В декабре 1858 года издано было распоряжение министерства народного просвещения о воспрещении аплодисментов, а также знаков неодобрения под угрозой исключения. Одновременно профессорам было поставлено на вид суетное искание популярности среди студентов и предложено «нравственным влиянием своим на слушателей направлять их к истинной цели просвещения». В мае 1859 года объявлено было, что вне университета студенты наравне со всеми на общем основании подлежат полицейским установлениям и надзору. Резкое обострение недовольства студентов началось с 1860 года, когда, по выражению одного из прогрессивных тогдашних профессоров В. Д. Спасовича, «идет целый ряд маленьких происшествий, произвольных движений, вспышек и столкновений с попечительской властью». Либеральные профессора стремились найти путь примирения и соглашения между студенчеством и начальством. Но эта линия потерпела крушение. Демократическое студенчество все больше и больше революционизировалось, становясь действительно передовым отрядом революционных шестидесятников.
В это время Помяловский усердно посещал университетские аудитории, слушая с огромным энтузиазмом лекции популярных профессоров того времени. Первое посещение университета, Знакомство со студентами, вольнослушателями и остальной публикой, заполнявшей университетские аудитории, сильно взволновало его. В эти дни он ходил, как помешанный, не ел, не спал, — переживал душевную борьбу. От этой борьбы он исхудал, ослабел, его никто узнать не мог. «Неужели, — спрашивал он, хватаясь за голову, — неужели все, чему я учился, над чем я всю жизнь ломал голову, все это ерунда? И я до сих пор не знал этого! Неужели снова надо учиться с азбуки?»
Помяловский усердно вникает в смысл прослушанных лекций, прорабатывая соответствующую литературу. Происходит коренная ломка всех усвоенных в школьные годы понятий. Он мужественно совершает эту переоценку всех ценностей, выкорчевывая отжитые взгляды и мертвые схемы. Смелые страшные опыты, — свидетельствует Благовещенский, — Помяловский делал над собою, чтобы проверить себя и убедиться, что в его прошлом нет теперь никакой силы.
Целый год продолжалась эта усиленная философская перестройка. О направлении и характере ее можно судить по тому материалу, который дает нам, хотя и бегло, но чрезвычайно наглядно сам Помяловский в четвертом очерке бурсы — «Бегуны и спасенные бурсы». Он изображает здесь путь развития различных категорий бурсаков по выходе их на волю из стен семинарии.
Вот как описывается путь «бурсаков материалистической натуры», когда для них наступает время брожения идей, когда возникают в душе столбовые вопросы, требующие категорических ответов, и начинается ломка убеждений.
«В такой период, — пишет Помяловский, — эти люди, силой своей диалектики, при помощи наблюдений над жизнью и природой, рвут сеть противоречий и сомнений, охватывающих их душу, начинают читать писателей, например, вроде Фейербаха, запрещенная книга которого в переводе на русский язык даже и посвящена бурсакам, после того они делаются глубокими атеистами и сознательно, добровольно, честно оставляют духовное звание, считая делом непорядочным — проповедывать то, чего сами не понимают, и за это кормиться за счет прихожан. Это также народ хороший. Вначале этим бурсакам жаль вечности, которую им в качестве материалистов приходится отрицать, но потом находят в себе силы помириться со своим отрицанием, и тогда для бурсака-атеиста нет в развитии его попятного шага. Эти люди всегда бывают люди честные, и, если не вдаются в эпикуреизм, люди деловые, которыми все дорожат».
Путь «бурсаков материалистической натуры» широко известен истории русской общественной мысли. Это путь Чернышевского и Добролюбова. По этому пути пошел и Н. Г. Помяловский.
В этих же «Бегунах и спасенных бурсы» Помяловский рисует отвратительный тип бурсака-атеиста, надевающего рясу, ради корысти обманывающего простаков. Родственники Помяловского тянули писателя на такую же дорожку, уговаривая его пристроиться хотя бы на дьяконовское место: на литературные заработки надежд мало было, а семью надо было поддерживать. Вначале Помяловский не имел сил противиться этому напору близких, отыскавших ему невесту, закрепленную на дьяконовское место. К счастью, невеста, узнав о склонности жениха к вину, отказала ему. В другой раз повезли Помяловского на смотрины в Царское село, обрядив жениха во фрак, но жених сбежал с дороги. И с тех пор близким и самому Помяловскому стало ясно, что путь священнослужителя отрезан для него.
Слушание лекций в университете и педагогические интересы возымели свое влияние. Скоро Н. Г. Помяловский весь отдался делу преподавания. Вместе с группой студентов он стал преподавать в воскресной школе, находившейся на Шлиссельбургской дороге.