В Николо-Бабаевский монастырь Преосвященный приехал 13 октября 1861 года. С ним прибыли: управлявший при нем Кавказским архиерейским домом игумен Иустин, присный духовный сын епископа; ризничий, иеромонах Каллист, из послушников Сергиевой пустыни; иеромонах Феофан, состоявший духовником при Андреевской церкви Ставропольского архиерейского дома, из иноков Никифоровской пустыни Олонецкой епархии, и несколько послушников. Последние состояли на Кавказе под духовным руководством иеромонаха Феофана, который, равно как и игумен Иустин и иеромонах Каллист, пользовался сам советами и духовными наставлениями владыки Игнатия. Таким образом, все лица, прибывшие с Кавказа в Бабаевскую обитель, составляли одну духовную семью, и их дружный образ действий скоро повлиял на весь внутренний и внешний быт обители.
Николо-Бабаевский монастырь расположен на правом берегу реки Волги при впадении в нее небольшой речки Солонины, которая отделяет Костромской монастырский берег от границы Ярославской губернии. За обеими реками в этой смежной губернии монастырь владеет небольшими сенокосными лугами. Жители Ярославля издавна расположены к Николо-Бабаевскому монастырю и с особенным благоговением и верой чтут имеющуюся в нем святыню — чудотворную икону Святителя Николая. По-видимому выгодное положение обители, стоящей на полпути между двумя губернскими городами Ярославлем и Костромой и при одном из первых водных сообщений, должно намекать на материальное благосостояние ее, но на самом деле было не то: пришельцы с Кавказа застали этот общежительный монастырь всего с 60 рублями наличных денег, при двух тысячах рублей долгу, притом пред самым вступлением в зиму, без всякого запаса хлеба и заготовки дров; хлебопашеством в монастыре вовсе не занимались. Благоустроению обители много помогло то {стр. 61} обстоятельство, что, еще до приезда Преосвященного Игнатия, бывший настоятель ее игумен Парфений, по собственному желанию и просьбе, был перемещен епархиальным начальством в Надеевскую пустынь той же Костромской епархии, и должность его была сряду занята игуменом Иустином; благочинным монастыря был назначен иеромонах Каллист, а иеромонах Феофан сделан вторым духовником. Чин богослужения, порядки келейного жительства, братская трапеза и жилища, — все было поведено к улучшению. Заведено правильное хлебопашество на земле, принадлежащей монастырю, около 80 десятин, частью болотной, частью наносно-песчаной, для чего была произведена разбивка полей, прорыты канавы для осушки болот и через них болотная вода спущена в Волгу. Начата перестройка келлий, назначенных для самого епископа, капитальное исправление корпуса братских келлий и настоятельских. Корпус этот, с одной стороны обращенный к Волге, — двухэтажный, с другой, внутрь монастыря, — одноэтажный; его нашли нужным сшить поперечными железными полосами, так как он от сырости места и от неравномерной осадки значительно истрескался в этом направлении. Гостиница для приезжающих, расположенная у самой ограды монастыря, была вся переделана внутри и прилично меблирована.
В первый год по прибытии Владыки Игнатия на Бабайки посетил его старинный друг М. Чихачов, и это свидание их было последним в жизни. Обоими признано было, что последнему не надо покидать своего места жительства Сергиевой пустыни, в которую он положил все свое состояние и пользовался в ней всеобщим уважением братства и теми удобствами, какие необходимы были для него в болезненной старости. В конце июня 1862 года приехал в Бабаевскую обитель на жительство родной брат Владыки П. А. Брянчанинов, испросив увольнение от службы с должности ставропольского гражданского губернатора, и поселился в монастыре на правах богомольца.