Он прибыл в Санкт-Петербург 8 июня 1879 г. В 1879— 1880 гг. Максимов служил в 8-м флотском экипаже и в Морском училище (отделенным начальником). 19 апреля 1880 г. Александр Яковлевич был уволен для службы на коммерческих судах, но через год вновь вернулся на действительную службу, был зачислен в 7-й флотский экипаж и 12 октября 1881 г. утвержден командиром его 1-й роты (4 ноября 1883 г. переназначен на должность командира 2-й роты внутренней брандвахты). 27 июня 1884 г. Максимова прикомандировали к Штабу главного командира Кронштадского порта, а с 1 января 1886 г. он занял должность экипажного адъютанта порта. 1 января 1891 г. А.Я. Максимов получил чин капитана 2-го ранга. 26 сентября 1892 г. Максимов назначен старшим офицером парохода «Днепр», а с 1 января 1894 г. занял аналогичную должность на броненосце береговой обороны «Не тронь меня». С 1895 г. служба Александра Яковлевича Максимова вновь проходила на Дальнем Востоке. 10 апреля он был назначен младшим помощником командира Владивостокского порта и в июле 1895 г. прибыл к месту назначения. По всей вероятности, перевод с Балтики на Дальний Восток не был случайным. А.А. Хисамутдинов пишет о том, что «...вероятно, жизнь в столице не отвечала всем запросам богатой натуры талантливого литератора...» Возможно, что моряк-беллетрист, абсолютно все произведения которого проникнуты любовью к России и Флоту, мог оказаться «неудобным» для начальства, в силу того, что в своих книгах иногда затрагивал «социальную проблематику». Но может быть, Максимова влек на Дальний Восток поиск новых впечатлений, необходимых для создания новых произведений. Современник, известный моряк-писатель, капитан дальнего плавания Д.А. Лухманов вспоминал о встрече с Максимовым по дороге на Дальний Восток. «В поезде познакомился с капитаном второго ранга Александром Яковлевичем Максимовым, довольно известным в то время писателем... Максимов ехал во Владивосток, куда был сплавлен, как человек более свободомыслящий, чем это полагалось по штату флотскому офицеру... Мой спутник хорошо знал, что ожидает его во Владивостоке, но ни он, ни я не предполагали, что его затравят до смерти (через год Максимов покончил жизнь самоубийством)»[48]. Сразу отметим, что версия о самоубийстве нс подтверждается сохранившимися медицинскими документами о смерти Максимова. На самом деле еще по пути на Дальний Восток, он заболел злокачественной анемией. Возможно именно это стало причиной того, что 2 декабря 1895 г. Максимов был отчислен от должности младшего помощника командира Владивостокского порта с переводом на Балтийский флот.
Но это назначение осталось лишь на бумаге, и 28 декабря А.Я. Максимов вновь был восстановлен в прежней должности «впредь до особого распоряжения».
21 августа 1896 г. Максимов подал прошение на Высочайшее имя об увольнении в отставку по болезни. На следующий день медицинская комиссия во главе с санитарным инспектором Владивостокского порта подписала акт освидетельствования здоровья капитана 2-го ранга Максимова, в котором говорилось о том, что он «...страдает злокачественной прогрессивной анемией, болезнью тяжкой и совершенно неизлечимой, лишающей его возможности не только продолжать службу, но и обходиться без постоянного постороннего ухода...» В ту же ночь А.Я. Максимов скончался. Перед смертью его успел исповедать священник экипажной церкви Михаил Суслов. Похороны Максимова прошли со всеми причитающимися ему, как военному моряку, почестями. Была назначена команда в составе двух рот от всех, находящихся на рейде судов, приписанных к Сибирскому флотскому экипажу: канонерской лодки «Сивуч», транспорта «Тунгус», портового судна «Силач», пристрелочной станции, минного отряда и плавучих средств порта. «При фронте находиться хору портовых музыкантов, — значилось в приказе командира порта — Параду собраться у экипажной церкви 24 августа в 2 часа дня...»[49]. Отпевали моряка-писателя в Александро-Невской церкви Сибирского флотского экипажа, а похоронен он был на городском (затем Покровском) городском кладбище. В настоящее время на этом месте находится Покровский мемориальный парк, а точное место захоронения первого дальневосточного писателя неизвестно.