Система наказаний, постоянно совершенствуемая со времен Петра Великого, к концу существования эпохи парусного флота была весьма разнообразна и включала в себя весьма большой спектр: смертную казнь через повешение и расстрел, привязку к позорному столбу, имитацию расстрела с последующей ссылкой на каторгу и одновременным лишением дворянства, чинов и состояния, ссылку на каторгу, но без позорного столба и имитации расстрела, разжалование в матросы (от недели до нескольких лет) — до указа, до выслуги, а в исключительных случаях и навечно, разжалование — понижение в чине на одну или несколько ступеней от нескольких месяцев до нескольких лет, изгнание со службы, изгнание со службы с взятием с выгнанного его крепостных в рекруты, перевод в армию с понижением в чине на несколько ступеней, ссылку на поселение с увольнением от службы, увольнение без пенсии, без присвоения очередного чина, единовременный штраф или вычет части жалованья за определенное время, незачет определенного времени службы к выслуге ордена, пенсии, пропуск в присвоении очередного чина.
Разумеется, подавляющее количество этих наказаний применялось к офицерам. Для матросов перечень был куда проще и суровей. Помимо смертной казни и каторги существовали еще арестантские роты (что было ненамного лучше каторги) и достаточно изощренный список традиционно морских наказаний, как то: «купание с раины», «килевание». Однако самым распространенным наказанием на всем протяжении эпохи парусного лота оставалась самая банальная (но от этого не самая гуманная) порка линьками и «кошками».
Весьма сурово всегда было отношение к тем, кто недобросовестно относился к своим служебным обязанностям. «Кто на вахте найден спящим», то офицер в данном случае разжаловался на месяц в рядовые, а матрос спускался трижды с райны. За непрофессионализм, плохое содержание своего заведования, порчу казенного имущества матросов попросту лупили, офицеров же штрафовали и лишали преимуществ в получении очередного чина.
Впрочем, порой их даже за весьма большие оплошности могли только пожурить. Вот типичный случай. На эскадре вице-адмирала Сенявина во время пушечной салютации оторвало сразу у четырех матросов по руке, а один упал за борт и утонул. Николай I немедленно распорядился: «Велеть старших артиллерийских офицеров там, где случилось, арестовать на неделю. Командирам судов сделать строжайший выговор, ибо их небрежению к обучению людей и к должности приписываю столь несчастное происшествие…»
При первом прочтении уголовных статей петровского Морского устава вообще поначалу берет оторопь: столь страшны и безжалостны наказания за, казалось бы, и не столь уж большие прегрешения. На самом деле в полной мере «смертельные статьи» применялись относительно редко. Устав во многом должен был играть воспитательную роль. Ежедневно после вечерней молитвы и поверки дежурный офицер читал матросам эти статьи, и те должны были проникнуться пониманием того, что служить следует хорошо и не доводить начальство до белого каления.
Как правило, военно-морские судебные заседания в XVIII — первой половине XIX века по старой мировой морской традиции проводили на борту одного из стоящих в порту линейных кораблей, хотя на берегу было бы гораздо удобнее. Начало судебного заседания обозначалось выстрелом пушки. Завершение заседания и оглашение приговора также обозначалось пушечным выстрелом и соответствующим флажным сигналом.
О нравах, царивших в первых морских учебных заведениях при Петре I, историк пишет так: «За всякого рода провинности и нарушение дисциплины в школе применялись тяжкие наказания и денежные штрафы. За крупные проступки воспитанников солдаты били плетьми на школьном дворе, за неявку на занятия, или, как тогда говорили, «неты», накладывались очень большие штрафы; штрафы эти взыскивались очень строго, в случае неуплаты брали у виновного его «холопей» и били на правеже по ногам до тех пор, пока владелец холопа не найдет денег для уплаты за свой прогул и не выручит своего раба; если же у провинившегося не оказывалось холопей, то брали на правеж его самого и били до тех пор, пока родные не внесут штрафа или товарищи не заплатят требуемой суммы. Нравы того времени были грубые».
Анализ послужных списков морских офицеров XVIII века показывает, что в отношении старших начальствующих лиц (штаб-офицеров и адмиралов) сроки наказаний часто сокращались, а то и вообще отменялись. Нередко царствующая особа попросту накладывала резолюцию: «Простить». В отношении рядового офицерства решения суда выполнялись, как правило, более строго, хотя и здесь высшие инстанции нередко смягчали или даже отменяли приговоры военных судов.