После Февральской революции 1917 г. 65-летний Наливкин становится активным участником преобразований в Туркестане. В марте по поручению общественного Исполнительного комитета (вскоре переименованного в Ташкентский исполком Совета рабочих и крестьянских депутатов) он назначется редактором «Туркестанских ведомостей» и руководителем бывшей «Туркестанской туземной газеты», переименованной в «Наджат» (новым редактором, вместо ушедшего в отставку Н.п. Остроумова, стал джадид Мунавваркары Абдурашидханов)[32]. В течение двух первых апрельских недель, после отстранения от должности генерал-губернатора А.Н. Куропаткина и до приезда членов Туркестанского комитета Временного правительства во главе с Н.и. Щепкиным, Наливкин является одним из трех комиссаров по гражданскому управлению, к которым переходит бесхозная власть в крае. 19 июля 1917 г. Наливкин по рекомендации Советов и по решению российского премьера А.Ф. Керенского[33] избирается новым председателем Турккомитета, т. е. становится «первым лицом» в Туркестане. 28 июля он приступает к исполнению своих обязанностей. Фигура Наливкина в тот момент олицетворяет собой удачный, как казалось, компромисс между старой царской элитой, с которой он был хорошо знаком, социалистами и туземными лидерами. Он пытается примирить враждующие группировки и выступает в роли посредника между ними. Наливкин «…видоизменил Туркестанский комитет, сделав его коалицией разных партий и политических организаций…»[34]
12 сентября большевики и их союзники из других радикальных партий заявляют о переходе власти к Советам и создании Революционного комитета. Ими формируется новый состав исполкома Ташкентского совета рабочих и солдатских депутатов, объявляются назначения на ключевые военные должности. Против Ташкентского совета выступают Краевые Советы рабочих и солдатских депутатов, крестьянских депутатов, мусульман и др., которые продолжают сотрудничать с Турккомитетом. Наливкин характеризует действия своих недавних товарищей как мятеж и призывает главу Временного правительства прислать войска для его подавления. Переговоры между враждующими сторонами приводят к заключению 18 сентября соглашения между Турккомитетом и мятежниками, согласно которому взамен на некоторые уступки Наливкин обязуется сообщить Керенскому о мирном решении вопроса. Однако посчитав, что Ревком каким-то образом нарушил свои обещания, Наливкин это соглашение не выполняет и телеграмму об отзыве войск не отправляет, чем вызывает против себя яростное негодование радикалов. 24 сентября в Ташкент прибывает карательная экспедиция. 27 сентября генеральный комиссар Временного правительства и новый командующий туркестанскими войсками генерал П.А. Коровиченко отстраняет председателя Туркестанского комитета от должности.
В результате всех этих событий Наливкиным остаются недовольны и большевики, и противники большевиков. Уже через месяц ситуация меняется и власть в Ташкенте, как и в Санкт-Петербурге, полностью переходит к Советам. Большевики преследуют Наливкина, «он боялся, что его убьют, сбежал, скрывался»[35]. 20 января 1918 г. еще недавно самый популярный человек в Туркестане, которому было неполных 66 лет, рано уходит из своего ташкентского дома и в 9 часов утра выстрелом из револьвера кончает с собой у могилы жены[36]. В предсмертной записке он просит никого не винить в своей смерти и пишет о желании, «чтобы похороны были скромными, пролетарскими и гражданскими»[37]. Есть свидетельство, что в записке были и следующие слова: «…Я не могу согласиться (с тем), что делается, но быть врагом своего народа… я не могу и ухожу из жизни…»[38]
Местная газета написала: «Пришедших отдать покойному последний привет было до обидного мало»[39].
Блестящая и драматическая фигура В.П. Наливкина вызывает у историков самые разнообразные оценки. Вне какого-либо сомнения остается лишь научная деятельность Наливкина. Его исследования в языкознании, истории, этнографии признавались и признаются до сих пор совершенно уникальными. Безусловно, никто не решается оспаривать мнения В.В. Бартольда, что длясвоего времени Наливкин – «едва ли не лучший знаток языка и быта сартов из русских»[40].