Разгром войск Керенского — Краснова означал некоторую передышку, но не для Н. И. Подвойского. В силу складывавшихся обстоятельств функции ВРК, его влияние стремительно множились и расширялись. Вопросам, которые он решал, казалось, не было конца, их количество росло как снежный ком, и касались они жизни не только Петрограда, но и других городов, губерний, фронта, всей страны. Многие из этих вопросов должны были решать созданные II Всероссийским съездом Советов народные комиссариаты. Но они этого делать пока не могли из-за малочисленности собственного аппарата и саботажа чиновников старых министерств. Поэтому после восстания ВРК превратился в чрезвычайный всероссийский орган, работавший под руководством ЦК РСДРП(б) и подчиненный СПК и ВЦИК. Первоначально поставленные перед ним задачи по поддержанию революционного порядка и борьбе с вылазками контрреволюции в столице оказались далеко не единственными.
Стремительность развития событий, лавина вопросов, требующих экстренного решения, определили своеобразный характер работы ВРК. Многие постановления, решения, приказы разрабатывались и принимались не на официальных заседаниях всего состава ВРК, а от имени ВРК несколькими или даже отдельными авторитетными его работниками. По-другому в те дни работать было просто невозможно. Так, 27 октября комитетом было разработано, принято и разослано более 150 решений и документов, а 29 октября их число выросло до 200. Только за 10 дней, к 31 октября, ВРК назначил 292 комиссара в 205 учреждений, 27 губерний и округов, 43 города, 11 уездов, 6 деревень. Многие из назначенных комиссаров были членами ВРК. Поэтому состав комитета менялся, пополнялся вновь делегируемыми товарищами. Исследователям удалось восстановить список членов ВРК. Он насчитывает 97 человек. Даже при круглосуточной работе и проведении трех заседаний в сутки — утреннего, дневного, вечернего (ночного) — ВРК с трудом справлялся с лавиной непрерывно возникавших дел. Бешеный темп работы потребовал резкого увеличения числа его технических работников. Общий список сотрудников ВРК вскоре превысил 230 человек.
Н. И. Подвойский хорошо понимал, что ответственность Военно-революционного комитета и каждого его работника, принимающего решение или подписывающего документ, имеют исторические масштабы, что каждый шаг ВРК ставится в заслугу или в вину Советской власти, новому строю в целом. Он не раз говорил об этом с В. И. Лениным, Я. М. Свердловым, Ф. Э. Дзержинским. Поэтому, как только несколько спала напряженность борьбы с мятежом Керенского — Краснова, Николай Ильич взялся за упорядочение работы ВРК. По его инициативе и с помощью Я. М. Свердлова ВЦИК делегировал в состав руководства ВРК 13 опытных партийных организаторов, в том числе В. А. Аванесова, Ф. И. Голощекипа, Я. X. Петерса. Это было очень важно, так как в ВРК успех дела решали политическая зрелость, инициативность и энергия каждого работника. В составе ВРК было создано восемь специализированных по направлениям работы отделов со своими заведующими. 1 ноября был утвержден штаб ВРК во главе с К. А. Мехонсшиным, причем каждому члену штаба также было поручено определенное направление работы. Ввиду того, что секретарь ВРК В. А. Антонов-Овсеенко стал народным комиссаром, организация работы секретариата была поручена видному партийному работнику С. И. Гусеву. За налаживание делопроизводства по поручению ПК РСДРП(б) взялась Нина Августовна.
Военно-революционный комитет как боевой, действующий орган, не обремененный бюрократическими традициями, впитывал и переваривал огромный поток информации, выплескивая столь же мощный поток решений и распоряжений. Он с одинаковой обстоятельностью решал вопросы и национализации крупных предприятий, и продления отпуска отдельному солдату. Здесь одинаково внимательно выслушивали и делегата фронта или целой губернии, и ходока от отдельной роты или деревни. И каждый получал ответ на волнующий его вопрос. По указаниям В. И. Ленина, ЦК, ВЦИК, СПК и по собственной инициативе Военно-революционный комитет участвовал в сломе саботажа чиновников старых государственных учреждений, сорвал попытку контрреволюции задушить Петроград голодом — осуществил поиск скрываемых запасов продовольствия и передачу его районным Советам, нанес мощный удар по внезапно вспыхнувшей спекуляции, провел решительную кампанию по подавлению организованных буржуазией массовых пьяных погромов, сформировал и отправил в хлебные губернии страны первые десятки продотрядов. ВРК стал одним из центров подбора и распределения агитаторов. За месяц, прошедший после штурма Зимнего дворца, ВРК разослал 644 агитатора из рабочих, солдат и матросов. А. В. Луначарский в своих воспоминаниях назвал работу Военно-революционного комитета ошеломляющей.