Весь аппарат ВВИ был брошен Н. И. Подвойским на проведение в частях митингов и собраний, на укрепление порядка и дисциплины. Потрясенный случившимся, Н. И. Подвойский требовал от каждого работника ВВИ, командира, комиссара, красноармейца удвоенной, утроенной энергии, считая это лучшим ответом на происки врагов социализма.
Утром 1 сентября Н. И. Подвойский вместе с г. д. Базилевичем выехал на железнодорожной летучке в расположение дивизии В. И. Киквидзе. Летучка состояла из паровоза, вагона и платформы с автомобилем. Она мчалась к станции Елань. Подвойский и Базилевич сначала сидели в кузове автомобиля, потом вышли на платформу. Здесь же было еще несколько работников ВВИ. Примерно в восьми километрах от Елани вдруг раздался сильный взрыв. Паровоз на полном ходу повалился с насыпи, за ним — платформа с автомобилем. Николая Ильича выбросило под откос. Он ударился головой и потерял сознание.
Очнувшись, Н. И. Подвойский увидел над собой И. П. Приходько, В. И. Киквидзе. Голова гудела, болело все тело, особенно нога.
— Как остальные? — с трудом спросил он.
— Все живы! Базилевич пока без сознания.
Подвойского и Базилевича положили на носилки и отправили в Елань, где как раз находился санитарный поезд. Врач определил, что у Николая Ильича — контузия, перелом левой ноги, многочисленные ушибы. У Базилевича оказались сотрясение мозга и перелом ключицы. Как потом выяснило следствие, взрыв был результатом спланированного покушения на Н. И. Подвойского.
— …Контра рада избавиться от вас, Николай Ильич, — говорил И. П. Приходько, сидя в вагоне санитарного поезда около перевязанного Н. И. Подвойского. — Вы ей тут как кость в горле. Да и раньше насолили изрядно. Я ведь с апреля семнадцатого года рядом с вами. Знаю.
Николай Ильич с трудом улыбнулся:
— Да, контрреволюции, пожалуй, благодарить меня не за что… Но я и теперь ее не порадую.
Н. И. Подвойский решительно отказался ехать на лечение в Москву. Отлежавшись дня три, он вновь включился в работу — костыли не очень мешали ему руководить Инспекцией. Лишь в конце сентября, когда был сформирован РВС Южного фронта, Николай Ильич вместе с выполнившей свою задачу ВВИ с разрешения Центра вернулся в Москву. Вернулся полный новых планов и идей.
3 октября 1918 года Н. И. Подвойский участвовал в работе объединенного заседания ВЦИК, на котором Я. М. Свердлов зачитал письмо В. И. Ленина о необходимости удесятерить усилия по созданию Красной Армии. «Мы решили иметь армию в 1 000 000 человек к весне, — писал Владимир Ильич, — нам нужна теперь армия в три миллиона человек. Мы можем ее иметь.
Несмотря на загруженность (ведь Н. И. Подвойский был еще и членом РВСР, активно работал в Совете Обороны), Николай Ильич вместе с группой политработников ВВП приступил к разработке программы формирования трехмиллионной армии. Об этой программе он, видимо, беседовал с В. И. Лениным, потому что именно в это время В. И. Ленин поручил Николаю Ильичу регулярно информировать его о Красной Армии.
19 октября программа была готова. Н. И. Подвойский изложил ее содержание Московскому комитету партии и в тот же день направил в ЦК РКП(б). 22 или 23 октября В. И. Ленин получил от Н. И. Подвойского «Программу работ Коммунистической партии по созданию трехмиллионной армии» и доклад «Формирование трехмиллионной армии».
Задания на разработку этих важнейших документов Н. И. Подвойскому никто не давал. Но он не мог сидеть сложа руки, если видел, что задача назрела.
В процессе работы над программой развертывания армии Н. И. Подвойский особенно много думал о военкоматах. Им предстояло осуществить небывалую по масштабам мобилизационную работу. Созданные весной 1918 года в преддверии введения воинской повинности, они по структуре, штатам, методам работы были рассчитаны на условия того времени. На Урале и на Южном фронте, когда приходилось осуществлять спешные и напряженные мобилизации, они задыхались. Высшей Военной Инспекции это было известно не по отчетам — она сама в этих случаях вливалась в военкоматы и обеспечивала решение задач. Николай Ильич посоветовался со специалистами ВВИ. Они подтвердили его мысль: военкоматы нуждаются в реформе. Но в наркомате, в частности, во Всероссийском главном штабе это предложение поддержки не нашло. Сдававший дела начальника Всероглавштаба А. А. Свечин сказал:
— Помилуйте, Николай Ильич, в ходе развертывания трехмиллионной армии затевать реформу военкоматов! Уж лучше усилить их и решить главную задачу… Бонч-Бруевич и без реформы сомневается в ее выполнимости.
Н. И. Раттэль, принимавший дела начальника Всероглавштаба, определенного мнения не высказал, сославшись на то, что проблему еще не изучил.