Потери советских войск в ходе штурма также находились на уровне нескольких тысяч человек. Так 18-й гв. стрелковый корпус с 1 по 10 января 1945 г. потерял 791 человека убитыми, 50 пропавшими без вести, 1 по небоевым причинам (офицер ранен от неосторожного обращения с оружием), 2567 ранеными, 72 заболевшими, итого 3481 человек. Эти потери распределялись на четыре стрелковые дивизии. Танковый батальон 3-й танковой бригады и рота 39-й танковой бригады потеряли к 18 января 20 танков сгоревшими т. е. практически весь свой боевой состав. Два наступающих советских корпуса упорно продвигались вперед, рассекая оборону немецких и венгерских частей. 16 января под непрерывными ударами рушится мост Франца-Иосифа. По немецким данным он был разрушен авиабомбой, по венгерским — просто взорван. Вечером 17 января Пфеффер-Вильденбрух получил разрешение эвакуировать Пешт. Отступление к мостам через Дунай превратилось в настоящее светопреставление. На тот момент оставались неразрушенными два моста: цепной мост и мост Эржбеты (Елизаветы). Они были сильно повреждены артиллерией и бомбами, но пока еще стояли.
Когда в 7 утра 18 января мосты были, наконец, взорваны, на них еще находились люди. Днем 18 января 18-й гвардейский и 30-й стрелковые корпуса, наконец, соединились в центре города, на берегу Дуная. Крупная группировка между их смежными флангами оказалась отрезана от переправ. Заняв частью сил оборону по восточному берегу Дуная, два стрелковых корпуса занялись ликвидацией окруженного противника. Во второй половине дня эта группировка была разгромлена, частично уничтожена, а частично пленена. Всего за день было взято 18519 пленных, в том числе 320 офицеров и 1 генерал. Следует отметить, что многие венгры оставались в Пеште сознательно, они даже отказывались заправлять свои автомобили, чтобы не эвакуироваться в Буду. Они считали, что война для них уже закончилась.
Штурм Буды был начат войсками 46-й армии 3-го Украинского фронта еще в конце декабря 1944 г. С начала января фронт вел тяжелые бои фронтом на запад с рвущимся на выручку защитникам Будапешта IV танковым корпусом СС. Вследствие этого атаки на западную часть города носили спорадический характер и не могли серьезно потрясти оборону. Решением Ставки В ГК 18 января руководство операциями по уничтожению группировки противника в Буде было возложено на 2-й Украинский фронт. Соответственно осаждавшие эту часть города 75-й гв. стрелковый корпус (113, 180 и два полка 109-й стрелковой дивизии), 37-й гв. стрелковый корпус (108, 320, 316-я стрелковые дивизии) и 83-я бригада морской пехоты были переданы из 3-го Украинского фронта во 2-й Украинский фронт. Передаваемые корпуса и бригада были подчинены будапештской группе войск генерал-майора И. М. Афонина. Одновременно произошло перемещение войск в обратном направлении — штурмовавший Пешт 30-й стрелковый корпус был передан из подчинения Малиновского в подчинение Толбухина. Позднее в будапештскую группу войск была передана 337-я стрелковая дивизия, но она была поставлена во второй эшелон на пути прорыва из Будапешта.
В итоге всех этих перемещений в состав будапештской группы войск на 21 января 1945 г. входили 75, 37-й и 18-й гвардейские стрелковые корпуса. Они насчитывали, соответственно 14179, 16645 и 13140 человек. Три корпуса усиливались 5, 7 и 16-й артиллерийскими дивизиями, 462-м минометным полком, 48-м гв. минометным полком, 12-й и 14-й штурмовыми инженерно-саперными бригадами. Для штурма Буды были выделены две танковых роты: из 23-го (8 танков Т-34) и 5-го гвардейского (11 танков T-34) танковых корпусов. Начало штурма западной части Будапешта задержалось в связи с началом «Конрада III». IV танковый корпус СС прорвался к Дунаю и вышел вплотную к переправе у Эрчи через которую шло все снабжение будапештской группировки. Последний и решительный штурм пришлось отложить до стабилизации обстановки на 3-м Украинском фронте.
Однако командовать штурмом Буды Ивану Михайловичу Афонину не пришлось. 21 января его машина у эрчинской переправы была ночью обстреляна с вражеского самолета, и генерал был тяжело ранен. Он успел вернуться в строй до конца войны, командовал корпусом в Чехословакии, а потом в войне с Японией. Новым командующий будапештской группы войск был назначен командующий 53-й армией генерал-лейтенант И. М. Манагаров.
Представление о численности защитников Будапешта ко второй фазе штурма города дает донесение IX горного корпуса СС в армейскую группу «Бальк»: