Поначалу КИ был независимой организацией с подчинением напрямую Совету министров, и в его ведении была вся политическая, экономическая, промышленная, научно-техническая внешняя разведка, а также контрразведка. В отличие от ЦРУ, КИ никогда не являлся открытым государственным учреждением — о его существовании общественности известно не было. (Даже когда в 1949 году КИ был отдан Министерству иностранных дел, его тайный и автономный статус сохранился в рамках министерства)[91]. Информация из приказов о КИ публикуется впервые.
Возражения МГБ были приглушены, вероятно, потому что часть высших постов приравняли к министерскому рангу, а двадцать пять или больше — к рангу заместителя министра. Все министры и заместители министров имели правительственные машины с шоферами и могли пользоваться специальной правительственной телефонной сетью, известной как «кремлевка». Согласно тому же приказу о КИ, все послы стали «главными резидентами» в своих регионах, подчиненными «непосредственно» КИ. Офицеры КИ посылались в посольства и получили надежное прикрытие — явное усовершенствование по сравнению с затруднениями, испытывавшимися МГБ[92].
Некоторые отделы КИ заняли помещения бывшего Коминтерна возле Сельскохозяйственной выставки в Москве. Однако зазор в отношениях бывших сотрудников МГБ и военных, которых было меньше и которые почувствовали себя ущемленными, проявился еще до вступления в силу приказа о КИ 30 мая 1947 года. В середине 1948 года министр обороны Николай Александрович Булганин начал говорить о возвращении его разведки в министерство[93]. Генштаб тоже заявлял, что не может полностью полагаться на КИ, и требовал возвращения службы стратегической разведки. В апреле 1949 года эта часть была возвращена военным. Согласно официальной истории из-за «своего специфического характера разведывательная работа в военной области не может должным образом проводиться в структуре КИ... в январе 1949 года общим постановлением ЦК и правительства военная разведка была изъята из структуры КИ и возвращена Министерству обороны»[94].
Оставшиеся отделы КИ стали сферой безраздельного правления внешней разведки МГБ. В феврале 1949 года КИ вышел из подчинения Совета министров и перешел в подчинение Министерства иностранных дел (Комитет информации при МИД СССР), «для более полного использования информационных возможностей КИ в области политической разведки, а также подчинения политической разведки задачам внешней политики СССР и текущей работе Министерства иностранных дел». Приказ ограничивал КИ политической, экономической и научно-технической разведкой[95].
Официальные историки не пишут о ключевых сотрудниках. Так как КИ был тайной организацией, о назначениях внутри него не объявлялось. Хотя Молотов как министр иностранных дел и стал первым председателем КИ, в марте 1949 года он «потерял благоволение Сталина» и на обоих постах его сменил Андрей Вышинский, недоброй памяти прокурор. Наше изучение восьмидесяти докладов КИ и МГБ за период с 1949 по 1952 г., в первый раз рассекреченных архивом СВР, добавляет любопытные подробности к истории «падения» Молотова. Хотя совершенно очевидно, что Молотов потерял пост министра, а его жена Полина была сослана, он остался «вторым адресатом» после Сталина, что касается донесений КИ — Политбюро вплоть до ликвидации КИ в 1951 году. Он был также «вторым адресатом» и для МГБ до сентября 1952 года. В это время и Вышинский, и заместитель министра иностранных дел Андрей Громыко занимали переменно от восьмого до десятого места. Понятно, что к этому списку и КИ, и МГБ относились с предельной аккуратностью, следовательно Молотов был задействован в большой игре вплоть XIX съезда партии, когда Сталин подверг его критике.
Вышинский был председателем КИ всего три месяца. В большей степени «свадебный генерал», нежели реальный руководитель, он сам признавался, что «не имеет ни малейшего представления о порученном ему деле»[96]. Валериан Зорин, заместитель министра иностранных дел, прослужил дольше, однако по-настоящему КИ руководил заместитель председателя Петр Федотов, как прежде управлением внешней разведки ГБ. Федотов, который был начальником Управления внешней разведки МГБ до перехода в КИ, был заменен в 1949 году на посту заместителя начальника Сергеем Савченко. В конце 1951 года, после шока, связанного с арестом Абакумова, бывшее Управление внешней разведки ГБ было изъято из КИ и отдано МГБ как Первое Главное правление. Соответственно, новый министр государственной безопасности Семен Игнатьев стал подписывать доклады, направляемые Сталину и Политбюро[97].