Хотя попытка «Тетиса» заблокировать канал оказалась не совсем удачной, он сослужил хорошую службу, так как отвлек на себя большую часть огня с мола и береговых батарей. Следовавшим за ним 2 крейсерам пришлось много легче. Лейтенант Стюарт Бонхэм-Картер сумел ввести «Интрепид» прямо в канал и там взорвал подрывные заряды. По этому крейсеру немцы вообще не стреляли. ML-282 принял 86 человек команды, хотя должно было остаться только 53. Лишние матросы отказались покинуть брандер перед началом операции. За «Интрепидом» шел однотипный крейсер «Ифигения», который лейтенант Э. Бильярд-Лик сумел тоже поставить поперек канала, хотя сначала врезался в землечерпалку. Он и его экипаж спаслись на катере, а потом (так как моторный катер, выделенный для этой цели, был поврежден) на том же самом ML-282. Его юный командир лейтенант П. Дин был полон решимости добраться до дома со всеми 150 людьми, оказавшимися у него на борту.
Так как на затопление всех трех брандеров не потребовался выделенный планом час, Карпентер не видел оснований задерживать штурмовые партии слишком долго. В 01.15 «Винидиктив» принял на борт уцелевших десантников, включая всех раненых, и взял курс домой. Не успели добраться до корабля и попали в плен только 15 человек. Через полчаса Кийз на «Уорвике» повел «Норт Стар» и «Феб» в атаку на германские миноносцы, одна из их торпед попала в мол, другая потопила земснаряд «Гессен». Примерно в это время какая-то немецкая батарея обстреляла «Ирис», на котором погиб командир. Корабль вышел из-под обстрела, получив тяжелейшие повреждения, надстройки были снесены, мостик разрушен, весь корабль был объят пламенем.
Уже во время отхода батарея на конце мола обстреляла «Норт Стар», который получил тяжелые повреждения и начал тонуть, «Феб» успел снять большинство его команды. Несмотря на это, Кийз приказал «Уорвику» подойти к молу и прикрыть отход катеров, эсминец снял раненых с ML-282, который получил несколько попаданий. Хотя из крупных кораблей англичане потеряли только 1 эсминец, в личном составе они понесли тяжелые потери, которые составили 176 человек убитыми и 412 ранеными, 49 человек пропали без вести, однако и награды были щедрыми. Впрочем, в литературе чаще встречаются немецкие данные, причем, что самое удивительное, даже у английских авторов. 11 Крестов Виктории, 21 Орден за выдающиеся заслуги, 29 Крестов за выдающиеся заслуги, 16 Медалей за отвагу и 143 Медали за выдающиеся заслуги. Эти цифры говорят более красноречиво, чем любые слова, о фантастическом умении и отваге, с которыми была выполнена почти гениально задуманная, тщательно разработанная и спланированная Кийзом операция, хотя все обстоятельства складывались против. Немцы потеряли всего 11 человек убитыми и 24 ранеными, что говорит о многом.
Зато в Остенде дела сразу пошли наперекосяк. «Бриллиант» и «Сириус» в дыму и тумане сбились с курса и не нашли входа в канал. Командир «Бриллианта» увидел буруны в самый последний момент и не успел застопорить машины. Старый крейсер сел на мель, и тут же ему в корму ударил «Сириус». Попытки снять корабли с мели не удались, поэтому в 00.30 подрывные заряды были взорваны, а команда покинула крейсера на катерах. Лишь на следующий день англичане выяснили, что немцы просто переставили буй, по которому они ориентировались, и в результате крейсера оказались на мели в 500 метрах от входа в канал. Адмирал Бэкон мрачно заметил: «Хотя мы патрулировали вблизи Остенде в продолжении почти трех лет, в единственный нужный момент найти его не смогли».
Но адмирал Кийз верил, что рейд на Зеебрюгге был «полностью успешен в реализации первой и главной задачи: канал в Брюгге был заблокирован» и в порту заперты две дюжины эсминцев и дюжина подлодок. Но ему также пришлось сообщить, что крейсера «Сириус» и «Бриллиант» были затоплены не там, где планировалось. Но главным, с точки зрения Кийза, было то, что он проявил активный наступательный дух.
Германское командование придерживалось прямо противоположной точки зрения и считало, что затопление брандеров не повлияет на действия подводных лодок. Командир морской дивизии адмирал фон Шрёдер утром 23 апреля уточнил расположение затопленных кораблей на фарватере и телеграфировал в Берлин, что канал совершенно свободен. Шрёдер немного приукрасил ситуацию: каналом можно было пользоваться, хотя с некоторыми трудностями и только во время полного прилива. Сначала подводные лодки получили предупреждение, что порт закупорен. Однако 24 апреля первые 3 лодки вышли из Остенде, а 25 апреля UB-16 вышла из Зеебрюгге, хотя это осталось неизвестно британскому командованию.