Парусное оснащение джонок и в XIX веке состояло обычно из трех мачт, на которых поднимали прямоугольные паруса из дранок, связанных горизонтальными жердями. По оценке отечественного историка мореходства Н. П. Боголюбова, такие паруса были тяжелыми, плоскими, следовательно, не совсем удобными для плавания при ветрах, дующих в носовую часть судна, но их площадь было легко уменьшать, так как у них не представляла особого труда быстрая подборка каждой части паруса от одной горизонтальной жерди до другой.
Якоря для джонок даже в XIX веке часто изготавливали из дерева. Длина больших военных джонок доходила до 40 метров. Европейские моряки, знакомые с устройством и использованием таких джонок, подтверждали, что эти суда легки на ходу и достаточно маневренны при ходе под парусами, но из-за малой осадки их сильно сносило по ветру.
С началом XVI века возобновились столкновения «японских пиратов» с китайской береговой охраной. Борьба с ними велась затем в течение нескольких десятилетий. Дело в том, что японская феодальная знать стремилась развить выгодную для нее торговлю с Китаем. В 1523 году Удзи, управляющий имениями японского владыки Асикага Удзи-Сакава, направил с этой целью в Китай своего уполномоченного Сун Суцина, а принц Оути Удзи – своего уполномоченного Цзун Шэ. Оба посланца прибыли в важный китайский порт Нинбо с намерением добиться для тех, кто их послал, важных привилегий в торговле с Китаем. Чиновник-евнух, ведавший управлением морской торговли, принял взятку от Сун Суцина, и привилегии были предоставлены последнему. Тогда другой уполномоченный Цзун Шэ со своим отрядом разграбил Нинбо. Столичный цензор Ся Янь подал доклад, в котором обвинил в случившемся чиновников из управления морской торговли. Вследствие этого такие управления в провинциях Фуцзянь и Чжэцзян были закрыты. Значит, прекратилась и заморская торговля через порты этих провинций. Осталось только управление морской торговли в порту Гуанчжоу, но и оно бездействовало ввиду мер, принятых минским правительством против экспансии португальцев, первое официальное посольство которых появилось у берегов Китая в 1517 году. Таким образом, к 1523 году внешняя торговля Китая через порты юго-восточных провинций оказалась под запретом центрального правительства.
Суровые меры по пресечению внешних морских связей в 1521–1529 годах и последующие ограничения частной морской торговли привели к колоссальному росту пиратских отрядов у берегов Китая. В середине XVI века образовались целые флотилии пиратских кораблей. Наиболее известными их руководителями в тот период были Сюй Дун, Чэнь Сыпань, Ван Чжи, У Пин, Цзэн Ибэнь, Линь Даоцзянь, Линь Фэн, Ли Гуантоу и Чжан Лянь. К середине XVI века все китайские морские пираты объединились в две мощные группировки – хуйчжоускую во главе с Сюй Дуном и фуцзяньскую во главе с Чэнь Сыпанем. Между ними шла долгая борьба, закончившаяся объединением под началом Ван Чжи обеих групп. У Ван Чжи был даже свой флаг, и ни один корабль не имел права выходить в море без его ведома.
Когда правительственный флот разгромил основные силы Ван Чжи, то он отошел к берегам Японии и, объединившись с японскими пиратскими отрядами, стал совершать нападения на прибрежные китайские города и поселения. Только в 1557 году правительственным войскам удалось пленить Ван Чжи. Но и без него его бывшие подчиненные – китайские и японские пираты – продолжали чинить разбой.
Дело в том, что, используя создавшееся положение, многие крупные феодалы, особенно из южной части Японии, в 20 – 60-х годах XVI века вступили в тесный контакт с группировками китайских пиратов и, главное, с «сильными домами» прибрежных провинций Китая, то есть с купцами и чиновниками, наживавшимися на морской торговле и контрабанде. Именно этот тесный интернациональный союз явился источником и инициатором ограбления прибрежных городов и селений. Официально минские власти всю вину за грабежи и разбои возлагали на «японских пиратов», которые фактически были и японскими, и китайскими.
Так, в одном из более поздних докладов императору были официально описаны события середины XVI века следующим образом:
«Случившиеся в прежние годы беды от японских пиратов произошли оттого, что лукавый люд выходил в море частным образом, вступая в связи с именитыми домами (да син) и прикидывая, какую запросить цену».
А с проникновением к берегам Китая португальцев, все чаще в среде «японских пиратов» стали появляться португальские фамилии. Так, например, морской разбойник, известный в китайских источниках под именем Чжан Лянь, был в прошлом католическим монахом Жуаном де ля Консепсионом.