Спиридович ответил, что этот вопрос ему следовало бы задать министру внутренних дел, но все-таки дал понять, что томское дело будет иметь связь с делами центральной России, и потому им придется заниматься московскому отделению охранки. Ответ Еракову не понравился. Он тут же сообщил, что уже отдал указания о том, чтобы кое-кого из арестованных отпустить на свободу. Ротмистр понял, что его в Томске ждут неприятности: не успели как следует разобраться, как уже беспокоятся об освобождении!
Так оно и получилось: приехав в Томск, Спиридович узнал, что местные жандармы дали делу совершенно не то направление, то есть подвели под него не ту статью. Вместо того чтобы преследовать преступников по статье заговора с целью ниспровержения существующего строя, к томским эсерам применили статью об «устройстве типографии без надлежащего на то разрешения». Как будто речь шла не о выпуске революционных прокламаций, а брошюры о пользе выращивания кедра в сибирской тайге! Первое, с чем томский прокурор обратился к ротмистру, был список лиц, подлежащих немедленному освобождению. Спиридович, естественно, ответил, что этот вопрос он будет обсуждать, как только разберется в этом деле и поймет, что к чему. Провинциальная прокуратура, как пишет Спиридович, в то время почему-то пыталась выполнять не свойственные ей функции и часто выступала в роли адвокатов арестованных революционеров.
В качестве наблюдавшего за производством следствия томская прокуратура дала столичному ротмистру молоденького, симпатичного, совершенно неопытного товарища прокурора, «для которого выше прокурора палаты ничего на свете не существовало». Разумеется, томские жандармы сработали плохо и непрофессионально. Уже спустя некоторое время после ареста и составления протокола об обыске ротмистр обнаружил в типографии серьезные уликовые материалы, которые «пришить» к делу уже не представлялось никакой возможности. Обнаружил он и еще ряд лиц, причастных к делу, которые гуляли на свободе. Ротмистр разбирался в деле, а прокуратура все приставала с требованиями «освободить невиновных». Так и работали…
Спиридовичу пришлось обращаться к министру внутренних дел Сипягину и просить местных коллег не мешать и дать ему необходимую свободу действий. В результате дознания вскрылась разветвленная сеть ячеек и связей, которые вели в Петербург, Москву, Нижний Новгород, Ярославль, Чернигов и другие города. Получить полную картину, которую ротмистр знал из агентурных данных, сразу не удавалось, потому что арестованные вели себя на допросах стойко, а между собой — конспиративно. Прокуратура была чрезвычайно удивлена действиями «столичной штучки» и все спрашивала, чего же «она» хочет. Наконец, один из арестованных сломался и начал давать самые пространные показания, которые и подтвердили полученные от Азефа сведения. И вот тогда-то прокуратура ахнула! От удивления подпрыгнули и местные жандармы, им тоже теперь стало понятно, почему так вел себя ротмистр Спиридович и чего он добивался от следствия! Праздник был общий.
Во время революции 1905 года здание охранного отделения в Гнездниковском переулке пострадало от взрыва: двое молодых революционеров, проезжая на полном скаку на рысаках, бросили в него бомбу. В результате взрыва была разрушена фасадная часть дома, убит находившийся внутри околоточный надзиратель и тяжело ранен сторож. Нападения со стороны восставших на «охранников» на этом не прекратились.
14 декабря в квартиру начальника городской сыскной полиции А. И. Войлошникова, до этого служившего в охранке, ворвалась группа вооруженных маузерами рабочих. Восставшие зачитали хозяину смертный приговор и расстреляли его на глазах у жены и троих малолетних детей. Таким же образом тогда пострадали и другие чины и агенты секретной полиции. Пролетарское правосудие уже начало свою работу… Следующий погром против Московского охранного отделения был уже учинен 1 марта 1917 года, когда разъяренная толпа ворвалась в здание в Гнездниковском переулке и начала крушить, ломать и жечь мебель, шкафы, картотеки. Впрочем, урон, нанесенный архивному массиву Московского отделения был намного меньше, нежели урон, причиненный при аналогичных обстоятельствах Петербургскому, и основная масса дел в Москве все-таки уцелела.