По-видимому, реформа корпуса в царствование Павла Петровича все же не устранила некоторых серьезных недочетов в деле подготовки офицеров флота, так как в рескрипте Александра I от 21 июня 1802 года на имя морского министра адмирала Мордвинова. Говорилось: «по донесению вашему о неисправностях и худому положении морского кадетскаго корпуса, нашел я нужным определить в оный директором вице-адмирала Карцева». Михаил Бестужев в своих воспоминаниях о брате Николае, учившемся в период деятельности в корпусе Гамалеи, описывает положение вещей, значительно отличающейся от мрачной картины, нарисованной Штейнгелем. Николай Бестужев отзывался о Платоне Яковлевиче Гамалеи, как о благодетеле, о человеке, которому он был обязан лучшей частью своего нравственного достояния. Пламенная любовь к науке, неутомимость в занятиях, «нрав тихой, ровной, кроткой… оттенок дружеский, — отеческой любви в обращении с кадетами» характеризовали этого замечательного педагога. «Любите науку, братцы, для самой науки, а не для того, чтобы надеть эполеты; невежда офицер похож на животного… под золотым чепраком с длинными ушами», — убеждал он выпускников гардемарин. Но и Гамалея не смог сразу полностью наладить обучение в корпусе. Бестужев говорит, что в образовании, даваемом кадетам, «был какой-то хаос, отсутствие всякой системы, какое-то бессмысленное препровождение времени в классах… учебников никаких не было; каждый преподавал, что и как ему вздумалось по бестолковым запискам». Диктование этих записок занимало большую часть классного времени. Гамалея поставил себе за цель искоренить это зло и принялся за составление руководств по всем предметам наук, проходимых в корпусе. Свой труд он начал с астрономии, навигации и высшей математики. За этими курсами последовали учебники алгебры, теории и практики кораблевождения. Влияние Гамалеи на воспитанников корпуса было огромное. Бестужев передает со слов брата, что «мы нетерпеливо дожидались, чтобы бежать в класс к Платону Яковлевичу… с какой любовью и почтительным уважением мы смотрели на этого худенького, сгорбленного старика…»
Декабрист Д.И. Завалишин, поступивший в корпус в 1816 году, назначенный в третью роту, которой командовал капитан-лейтенант М.М. Геннинг, упоминает в своих «Записках», что ротный командир очень заботился об удобстве и доброкачественности обмундировки кадет. Однако, по-видимому, в других ротах дело обстояло далеко не так хорошо, как у Геннинга, так как в своих «Записках» Завалишин пишет о неуклюжих и рваных мундирах, тесных сапогах, нечистом белье, грязных стенах и полах ротных помещений корпуса, неподведомственных его ротному командиру. Состав преподавателей был по главным морским предметам на более высоком уровне по сравнению с временами Штейнгеля. Завалишин упоминает, что преподавателем высших математических наук, навигации и астрономии в его классе был Алексей Кузьмич Давыдов, флотский офицер, окончивший первым в своем выпуске. Состав корпуса в период Завалишина был очень многочислен — он пишет в своих воспоминаниях о тысяче человек обучавшихся. В это число он включает воспитанников училища корабельных инженеров и гимназии. Содержание учеников этих училищ было, по словам Завалишина, гораздо хуже, чем кадет и гардемарин корпуса Они обедали после воспитанников корпуса. Относительно стола Завалишин говорит, что он был здоров, но далеко не роскошен, хотя Морской корпус, как и Пажеский, пользовался высшим окладом отпуска средств на пищу, по сравнению с другими военно-учебными заведениями. Ржаной хлеб, квас и булки были отличного качества Чаю не полагалось. Желающим разрешалось пить собственный, но в ротных помещениях чаепитие запрещалось, чтобы не возбуждать у других зависти, и пить чай ходили в людскую, где жили корпусные служители.
Из спорта процветало фехтование, а зимой — катание на коньках на корпусном катке, причем катались в одних мундирах, без шинелей. Танцам обучались все, а музыке — только желающие. Оркестр корпуса считался в то время лучшим в Петербурге. Летом кадеты выходили в лагерь на Лагерном дворе корпуса, а гардемарины шли в плавание в две смены. Корпусные помещения содержались хорошо. Стены белились каждый год. Полы красили также ежегодно.