитым Выговским монастырем»[171].
Епархиальные власти обнаружили Цилемский скит только в 1831 году. Более десяти лет шла официальная переписка по поводу судьбы скита и его жителей. Наконец в 1846 году скит разделил участь других духовных центров староверия того времени — был разорён, иконы и утварь переданы в Усть-Цилемскую церковь, часовня разрушена, а сам Цилемский скит был в 1854 году переименован в выселок под тем же именем.
Однако с разгромом Великопоженского и Цилемского скитов старообрядческие традиции на Нижней Печоре не пресеклись. Многие местные жители продолжали тайно придерживаться старой веры. По официальной статистике, к 1917 году в Коми крае жило 11,3 тысячи старообрядцев (по мнению некоторых исследователей — в 1,5–2 раза больше). В Усть-Цильме в 1917 году было три частных моленных, содержавшихся зажиточными торговцами.