Первейшей задачей, которую стал решать Н. И. Подвойский, было налаживание управления войсками. Опираясь на опыт и знания военных специалистов ВВИ, он создал оперативный штаб в Уфе, сформировал Урало-Оренбургский и Северо-Урало-Сибирский фронты, а так-же несколько групп войск по направлениям. Н. И. Подвойский понимал, что в сложившейся чрезвычайно сложной и острой обстановке успех дела во многом будет зависеть от воли, опыта и энергии людей, которые будут руководить фронтами и участками.
Первым он пригласил к себе члена ВВИ Р. И. Берзина. Бывший батрак, член партии большевиков с 1905 года, Рейнгольд Иосифович Берзин в чине поручика участвовал в первой мировой войне, был членом ВРК 2-й армии, после победы Октябрьского восстания командовал Западным революционным фронтом по борьбе с контрреволюцией, участвовал в подавлении контрреволюционной Центральной Рады, мятежа польского генерала Довбор-Мусницкого. Он имел большой политический и военный опыт, к тому же обладал поистине железным характером… Берзин, огромного роста, боком вошел в дверь, сразу заполнив собой значительную часть пространства штабного купе.
— Садитесь, Рейнгольд Иосифович. Вашу докладную о положении в районе боевых действий пересылаю товарищу Ленину…
Берзин провел ладонью по стриженной под машинку голове, смущенно крякнул, взъерошил густую бороду.
— Одновременно посылаю Владимиру Ильичу свое письмо, — продолжил Подвойский, заметив смущение Берзина. — В нем я поддерживаю все ваши оценки и выводы. Кроме того, подчеркиваю серьезность и опасность мятежа белочехов. Показываю, что они организованы, отлично вооружены. А главное — что их выступление подняло дух контрреволюционной части урало-оренбургского казачества. Это опаснее белочехов. Предлагаю сформировать Восточный фронт.
— Я тоже так думаю, Николай Ильич, — проговорил Берзин. — Тут начинается дело, с которым местными си ламп не справиться.
— Но, пока будет создан Восточный фронт, мы будем действовать сами. Я пригласил вас, Рейнгольд Иосифович, чтобы сообщить, что назначаю вас командующим Северо-Урало-Сибирским фронтом.
Н. И. Подвойский развернул оперативную карту, и через минуту они уже углубились в разработку плана предстоящих действий фронта.
Командующим Урало-Оренбургским фронтом Н. И. Подвойский, по настоянию местных большевиков, назначил В. В. Яковлева. К руководству войсками он также привлек бывшего рабочего, большевика, командира Восточного отряда по борьбе с мятежом атамана Дутова — В. К. Блюхера. Впоследствии Блюхер стал кавалером ордена Красного Знамени № 1, одним из первых Маршалов Советского Союза. На руководящие военные должности были назначены также С. А. Анучин. В. Н. Блохин, А. Ф. Каменский, И. М. Малышев и другие.
Организацию боевых действий созданных фронтов и участков Н. И. Подвойский начал с того, что установил простую структуру подчиненности войск и добился четкого выполнения приказов. Для этого он направил в каждый штаб членов ВВИ. Исполнительская дисциплина сразу расширила возможности маневрирования силами, и это позволило в известной мере воздействовать на боевую обстановку.
Основные силы ВВИ Н. И. Подвойский бросил на создание резервов — новых подразделений и частей. Для ускорения этой работы Николай Ильич, взяв на себя ответственность, приказал объявить воинскую повинность, а также призвать военных специалистов и бывших унтер-офицеров. Инспектора ВВИ с раннего утра и до 2–3 часов ночи налаживали работу только что созданных военкоматов, помогали осуществлять призыв, формировать новые подразделения и части, организовывали в них партийно-политическую работу и начальное военное обучение. Даже солдаты пулеметной команды и роты Образцового советского полка из поезда ВВИ были задействованы в качестве инструкторов для обучения новобранцев. Днем в поезде ВВИ оставались лишь оперативная группа и караул.
Как профессиональный партийный работник, II И. Подвойский проявлял особую заботу о коммунистическом воспитании красноармейцев, поддержании высокого морального духа советских войск. Он требовал, чтобы партийно-политическая работа в войсках шла непрерывно и осуществлялась в тех формах и теми методами, которые наиболее полно соответствовали сложившейся обстановке. В июне ВВИ создала на Северо-Урало-Сибирском фронте первый в Советских Вооруженных Силах политический отдел. К весне 1919 года политические отделы были созданы почти во всех дивизиях и армиях. С тех пор и до наших дней политотделы являются руководящими партийными органами КПСС в Советских Вооруженных Силах.
Работа Н. И. Подвойского в Уфе и в районах боевых действий была настолько напряженной, что он лишь через десять дней после приезда выкроил время, чтобы съездить в находившуюся поблизости Мидовскую коммуну-колонию петроградских детей, где работала Нина Августовна, где были и дети Подвойских. Свидание с семьей было коротким. Бои шли уже недалеко. Как будут дальше развиваться события, ни Николай Ильич, ни Пина Августовна знать не могли.