Этот момент поспешного и сомнительного в юридическом и моральном смысле избрания послужил завязкою той кровавой драмы, в которой Петру пришлось сыграть пассивную и тяжелую роль. Сторона Милославских сорганизовалась под руководством царевны Софьи Алексеевны и ее родственника боярина Ивана Михайловича Милославского. Софье было тогда не более 2 5 лет; но ее ум и энергия делали ее опасным противником. А Иван Михайлович был давний, на все готовый интриган. Не успело еще осмотреться новое правительство маленького царя Петра, в котором первенство принадлежало его матери царице Наталье, а главные роли ее дядьям и братьям, как Милославские возмутили стрельцов. Стрельцы – московская гарнизонная пехота – давно, еще с 1648 года, заставляли задумываться московскую власть. Живя в особых «слободах» в Москве со своими семьями, промышляя и торгуя, стрельцы многими житейскими нитями были связаны с низшими слоями московского населения и легко увлекались вместе с ними во всякого рода «гиль», то есть в бунты. В знаменитых волнениях московского «мира» в июне 1648 года стрельцы принимали не малое участие; они открыли для бунтовавшей толпы Кремль и подступы к дворцу и вместе с московским простонародьем громили и грабили боярские дворы. Тогда в первом припадке страха, царь Алексей потерял веру в преданность и верность стрелецкого войска и намеревался заменить его иностранною дворцовой стражей. Мысль о такой страже из наемников долго бродила в дворцовых кругах, но в конце концов была оставлена. Царь Алексей произвел какой-то отбор в стрелецкой массе и выделил из нее особо надежные части, которые держал на своем царском коште. Такие отобранные части составились первоначально их трех новых полков, или «приказов», стрелецких, состоявших в ведении Тайного приказа под командою Полтева, Соловцева и знаменитого впоследствии А.С. Матвеева. Поздней количество таких «приказов» возросло. Новый подбор стрельцов был оправдан московскою смутою 1662 года. Во время острых народных волнений этого года стрельцы остались верны присяге и по царскому приказу «бунтовщиков имали и до смерти их побивали, а бояр побить им и домов разорять и грабить не дали». После этого благоволение царя к его новым стрельцам еще больше возросло. Других служб служилые люди отмечали, что царь стрельцов балует, «дает им свое государево жалование многое», не в пример людям других служб. По-видимому, это было верно: царь Алексей уделял стрельцам очень много, даже слишком много внимания, ласки и подачек; он их избаловал, и современники справедливо начали сравнивать их с янычарами, привыкшими играть видную роль и сознавшими свое значение для дворца.
Вот эту-то «надворную пехоту» противники царя Петра, царицы Натальи и их родни и друзей двинули во дворец на правительство в мае 1682 года. Стрельцы шли в Кремль с привычною для них мыслью, что в них видят защитников и охранителей династии, что на них лежит обязанность защитить царскую семью, восстановить обиженных в их правах и покарать насильников. Им представили дело так, что старшая царская семья царевича Ивана угнетена Нарышкиными, а сам Иван, пожалуй, уже и не жив. Стрельцы, едва ли понимая, что они делают, избили до смерти многих бояр, свергли правительство Петра, провозгласили царем Ивана вместе с Петром и передали всю власть в руки царевны Софьи и ее друзей. Во время происходивших во дворце насилий и кровопролития маленький Петр дрожал за свою жизнь и видел своими глазами гибель своих близких и родных. А затем последовали целые месяцы испытаний, когда и победившая царевна Софья, и побежденная царица Наталья одинаково боялись стрелецких насилий и, не решаясь оставаться в Кремлевском дворце, перевезли царей сначала в село Коломенское, а затем в крепкую своими каменными стенами Троицкую лавру. Москва осталась в руках разнузданных стрельцов, начальник которых князь Хованский не мог или не хотел вернуть их к сознанию долга. Правительство, уйдя из столицы, постепенно стягивало к лавре мобилизованные отряды дворянской конницы и, опираясь на дворян, презиравших и не любивших стрельцов, начало осенью действовать. Хованский внезапно был схвачен на охоте и казнен. Стрельцы тогда подняли было восстание, но, осмотрясь, испугались собранной под Москвою дворянской рати и понемногу сдались и начали просить милости и пощады. Только в ноябре 1682 года правительство решилось наконец вернуться в столицу, и дворцовая жизнь вошла в свою обычную колею. В государстве было не совсем обычное «двоецарствие»: на престоле сидели оба брата – Иван и Петр. За их несовершеннолетием официально правила государством «правительница» царевна Софья, которой этот титул был усвоен во время стрелецких волнений якобы земским собором, а в сущности, «по челобитью стрельцов». Во главе московских приказов стали близкие к Софье люди, ее родня и друзья. Царица Наталья и те Нарышкины, которые уцелели от стрелецких насилий, были в стороне от всяких дел. Маленький царь Петр жил с матерью обычною жизнью царевичей XVII века, далекою от деловых сфер и политических дел.