Подводной войне, для ведения которой во второй половине 1942 года все еще не хватало подводных лодок, сильно препятствовала британская система обороны и конвоев, и потому эффективность ее сильно упала. Большие возможности авиации в тоннажной войне использовались в этот период лишь от случая к случаю и с недостаточными силами. Правда, первая половина 1942 г. принесла немецким подводным лодкам в слабо обороняемом районе у северо- и центрально-американского побережья такие крупные успехи, что они оказали влияние на все планирование союзнических операций 1942 года. Но уже во второй половине 1942 года подводные лодки были вытеснены из американского прибрежного предполья; поэтому борьба с конвоями была снова возобновлена в Северной Атлантике.
Хотя число подводных лодок значительно увеличилось, число потоплений в расчете на каждую из них за день пребывания в открытом море сильно сократилось. Поэтому операции в условиях улучшившихся оборонительных возможностей противника и далее страдали от нехватки подводных лодок, а особенно из-за отсутствия эффективной воздушной разведки. К тому же подводные лодки отвлекались на выполнение второстепенных с точки зрения тоннажной войны задач, например в Средиземном море или Ледовитом океане, где эффективность их действий была гораздо меньшей. Попытки успешно действовать против конвоев, отправлявшихся в Мурманск, при помощи надводных кораблей и авиации удавались лишь иногда и в значительной степени терпели неудачу опять же из-за недостаточной координации действий различных видов оружия, а особенно с 1943 года и из-за совершенно недостаточных сил авиации.
В марте 1943 года численность подводных лодок наконец достигла того уровня, который Дёниц требовал еще в 1939 году. Действительно, в этом месяце впервые были достигнуты такие большие успехи, что союзники стали всерьез взвешивать возможность отказа от системы конвоев, что было бы равнозначно признанию своего поражения. Но в это же самое время они смогли ввести новые боевые средства, которые привели к провалу германской подводной войны в апреле — мае 1943 года. Это были, во-первых, самолеты дальнего действия с новым радаром «Роттердам» на сантиметровой волне, а во-вторых, самолеты сопровождения и, наконец, создание «Supportsgroups» для поддержки конвоев. Все это, вместе взятое, позволило им закрыть «дыру» в системе воздушного наблюдения и оповещения в Северной Атлантике, где подводные лодки действовали с большим успехом, и наступательными действиями прорывать боевые порядки подлодок. После ряда неудач и крупных потерь главнокомандующему военно-морского флота 25 мая 1943 года пришлось вывести подводные лодки из Северной Атлантики.
Несмотря на это, решение продолжать подводную войну базировалось на двух соображениях. Во-первых, подводные лодки сковывали исключительно большой потенциал противника. Не будь опасности со стороны подводных лодок, для налетов на германскую территорию использовалось бы примерно 800—1000 тяжелых бомбардировщиков, а для действий против каботажных судов у европейского побережья — примерно 800 кораблей сопровождения, начиная от эсминцев и кончая малыми сторожевыми кораблями. Во-вторых, надеялись с помощью подводных лодок нового типа и новых видов вооружения восстановить превосходство подводного флота над вражеской обороной. Новые подводные лодки были быстроходными, с дизель-электрической силовой установкой и, в отличие от прежних, имевших в надводном положении максимальную скорость 7 узлов, способны были более длительное время давать 16–17. Таким образом, эти лодки, оснащенные к тому же устройством для работы двигателя под водой (шноркелем), были в состоянии выполнять все боевые операции в подводном положении и обходить вражеские охранения. При тогдашних охранных судах они несомненно могли бы обладать большими тактическими возможностями и изменить характер подводной войны. Но технические недостатки и «детские болезни» привели к тому, что они поступили в боевые соединения только в начале 1945 года, так что эффективного воздействия на ее ход оказать уже не смогли.