Далее генерал П. В. Оржевский сетовал на то, что указанная Охранная агентура и заведующий ею полковник Ильинский были выведены градоначальником столицы генерал-лейтенантом П. А. Грессером из-под прямого подчинения начальнику Секретного отделения подполковнику Секеринскому и подчинены непосредственно градоначальнику: «Неудовлетворительность такого порядка выявилась, между прочим, и при задержании
В целях исправления создавшегося ненормального положения с Охранной агентурой Оржевский был вынужден в сентябре 1886 года потребовать от градоначальника «надлежащего по сему предмету объяснения», однако тот уклонился от обсуждения этой проблемы, написав в ответе, что благодаря Охранной агентуре он «имел до сих пор каждый раз во время Высочайших проездов нравственную уверенность в их полной безопасности». Естественно, генерал Оржевский не успокоился на отписке градоначальника и попросил министра внутренних дел «осуществить в полном объеме Положение об Охранной Агентуре, подчинив ее ныне же, как вспомогательный наблюдательный орган, начальнику Секретного отдела». К докладной записке генерала приложены: Положение об Охранной агентуре 1883 года и переписка по этому вопросу с градоначальством. Граф Д. А. Толстой наложил на этот документ следующую резолюцию: «Переговорю, по возвращении моему в Петербург. 18 марта Москва».
В утвержденном 20 декабря 1883 года генерал-лейтенантом П. В. Оржевским Положении об Охранной агентуре (ОА) говорится, что «в видах обеспечения безопасности Высочайших их Императорских Величеств и Государя Наследника Цесаревича проездов в столице учреждается особая Охранная Агентура», ответственным руководителем и распорядителем которой является начальник «состоящего при Управлении Санкт-Петербургского Градоначальника Отделения по охранению порядка и безопасности… Заведующий Охранной Агентурой назначается, по преимуществу, из лиц, состоящих в штате Санкт-Петербургской Городской полиции или же в составе ОКЖ».
В декабре 1886 года им же было «ассигновано на этот предмет (на содержание Охранной агентуры) в 1887 году до девяноста тысяч рублей». В феврале 1887 года в ОА состояло 192 человека, из них: на односуточном посту — 6 охранников, на денном посту— 101 охранник, обходных дежурных— 10, дежурных в помещении ОА —2, в резерве —51, в команде — 15, больных — 5 человек. 1 марта 1887 года по списку в ОА состояло 185 человек (за это время 7 человек были уволены от службы). Агенты занимали посты по пути проезда их императорских величеств. Следует отметить, что общие расходы на содержание Охранной агентуры явно были завышены, фактические расходы составляли иногда в два и более раз меньше сметы. Так в 1883 году на эти цели было ассигновано 180 тысяч рублей (реальные расходы составили 129 225 рублей 37 копеек), а в 1887 году при смете в 90 тысяч рублей было израсходовано всего 35 904 рубля 61 копейка.
В номенклатуру должностей Охранной агентуры входили: заведующий (годовой оклад — 2400 рублей), его помощник (годовой оклад 1800 рублей), вольнонаемные агенты (1-го разряда с месячным окладом 40 рублей, 2-го разряда — 35 рублей, 3-го разряда — 30 рублей и 4-го разряда — 25 рублей), прикомандированные к ОА околоточные надзиратели Городской полиции (добавочно к окладу — 15 рублей) и сверхштатные нижние чины Речной полиции, охраняющие мосты (месячный оклад — 25 рублей).
8 октябре 1886 года градоначальник генерал П. А Грессер представил директору Департамента полиции П. Н. Дурново записку о деятельности Охранной агентуры, на которой последний наложил следующую резолюцию: «Ввиду весьма общих выражений записки, просить Градоначальника, в разъяснение деятельности Охранной Агентуры, сообщить хотя бы несколько подробных… случаев особенно полезной деятельности, т. к. об этом ничего, в течение 4-х лет, ни в Департаменте Полиции, ни мне не было известно».
В указанной записке градоначальника говорилось, что «в виде опыта, в январе 1883 года ОА было поручено наблюдение за домами, находящимися по Невскому проспекту против Аничкова Дворца, и равно по Караванной и Малой Садовой улицам до Михайловского манежа. Затем район деятельности ОА постепенно увеличивался и в настоящее время распространяется на все пространство Невского проспекта от Аничкова Моста до Большой Морской; на улицы: Караванная, Малая и Большая Садовая, Большая Конюшенная, Мошков переулок и Большая Морская от Арки Главного штаба до Николаевской площади…