В 1934 году НКВД арестовал наставника федосеевской общины, но перед самым арестом тот успел тайно благословить своего преемника. Девять лет (до 1943 года) духовный отец федосеевской Преображенской общины действовал подпольно.
С момента основания Преображенской федосеевской общины в ней с необыкновенной точностью исполнялся богослужебный устав. Никакие упущения в совершении служб не допускались. Так же строго соблюдался и временной порядок богослужений. О всенощных бдениях здесь всегда держались понятия в самом строгом, буквальном смысле слова — это богослужение, которое продолжается всю ночь и заканчивается утром. Сообразно с этим и всенощная служба начиналась не ранее 11 вечера, а заканчивалась часов в 5 или 6 утра. Всеми признавалось, что даже знаменитые староафонские монастыри не исполняют службу с такой точностью, как старообрядцы Преображенского кладбища. Однако в 1910-х годах стал допускаться для заказных всенощных иной порядок, а именно: начало их приходилось на восемь часов вечера. Ныне же всенощные совершаются полностью вечером.
Утратив к настоящему времени всякое экономическое значение, Преображенское кладбище по-прежнему продолжает играть важную роль в духовной жизни федосеевского и поморского согласий. Сегодня на Преображенском кладбище зарегистрированы три церковные общины. На территории бывшего «женского двора» находится община федосеевского согласия, а на территории бывшего «мужского двора» — община Древлеправославной Поморской церкви и община Московской патриархии, которые молятся в бывшей соборной Успенской часовне, разделённой на две части. С середины 1990-х годов властями было начато поэтапное возвращение некоторых построек федосеевской общине.
Рогожское кладбище
Одновременно с Преображенским было основано в Москве Рогожское кладбище. Как и Преображенское кладбище, эта земля также была отведена для погребения умерших во время чумы 1771 года московских старообрядцев, но только приемлющих священство, когда были закрыты прежние места старообрядческих погребений. Новое место представляло собой поле, находившееся справа от Владимирской дороги. С тех пор за Рогожской заставой стали хоронить священников, попечителей и прихожан московских старообрядческих общин поповцев. С разрешения императрицы Екатерины II здесь были выстроены один за другим два старообрядческих храма (летний и зимний), богаделенный дом, и постепенно образовался целый поселок, огороженный высоким забором. Население его составляли старообрядцы, приемлющие священство, среди которых было немало богатых промышленников и купцов. Богослужение в рогожских храмах совершалось священниками, перешедшими в старообрядчество из господствующей церкви.
В царствования Екатерины II и Александра I власти проявляли равнодушие к религиозной жизни старообрядчества. До 1823 года в некоторых правительственных учреждениях (в Московской духовной консистории, канцеляриях Министерства внутренних дел и московского генерал-губернатора) не было официальных сведений о Рогожском кладбище, существовавшем уже полстолетия, хотя о нём, разумеется, всем было известно.
Со времени восшествия на престол Николая I для старообрядцев вновь наступили тяжёлые времена. В ноябре 1827 года императорским указом было строго воспрещено принимать для службы в храм Рогожского кладбища новых священников, а с 1834 года священникам из других мест было запрещено не только служить, но даже появляться на Рогожском кладбище. Этими и многими другими запрещениями (переезжать с места на место, ремонтировать храмовые постройки и пр.) правительство стремилось к полной ликвидации старообрядчества. Репрессии побудили старообрядцев искать возможность учредить архиерейскую кафедру за границей. Большую часть расходов по поискам святителя взяли на себя прихожане Рогожского кладбища купцы Рахмановы. После учреждения в 1846 году белокриницкой иерархии преемник митрополита Амвросия, митрополит Кирилл, поставил в 1853 году во Владимир архиепископа Антония, который впоследствии стал первым архиепископом Московским и всея России и с 1862 года имел резиденцию на Рогожском кладбище.
К старообрядческой иерархии русское правительство отнеслось крайне враждебно. Гонения на старообрядчество, в частности правительственное распоряжение, по которому старообрядцам с 1855 года запрещалось записываться в купеческое сословие (что влекло за собой выполнение рекрутчины и лишение сословных привилегий), вынуждали некоторых старообрядцев изменять старой вере и переходить в единоверие.