Одним из значительных факторов поддержания коллаборационистских настроений на оккупированных территориях СССР стал религиозный. Используя в своих целях религию, оккупанты были вынуждены балансировать между двумя противоположностями. Первая из них заключалась в том, что врагом национал-социализма наряду с еврейством, масонством, марксизмом и либерализмом в первую очередь была объявлена церковь. Причина в том, что принципы нацизма и христианства диаметрально противоположны. Церковь не признает рас, проповедует равенство всех людей пред Богом, кроме того, основателями христианства были евреи. Вторая противоположность заключалась в том, что именно церковь составляла в СССР оппозицию большевизму, подвергалась истреблению со стороны советской власти, а ее священнослужители и рядовые верующие были в большинстве репрессированы. Так, из 141 757 служителей Русской православной церкви, отправлявших службу на момент Октябрьской революции, на начало Великой Отечественной войны на свободе оставались около 500, в том числе 4 правящих архиерея[876]. В частности, в Орловской области за 5 предвоенных лет были осуждены около 2000 священнослужителей, из них 1209 чел. расстреляны, 712 чел. приговорены к различным срокам заключения[877]. А из 69 000 православных храмов на начало войны действовало всего 350—400[878], то есть около 0,5 % от их дореволюционного количества. Обычным было положение, когда на крупную область оставалось по 1—2 действующих храма. Так, в Орловской области действовало всего две церкви: Рождественская в г. Волхове и Никольская в селе Ле-пешкине Орловского района[879], в Пскове власти к началу войны не успели закрыть лишь одну кладбищенскую церковь Св. Димитрия Солунского[880], всего же на пространстве от Гатчины до Новгорода и Великих Лук на начало войны действовало всего 8 православных храмов[881], в Смоленске оставалась не закрытой лишь Тихвинская церковь[882], на территории Воронежской области оставались не закрытыми две церкви[883].
Еще в конце 1930-х гг. на большей части территории РСФСР были упразднены епархии, репрессированы их правящие архиереи. Так, с 1936 г. прекратила свое существование Воронежская епархия, правящий архиерей был репрессирован. В Смоленске в 1937 г. по сфальсифицированному делу «контрреволюционной организации церковников по городу Смоленску» расстреляли последнего главу епархии — архиепископа Серафима (Остроумова)[884]. Как правило, приходы той или иной области за неимением правящих архиереев подчинялись непосредственно патриаршему местоблюстителю митрополиту Сергию (Страгородскому).
Еще менее благополучно обстояло на территории РСФСР дело у протестантов и сторонников иных неправославных конфессий. Так, из молитвенных домов баптистов на начало войны действовало лишь 4: в Москве, Ленинграде, Новосибирске и Ульяновске. Из католических костелов — 2, причем в качестве священников трудились иностранные граждане. Евангелическо-лютеранская церковь в 1937 г. вовсе прекратила свое существование[885]. Не было на начало войны ни одного действующего молитвенного дома и у таких конфессий, как адвентисты седьмого дня, свидетели Иеговы и др. Причем ликвидация религии продолжалась даже после нападения Германии на СССР. Так, в г. Орле решением исполкома Орловского областного совета депутатов трудящихся от 25 июня 1941 г. № 1288 была закрыта Афанасьевская церковь с передачей здания под общественные нужды под предлогом того, что община верующих якобы распалась 3 года назад[886]. Лишь за несколько дней до занятия Орла немцами в Афанасьевской церкви было снова разрешено богослужение[887].