Каждое армейское управление было рассчитано на руководство 2–3 стрелковыми корпусами. В случае войны планировалось включить в состав некоторых армий резервов из состава внутренних округов по одному механизированному корпусу и одной смешанной авиационной дивизии.
Реорганизацию претерпел и Военно-Морской Флот. Были укреплены управления и отделы Главного морского штаба. Флоты пополнялись новыми соединениями и кораблями, на Балтике началось строительство новых береговых укрепрайонов вооруженных 380 мм башенными орудиями от недостроенных линкоров. Началось строительство двух авиа несущих кораблей и массовое строительство быстроходных торпедных бронекатеров. Наконец то стали поступать первые, закупленные у англичан и американцев корабли, в том числе выкупленный у немцев крейсер Лютцов. Всё это приобретенное у империалистов разнообразное железо было сосредоточено на востоке и создавало основу нашей военно-морской мощи на Тихоокеанском оперативном направлении для противодействия Японии. На равных противодействовать японскому флоту наши корабли всё ещё не могли, но с помощью авиации могли достаточно уверено противодействовать любым попыткам высадки японского десанта на наше восточное побережье.
Но самое главное, что уже встали на модернизацию в балтийские доки два наших старых линкора "Марат" и "Октябрьская революция". На огромные бронированные монстры начата установка радиолокационных станций метрового и дециметрового диапазонов, которые позволят обнаруживать морские цели на дальность до 80 км и воздушные цели — до 100 км, кроме того была значительно увеличена зенитная мощь кораблей за счет установки 30 мм автоматических пушек с наведением по радиоканалу и сдвоенных 12,7 мм зенитных автоматов.
Одновременно с реорганизацией армии и флота проходило организационное укрепление и техническое переоснащение пограничных войск и войск НКВД, которым отводилась важная роль в обороне советского государства.
Развертывание армии и флота потребовало увеличения численности командного, политического и инженерно-технического состава. Создавались новые и расширялись существовавшие военно-учебные заведения. Быстро росло число военных училищ. Только в 1939 г. было сформировано 42 новых военных училища и уже к сентябрю 1939 года в военно-учебных заведениях и на различных курсах обучалось свыше 300 тыс. слушателей и курсантов.
Реорганизация армии и флота, в частности переход войск на новые штаты, вызвала большую перестановку кадров. Многие командиры среднего и старшего звеньев были повышены в должности или переведены на службу в технические рода войск. Попаданцы поднялись на два, а некоторые на три уровня по военной лестнице. Зинченко знал, что многие его сержанты с 23 ОМСБР после командирских курсов уже были назначены командирами рот, хотя сам Зинченко таких резких взлетов и не одобрял, но система подготовки офицерских кадров Красной армии откровенно хромала. По всюду были открыты трёх месячные курсы подготовки младших лейтенантов, которые после выпуска назначались командирами взводов, а прослужив год в должности, любой командир взвода мог написать рапорт и попасть на трёх месячные курсы подготовки командиров рот. При такой системе подготовки военных кадров, любой толковый сержант из 21 века ничуть не уступал лейтенанту командиру взвода, а после небольшой доподготовки легко справлялся и с командованием ротой.
Указом Президиума Верховного Совета СССР в Вооруженных Силах было установлено единоначалие, упразднен институт военных комиссаров и введен институт заместителей командиров и начальников по политической части. Теперь командир-едино начальник, нес полную ответственность за обучение, материально-техническое обеспечение войск, воспитание личного состава.
Введение единоначалия укрепляло авторитет командира и улучшало условия для повышения боевой готовности войск. Были восстановлены генеральские и адмиральские звания для высшего командного состава армии и флота, а также введены новые звания для рядового и младшего начальствующего состава, офицерам вернули погоны. Под эту реформу попал и Зинченко, ему было присвоено звание генерал-лейтенант.
Кроме того были вновь введены в действие три штата дивизий. То есть по распоряжению ЦК партии все дивизии стали делиться на дивизии военного штата, то есть полностью укомплектованные личным составом, вооружением и техникой, таких дивизий было сформировано 160, в каждой дивизии военного штата было около 10 000 военнослужащих.
По приказу ставки начато формирование дивизий неполного состава, то есть дивизий мирного времени, общей численностью 4500 военнослужащих. Таких дивизий предполагалось сформировать более 200.
И по приказу Тимошенко в РККА всё таки вернули кадрированные, то есть мобилизационные дивизии. Предполагалось в целях подготовки к ведению большой войны в тыловых районах страны сформировать более 300 кадрированных дивизий, с общим предвоенным штатом в 1400 военнослужащих.