18 июля отряды АК предприняли атаки на немецкие части подо Львовом, которые продолжились уже во взаимодействии с частями РККА. 21-22 июля в бои за Львов включились силы 14-го полка улан вместе с 29-й гвардейской бригадой РККА. В целом в сражениях за Львов участвовало около 3 тыс. бойцов АК, сумевших овладеть львовской крепостью, политехническим университетом, аэродромом, ратушей, главпочтамтом, электростанцией. 24 июля представитель командования львовского округа АК сообщал в Варшаву: «Наши отряды приняли участие в городских боях, повсюду получили похвалу советских командиров. Сегодня в 11 часов комендант округа Львов организовал мне встречу с командиром советской дивизии, ведущей бои за Львов. Командир дивизии отметил, что он уже осведомлен о боях польских отрядов и ценит их помощь, после чего задал ряд вопросов касательно нашего отношения к Берлингу... Он получил от меня ответ: "Я солдат и в политике не разбираюсь, подчиняюсь Главному коменданту и Главнокомандующему, и у меня приказ сражаться с немцами"».
Львов был очищен от немцев к 28 июля. При этом в ходе боев за город отрядам АК вместе с советскими частями пришлось иметь столкновения и с подразделениями УПА, засевшими в церкви Св. Юра. Когда все кончилось, командование 5-й дивизии АК и комендатура округа вошли в город и разместились на улице Кохановского. 27 июля, по воспоминаниям офицеров АК, состоялась встреча коменданта округа полковника Филипковского с генералом Ивановым, который потребовал разоружения отрядов АК. Принявший в тот же день Филипковского генерал Грушко на высказанное пожелание о сформировании 5-й дивизии ответил: «Здесь советская земля и советский народ, вам тут нечего искать». И позже добавил, что уже существует польская армия под командованием Жимерского, почему бы к нему не съездить и не поговорить: «Ему нужны польские дивизии, а не нам». 28 июля советская сторона официально выдвинула требования о незамедлительной сдаче оружия и расформировании отрядов АК. Филипковский, получивший накануне из штаб-квартиры АК сообщение по рации о разоружении советскими войсками отрядов в Вильно, понял, что сопротивление будет бессмысленным, и согласился отдать соответствующий приказ своим отрядам. Этот приказ был тут же написан и отредактирован, а затем, после одобрения со стороны генерала Иванова, напечатан и распространен советской стороной. В нем, в частности, говорилось: «Солдаты! Борьба в конспирации, увенчанная восстанием против немцев, завершилась. Это было Вашим первым заданием... Эта работа закончена. По приказу свыше я распускаю с 28 июля 1944 г. отряды Армии Крайовой и прощаюсь с Вами, солдаты. В настоящий момент начинается второй период — борьба в рядах армии. ...Вы должны вступать в польские подразделения. По зрелому размышлению и с учетом единого мнения общества — констатирую, что это единственный для нас выход».
31 июля группа офицеров АК во главе с генералом Филипковским и полковником Студзиньским, а также с участием делегата лондонского правительства в округе А. Островского, вылетела в Житомир для встречи с генералом Жымерским из другой польской армии — Войска Польского. Командующий АК Комаровский известил об этом лондонские власти, заявив, что Филипковский отправился в Житомир без его разрешения. Несмотря на приказ о роспуске отрядов, штаб АК во Львове продолжал функционировать, там находилась вооруженная охрана, постоянно приходили командиры отрядов АК, солдаты и гражданские лица. Недалеко от штаба продолжала действовать служба контрразведки АК. Но уже 31 июля СМЕРШем было арестовано все руководство контрразведки АК округа Львов во главе с ее начальником подпоручиком М. Бородеем, также были арестованы около 20 офицеров. А уже 3 августа дошла очередь и до Филипковского и членов его делегации, отвергнувших предложение о вхождение формирований АК в состав народного Войска Польского, за исключением А. Островского, который согласился на сотрудничество с просоветскими поляками. Тем не менее польскими исследователями отмечается тот факт, что советские органы безопасности не производили массовых арестов членов АК, хотя в результате участия в боевых действиях основная часть их деконспирировалась. Арестованы были командиры, руководство спецслужб АК, например поручик Т. Гаевский, начальник службы безопасности в Ярославе, а также рядовые члены АК, входившие в состав спецслужб, в основном разведки и контрразведки. Что касается солдат, то им предоставлялась возможность вступить либо в Красную армию, либо в народное Войско Польское. Те, кто отказался, поехал на трудовой фронт.