Действуя одновременно в разных направлениях и не порывая отношений с думской средой, Протопопов сумел проникнуть к царю и заинтересовать его своей стокгольмской беседой, а также – приблизиться к Бадмаеву, с которым свела его болезнь, и к его кружку, где он узнал Распутина и Вырубову.
16 сентября 1916 года Протопопов, неожиданно для всех и несколько неожиданно для самого себя, был, при помощи Распутина, назначен управляющим министерством внутренних дел. Ему сразу же довелось проникнуть в самый „мистический круг" царской семьи, оставив за собой как Думу и прогрессивный блок, из которых он вышел, так и чуждые ему бюрократические круги, для которых он был неприятен, и придворную среду, которая видела в нем выскочку и, со свойственной ей порою вульгарностью языка, окрестила его „балоболкой".
Почувствовав „откровенную преданность" и искреннее обожание к „Хозяину Земли Русской" и его семье, и получив кличку „Калинина" (данную Распутиным), Протопопов, с присущими ему легкомыслием и , , манией величия", задался планами спасения России, которая все чаще представлялась ему „царской вотчиной". Он замышлял передать продовольственное дело в министерство внутренних дел, произвести реформу земства и полиции и разрешить еврейский вопрос.
На деле оказалось прежде всего полное незнакомство с ведомством, сказавшееся, например, при посещении Москвы, описанном Челноковым. Протопопов стал управлять министерством, постоянно болея „дипломатическими болезнями", при помощи многочисленных и часто меняющихся товарищей; среди них были неоффициальные, как Курлов, возбуждавший особую к себе и своему прошлому ненависть в общественных кругах. Протопопову, по его словам, „некогда было думать о деле"; он втягивался все более в то, что называлось в его времена „политикой"; будучи „редким гостем в Совете Министров», он был частым гостем Царского Села.
С первого шага, Протопопов возбудил к себе нелюбовь и презрение общественных и правительственных кругов. Отношение Думы сказалось на совещании с членами прогрессивного блока, устроенном 19 октября у Родзянки (см. прил.
К этому присоединилось влияние личного характера Протопопова, который „стал в контры с собственной думою" и заставил многих сделать из него „притчу во языцех" и отнестись к нему юмористически. Характерно, например, его (ставшее известным лишь впоследствии) знакомство с гадателем Шарлем Перэном, едва ли не германским шпионом, о чем и предупреждал директор департамента полиции; Протопопов не хотел об этом знать, веруя в свой „рок"; он неудержимо интересовался тем, что говорил ему Перэн: что „его планета – Юпитер, которая проходит под Сатурном, и разные гороскопические вещи''.
Полная неудача в замышленных реформах и травля со всех сторон озлобили Протопопова. В то время как Милюков, накануне убийства Распутина, назвал его в Думе „загадочной картинкой", Протопопов вступил уже на путь „революционно-правой", по собственному выражению, политики, выразившейся и борьбе с Государственной Думой, запрещении съездов, преследовании общественных организаций и печати, давлении на выборы и, наконец, многочисленных арестах, завершившихся январьским арестом рабочей группы Военно-Промышленного Комитета. Этим, а также и тем, что на Протопопова временами „накатывало", что сближало его с духом Царского Села, объясняется его пребывание на посту до конца; после убийства Распутина 17 декабря положение Протопопова не только не пошатнулось, но упрочилось: 20 декабря он был из управляющих сделан министром внутренних дел, и с тех пор, несмотря на все окружавшие его враждебные толки и на многочисленные попытки весьма влиятельных лиц заставить его уйти, продолжал свое дело до последней минуты.
Личность и деятельность Протопопова сыграли решающую роль в деле ускорения разрушения царской власти. Распутин накануне своей гибели, как бы, завещал свое дело Протопопову, и Протопопов исполнил завещание. В противоположность обыкновенным бюрократам, которым многолетний чиновничий опыт помогал сохранять видимость государственного смысла, Протопопов принес к самому подножию трона весь истерический клубок своих личных чувств и мыслей; как мяч, запущенный рассчетливой рукой, беспорядочно отскакивающий от стен, он внес развал в кучу порядливо расставленных, по видимости устойчивых, а на деле шатких кегель государственной игры.
В этом смысле Протопопов оказался, действительно, „роковым человеком".